Biyokimyasal reaksiyonlar için stokastik simülasyon algoritmalarına genel bir bakış

Date

2010-01-01

Author

Purutçuoğlu Gazi, Vilda

Metadata

Show full item record

Item Usage Stats

54
views

0
downloads

URI

https://hdl.handle.net/11511/88406

Journal

İstatistik Araştırma Dergisi

Collections

Unverified, Article

Suggestions

OpenMETU
Core

Biyokimyasal sistemlerin stokastik simülasyon algoritmalarıyla yaratılması ve impuls içerecek şekilde genişletilmesi Purutçuoğlu Gazi, Vilda; Uğur, Ömür; Aydın Son, Yeşim(2016-12-31) Biyolojik ve kimyasal reaksiyonların davranışlarını analiz etmek için kullanılan iki popüler yaklaşım vardır. Bu yaklaşımlardan en yaygını olan deterministik yaklaşım, bu süreçlerin reaksiyon oran denklemleri (reaction rate equations (RRE)) adı verilen adi diferansiyel denklemler (ordinary differential equations (ODEs)) yardımıyla modellenebileceğini düşünür. Bu modelde sistemin zamana bağlı davranışının deterministik ve sürekli olduğu kabul edilmektedir. Ancak bu yaklaşım birçok farklı sistem için geçerli...
Comparison of the simulation tools for the deterministic modeling of biochemical networks Tuncer, Gökçe; Purutçuoğlu Gazi, Vilda; Department of Statistics (2015) As biochemical networks become more popular, the number of deterministic simulation tools grows rapidly. Although most of the tools have similar functionality, they may differ in their algorithms and capabilities. Therefore, in this thesis, we aim to first present the major simulation tools with their underlying algorithms, and then compare them with respect to some attributes. In the application part, the biochemical networks under different dimensions are simulated and their performances are evaluated. La...
Stochastic modeling of biochemical systems with filtering and smoothing Haksever, Merve; Uğur, Ömür; Department of Scientific Computing (2019) Deterministic modeling approach is the traditional way of analyzing the dynamical behavior of a reaction network. However, this approach ignores the discrete and stochastic nature of biochemical processes. In this study, modeling approaches, stochastic simulation algorithms and their relationships to each other are investigated. Then, stochastic and deterministic modeling approaches are applied to biological systems, Lotka-Volterra prey-predator model, Michaelis-Menten enzyme kinetics and JACK-STAT signalin...
Biyokimyasal Reaksiyon Mühendisliği Prensipleriyle Rekombinant Pichia Pastoris İle Terapik Peotein Üresiminde Hücreiçi Tepkime Hızlarının Stratejik Analizi Çalık, Pınar(2010-12-31) Bu proje kapsamında rekombinant Pichia pastoris ile biyokimyasal reaksiyon mühendisliği prensipleri ile hücreiçi tepkime hızları analiz edilecek ve potansiyel darboğaz oluşturan tepkimeler belirlendikten sonra tepkime sistem uyarı-cevap yöntemi ile pertürbe edilerek hücreiçi tepkimelerin metabolik kontrol özellikleri araştırılacak ve terapatik protein üretimi için tepkimelerin yönlendirilmesi için stratejiler geliştirilecektir. RhGH üretiminde ürün seçimliliğini ve verimi artırmak için, hücreiçi tepkime h...
Biyoteknolojik yöntemlerle kanser hastalığının DNA düzeyinde incelenmesi Eren, Emel; Gündüz, Ufuk; Aytaç, Uğur(1994) Son yıllarda, kanser tanı ve tedavisinde önemli ilerlemeler kaydedilirken, özellikle kan ve lenf sistemi ile ilgili kanser türlerinde erken tanı sayesinde tamamen iyileşen vakaların sayılarında da belirgin bir artış dikkati çekmektedir. Moleküler biyoloji alanındaki en önemli gelişmelerin birisi de kansere neden olan moleküler değişikliklerin anlaşılmaya başlanmasıdır. Hücresel ve moleküler düzeyde bütün yaşamsal işlevlerimizin kontrol < merkezi olan DNA'da meydana gelecek bir bozukluk neticesinde kanser ha...

Citation Formats

V. Purutçuoğlu Gazi, “Biyokimyasal reaksiyonlar için stokastik simülasyon algoritmalarına genel bir bakış,” İstatistik Araştırma Dergisi, pp. 70–82, 2010, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/88406.