Mirna Sandviç Hibridizasyon Platformunun Mikro Hacimli Kapiler Sisteme Uygulanması

Date

2012-12-31

Author

Öktem, Hüseyin Avni

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

28
views

0
downloads

mikroRNA’lar 16-29 baz uzunluğunda olan ve protein kodlamayan oligonükleotidlerdir. miRNA’ların, insan genomunda yaklaşık 1000 tane olduğu tahmin edilmektedir ve tüm genlerin yüzde 30’unu mRNA düzeyinde kontrol ettiği düşünülmektedir. miRNA’ların gelişim ve farklılaşma yolları, metabolizmanın düzenlenmesi, hücre döngüsü ve hücre ölümü gibi önemli mekanizmalarda kritik görevleri vardır. Yapılan son araştırmalarda; ifadeleri bozulan miRNA’ların kanser başta olmak üzere pek çok hastalığa neden olduğu görülmektedir. Günümüzde miRNA’lar diagnostik ve prognostik biyo-belirteçler olarak kullanılmaktadır. Bu sebeple araştırmalarda miRNA’ların tespit edilmesinde kullanılabilecek yöntemlerin geliştirilmesine yönelik teknikler oluşturulmaya çalışılmaktadır. Projemizin konusu, miRNA’ların tespit edilmesinde kullanılabilecek sandviç hibridizasyonuna dayalı platformu mikro hacimli kapiler sisteme uygulamadır. Platformda hedef miRNA dizisinin bir kısmına eşlenik şekilde tasarlanmış olan bir prob yüzeye çapraz bağlayıcılar yardımıyla sabitlenmekte, miRNA hibridizasyon yoluyla proba bağlandığı takdirde varlığı yarı eşlenik olan sinyal probununda sandviç sisteme bağlanmasıyla tespit edilmektedir. Bu projede, yüzey olarak poly-L-lysine ile aminofonksiyonelleştirilmiş kapiler ve işaretleyici olarak biyotin ligandı kullanılacaktır. Ayrıca, farklı heterobifonksiyonel çapraz bağlayıcıların verimi araştırılacaktır. Hedef miRNA olarak mir21 kullanılacaktır. miR21’i tanıyacak probların seçiciliği ve oluşacak sandviç hibridinin termal stabilitesinin artırılması için DNA problarının yanı sıra kitli ve 2’O-Metil modifiye problar da denenecektir. Platformun optimizasyonu için farklı hibridizasyon sıcaklıkları, süreler ve yıkama koşulları denenecektir.

URI

https://hdl.handle.net/11511/58834

Collections

Department of Biology, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Metabolik Mühendislik ve Reaksiyon Mühendisigi Prensipleriyle Insan Büyüme Hormonu Üretimi Için Yeni Biyoteknolojik Proses Gelistirilmesi Çalık, Pınar(2018) Insan büyüme hormonu (hGH), 22 kDa molekül agırlıgında, 191 amino asitten olusan, beyninön lobundaki hipofiz bezi tarafından üretilen bir proteindir. Hipofiz bezlerindeki somatotropikhücreler tarafından dogal olarak sentezlenen, kanda bulunan hGH?nin, insan organizmasındaeksik, bozuk (defective) üretiminin neden oldugu problemlerin düzeltilmesi için dısarıdanverilme ihtiyacı ?diger hormonlar gibi- bu farmasötik temel maddenin biyoteknolojik prosesleendüstriyel üretimini önemli yapmaktadır. Bu proje kapsamın...
Aldo Keto Redüktaz İnhibitorü Olan Kuersetin ve Onun Türevi CHNQ Maddelerinin Karakterizasyonu ve Kolon Kanser Üzerine Fonksiyonel Etkilerinin Araştırılması Seza, Gülce Esin; Banerjee, Sreeparna; Taşkoparan, Betül(2016) Aldo-keto redüktazlar (AKR) glikoz indirgeyici ajanlar olarak çok iyi karakterize edilmiş ve diyabet patofizyolojisinde yer alan NAD(P)H’a bağımlı oksidoredüktazlardır. Bu enzimlerin, inflamatuar tepkiyi başlatabilen lipit peroksidasyon ürünlerinin üretimine aracılık yaptığı da bilinmektedir. Kolondaki kronik inflamasyon çoğunlukla kanser gelişimi ile devam etmektedir. AKR’lar inflamasyonda yer almaktadır ve son çalışmalar bu enzimlerin kanser ilerlemesindeki önemli rolünü ortaya çıkarmıştır. Bu projede, mu...
AFFINITY AND SELECTIVITY OF AZACYANINES TO G-QUADRUPLEX FORMING PROMOTER REGIONS Kırmacı, Fahriye Nur; Persil Çetinkol, Özgül; Department of Biochemistry (2022-2-9) DNA has multiple levels of regulations owing to complex regulatory units. Promoters are among the most crucial regulatory sequence units in DNA, altering transcription initiation. Recent studies have shown that secondary structures called G-quadruplexes (G4s) can be found in promoter regions of certain genes along with the common double-helical Watson-Crick DNA. G-quadruplexes are four-stranded helical structures formed by the π-π stacking of G-tetrad structures with a pattern called G-tracts. New findings ...
Azasiyaninlerin Topoizomeraz Enzimleri Üzerindeki Muhtemel Etkilerinin İncelenmesi Persil Çetinkol, Özgül(2018-06-01) Topoizomeraz enzimleri DNA'nın replikasyonu ve/veya transkripsiyonu sırasında DNA'nın tek zincirinde (Tip 1 topoizomeraz) veya her iki zincirinde (Tip 2 topoizomeraz) de kısa süreli kırılmalara sebep olarak, DNA'nın topolojik durumunu kontrol eden enzimlerdir. Topoizomerazların işlevlerinin yok edilmesi kanser tedavisinde kullanılan temel yöntemlerden biridir. Amaç, topoizomerazları küçük moleküller (ilaçlar) ile inhibe ederek, DNA replikasyonunu/transkripsiyonunu yani hücre bölünmesini durdurmaktır. Örneği...
Synthesis of Spiro-Pyrrolopyridazines Dündar, Buse Ayşen; Zora, Metin; Department of Chemistry (2021-7-14) Heterocyclic molecules have great importance in organic chemistry due to their significant functions in very wide areas. Scientists tend to work on them because they exhibit excellent properties from medicine to material science. Especially, spiro class of heterocyclic molecules also have unique character among biological active compounds. Additon to spiro unit of molecules, fused systems also provide significant features to them. That’s why, spiro and fused systems are always popular subjects among organic...

Citation Formats

H. A. Öktem, “Mirna Sandviç Hibridizasyon Platformunun Mikro Hacimli Kapiler Sisteme Uygulanması,” 2012. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/58834.