Embriyonik Kök Hücrelerde Setd3 Proteiniyle İlişkili Proteinlerin Proteomik Açıdan Belirlenmesi

2020-02-29
Amaç: Embriyonik gelişim gen ifadesinin yüksek oranda regüle edildiği bir aşamadır. Gelişimin ilk evrelerinde pluripotentliği sağlayan belirli transkripsiyon faktörleri yüksek miktarda ifade edilirken hücre farklılaşmaya gittiğinde bu genlerin ifadesi yerini farklılaşmaya spesifik genlere bırakır. Gen ifadelerinin bu regülasyonu belirli epigenetik faktörler ile düzenlenir. Projenin ön çalışmasında, fare EKH’lerinin farklılaşmasında görev alan epigenetik faktörlere karşı shRNA taraması yapılmıştır. Bu tarama sonucunda Setd3 proteinini ifade eden gen susturulduğunda fare EKH’lerinin mezoderm ve endoderm tabakalarına farklılaşamadığı görülmüştür. Projenin amacı ise fare EKH’lerde Setd3 ile ilişkili proteinleri proteomik açıdan belirlemektir. Bu sonuç, Setd3 proteininin EKH farklılaşmasındaki rolünü anlamamızda yardımcı olacaktır. Yöntem: Öncelikle SETD3 proteini ile ilişkili proteinlerin belirlenmesi için biyotinleme enzimi BirA’yi stabil bir biçimde ifade eden hücrelerden (J1BirA) biyotin etiketli Setd3 sentezleyen fare EKH hattı oluşturuldu. Streptavidin yardımı ile çöktürülen biyotinlenmiş Setd3 proteini için kütle spektrometre analizi yapıldı. Elde edilen proteinler için biyoinformatik analiz yapıldı; proteinlerin hücre içindeki konumu, kompleks ve yolak bilgisi, ifade miktarı göz önüne alındı. Seçilen proteinler için J1BirA arka planında Setd3 immunoçökeltmesi yapıldı. Setd3 ile fiziksel etkileşimi bulunan proteinlerin endojenik Setd3 ile etkileşimi için protein G kaplı manyetik boncuklar ile CJ9 ata hücresi arka planında çöktürme yapıldı. Bulgular: Kütle spektrometre sonucunda elde edilen proteinlerin biyoinformatik analizi sonucunda elimizde Setd3 ile etkileşimi immunoçökeltme ile kontrol edilebilecek 10’a yakın protein bulundu. Streptavidin çöktürmesi sonucunda Brd2 ve Tfcp2l1 proteinlerinin biyotinlenmiş Setd3 ile fiziksel etkileşimi görüldü. Ardından yapılan protein G immünoçökeltmesinden de aynı sonuçlar elde edilerek endojen Setd3 ile Brd2 ve Tfcp2l1 proteinlerinin etkileşimi teyit edildi. Sonuç: Metiltransferaz görevi olan Setd3 proteininin fare EKH’lerinde Brd2 ve Tfcp2l1 ile fiziksel etkileşimi bulunmuştur. Brd2, yüksek miktarda asetile olmuş kromatin bölgelerine bağlanır, bu nedenle Setd3 ile etkileşimi kromatin regülasyonunda önemli olabilir. Tfcp2l1 ise fare EKH’lerinin pluripotentliğinin korumasında önemli bir proteindir. Bu etkileşimler kök hücrelerin pluripotentlik-farklılaşma döngüsünde önemli bir rol oynayabilir.
3. Ulusal Proteomik Kongresi, (27 - 29 Şubat 2020)

Suggestions

Embriyonun Yetiştirildiği Besiyerine Salgılanan, Metabolit Ayakizlerini Kullanarak Embryo Kalite Tayini
Banerjee, Sreeparna(2011-12-31)
Günümüzde gerek genetik nedenlerden gerekse stres gibi dış faktörlerin etkisi ile halk arasında kısırlık olarak bilinen “infertilite”, giderek fazla sayıda çifti etkilemektedir. Bu çiftlerden çoğunluğunun tercih ettiği tedavi yöntemi tüpbebek (IVF)'dir. Buna rağmen bu yöntemde başarı yüzdesi düşüktür ve gebeliğin sağlanması için hastaya birden fazla embriyo transfer edilmesi sonucu, çoklu gebelikler görülmektedir. IVF uygulamalarındaki en büyük kısıtlama, hangi embriyoların transfer edildiğinde ...
Elektrostatik MEMS rezonatörlerde kalite faktörünü yükselten ve kaçak akımını düşüren ikinci harmonik okumaya dayalı bir karakterizasyon/sürüş yöntemi
Külah, Haluk; Kangül, Mustafa; Aydın, Eren; Furkan, Gökçe (WIPO/TPE, 2019)
Başvuru konusu buluş, elektrostatik sürülen değişken boşluklu rezonatörler için yüksek kalite faktörlü ve kaçak akım etkilerinden arındırılmış yeni bir karakterizasyon yöntemi ile ilgilidir.
Novel Optimization Models to Generalize Deep Metric Learning
Gürbüz, Yeti Ziya; Alatan, Abdullah Aydın; Department of Electrical and Electronics Engineering (2022-8-24)
Deep metric learning (DML) aims to fit a parametric embedding function to data of semantic information (e.g. images) so that l2-distance between embedded samples is low whenever they share similar semantic entities. An embedding function of such behavior is attained by minimizing empirical expected pairwise loss that penalizes inter-/intra-class proximity violations in embedding space. Proxy-based methods which use a learnable embedding vector per class in their loss formulation are state-of-the-art. We fir...
Composite boron doped hydroxyapatite-tricalcium phosphate/alginate/gelatin hydrogel coating on titanium implants: Osseointegration and immunomodulation study
Pazarçeviren, Ahmet Engin; Tezcaner, Ayşen; Evis, Zafer; Department of Engineering Sciences (2022-7-25)
A successful bridging and osseointegration of Ti-6Al-4V implant (Ti) at the defect site are strongly dependent on the effectiveness of the interphase. Achieving such a robust interface could diminish micromovements, shearing on the defected bone and loosening over time. Here, a boron doped hydroxyapatite (A/G/BHT) loaded alginate/gelatin-based (A/G) hydrogel coating on Ti was produced to support bone integration through prompting osteoinduction, vascularization and immunomodulation. Initially, highly reprod...
Kordiyerit Esaslı Seramik Kaynak Altlığı Üretimi ve Karekterizasyonu
Öztürk, Abdullah; Timuçin, Muharrem(2015-12-31)
Kordierit esaslı seramik kaynak altlıkları özellikle yerel olarak çok yüksek sıcaklık değerlerine ulaşan kaynak uygulamalarında kullanılan bir malzemedir. Isıl genleşme katsayısı düşük olduğundan, her tür kaynak ağzı şekli için uygun modellerinin mevcut olmasından, maliyetinin düşük ve uygulamasının kolay olmasından dolayı kordiyerit seramik altlık üretiminde tercih edilen bir malzemedir. Kaynak işlemi sırasında, seramik altlıklar kaynak metalini alttan destekleyerek şekillendirir ve atmosferden korur. Yüze...
Citation Formats
G. Güven, E. Balbaşı, and N. Terzi Çizmecioğlu, “Embriyonik Kök Hücrelerde Setd3 Proteiniyle İlişkili Proteinlerin Proteomik Açıdan Belirlenmesi,” İstanbul, Türkiye, 2020, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/72775.