Çip formatında oligonukleotid ve aptamer tabanlı biyosensör platformunun geliştirilmesi

Download
2010
Bayraç, Tahir Abdullah
Karakaş, Ceren
Tuncer, Taner
Özen, Can
Cansız, Sena
Kılbacak, Fatma
Öktem, Hüseyin Avni
Projemiz kapsamında nükleik asit (DNA), protein ve hücre olmak üzere farklı moleküllerin tayininde kullanılabilecek dizi (array) platformlarının geliştirilmesi amaçlanmıştır. Geliştirilmesi hedeflenen platformların sandiviç hibridizasyon esasına dayalı olması ve farklı görüntüleme yöntemleri ile çalıştırılması hedeflenmiştir. Sandiviç hibridizasyon esasına dayalı DNA dizi platformunun geliştirilmesi esnasında cam yüzeylerin kaplanması, probların yüzeye tutturulması, adaptör DNA‟nın bağlanma koşullarının optimizasyonu, görüntüleme probunun hibridizasyon ve yıkama koşularının optimizasyonu ve florasan, quantum noktacık ve altın nanoparçaçık olmak üzere üç farklı görüntüleme yönteminin geliştirilmesi konusunda araştırmalar yürütülmüştür. Gerçekleştirilen deneyler sonucunda florasan prob ve kuantum noktacıkları ile görüntülenebilen, düşük arka plan sinyal seviyesine sahip ve oldukça verilmi çalışan bir dizi platformuna ulaşılmıştır. Projemizin diğer bölümlerinde aptamer tabanlı dizi platformlarında protein ve hücrelerin algılanabilmesi ile ilgili araştırmalar gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalarda da aptamerlerin yüzeye bağlanması, protein ve hücrelerin bağlanma koşullarının optimizasyonu ve florasan ve/veya kuantum noktacıkları kullanılarak görüntü alma konusunda araştırmalar yürütülmüştür. Bu çalışmalar sonucunda yüzeyde oluşturulan aptamer dizilere trombin proteinin özgün olarak bağlandığı ve bağlanan proteinlerin kuantum noktacıkları ile görüntülenebildiği gösterilmiştir. Hücre çalışmalarında da oluşturulan aptamer dizilerine lösemi kanser hücre hatlarının seçici olarak bağlandığı ve florasan işaretli ikincil aptamerler ile işaretlenebildiği gösterilmiştir. Ulaşılan bu sonuçlar protein ve hücre tanısında kullanılabilecek aptamer dizilerinin geliştirilebilmesi açısından konsept doğrulama niteliği taşımaktadır. Projemiz kapsamında iki yüksek lisans tez çalışması tamamlanmış, iki doktora tezinin de bazı bölümleri gerekleştirilmiştir. Proje faaliyetleri sonucunda grubumuz bünyesinde birçok yeni Ar-Ge projesi tetiklenmiş ve bunlara bağlı muhtelif tez çalışmaları başlatılmıştır.

Suggestions

Interaction between micro and nano patterned polymeric surfaces and different cell types
Özçelik, Hayriye; Hasırcı, Vasıf Nejat; Padeste, Calestino; Department of Biology (2012)
Micro and nanopatterned surfaces are powerful experimental platforms for investigating the mechanisms of cell adhesion, cell orientation, differentiation and they enable significant contributions to the fields of basic cell and stem cell biology, and tissue engineering. In this study, interaction between micro and nanopatterned polymeric surfaces and different cell types was investigated. Three types of micropillars were produced by photolithography (Type 1-3), while nanometer sized pillars were produced in...
Development of qcm based dna biosensors for detection of genetically modified organisms
Karamollaoğlu, İrem; Öktem, Hüseyin Avni; Department of Biology (2007)
A great effort has been recently devoted to the development of new devices for the detection of specific sequences of DNA, due to increasing need of label - free, fast, cheap, and miniaturized analytical systems able to detect target sequences for screening purposes, especially in food industry for genetically modified organisms (GMOs). In this study, development of a QCM - based DNA biosensor for the detection of the hybridisation of CaMV 35S promoter sequence (P35S) was investigated. Attention was focused...
Prediction of polyadenylation sites by probe level analysis of microarray data
İlgüner, Yiğit; Can, Tolga; Department of Computer Engineering (2013)
In general, identi fication of polyadenylation sites in 3' untranslated regions of genes is carried out by DNA sequencing. However, there is no direct high-throughput screen to detect the polyadenylation sites which are activated under particular circumstances or in certain tissues. Since microarray manufacturers usually overlook the alternative polyadenylation events when their microarrays are produced, certain design decisions of these microarrays can be used for detecting polyadenylation sites. In this t...
Isolation and characterization of Taq DNA polymerase and optimization and validation of newly designed thermal cyclers
Yıldız, Lütfiye; Öktem, Hüseyin Avni; Bilecen, Kıvanç; Department of Biotechnology (2011)
Amplification of target DNA in vitro via polymerase chain reaction (PCR) is a widely used scientific technique in molecular biology. This method relies on repeated heating and cooling cycles of the DNA and enzyme mixture, resulting with the enzymatic replication of the DNA. A heat stable Taq DNA polymerase and a thermal cycler that enables repeated heating/cooling cycles are the two key components of the PCR. In this study we have produced a high activity Taq DNA polymerase and used this enzyme to validate ...
Investigation of structural properties of methylated human promoter regions in terms of DNA helical rise
Yaldız, Burcu; Aydın Son, Yeşim; Department of Bioinformatics (2014)
The infamous double helix structure of DNA was assumed to be a rigid, uniformly observed structure throughout the genomic DNA. However, the differences in physical structure of DNA in terms of local helical parameters such as twist, tilt, roll, rise and angles between adjacent base pairs in B-DNA molecule have been shown in many studies. This observed flexibility satisfies the known physical and chemical properties of DNA while providing a better model to explain how DNA fulfills its biological functions. W...
Citation Formats
T. A. Bayraç et al., “Çip formatında oligonukleotid ve aptamer tabanlı biyosensör platformunun geliştirilmesi,” 2010. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TVRBNU9EZzQ.