Kanserde Tümöre Özgü Protein Etkileşim Ağlarının Alternatif Uç Birleştirme Olaylarıyla Yeniden Oluşturulması

Date

2021-01-15

Author

Tunçbağ, Nurcan

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

360
views

0
downloads

Alternatif uç birleştirme proteomun ve sonrasında interaktomun çeşitliliğine katkı sağlayan önemli transkripsiyon sonrası mekanizmalardan biridir. Tek bir genden, farklı protein izoformlarının üretilmesine imkân verir. Etkileşim ağları açısından bakıldığında ise aynı proteinin farklı izoformları yeni etkileşimlerin kazanılmasına ya da var olan etkileşimlerin kaybedilmesine yol açabilir. Alternatif uç birleştirme olaylarının neden olduğu hücre içi değişimler kanser de dahil olmak üzere farklı hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Bu projede, tümöre özgü protein izoformları ve bu izoformların sebep olduğu etkileşim kayıpları dahil edilerek hastaya özgü etkileşim ağları oluşturulmuştur. Bu amaçla, Kanser Genom Atlası?ndan (TCGA) dokuz farklı tümör türüne ait 4123 kanser ve 398 sağlıklı doku RNA-seq verisini kullanılarak tümör örneklerinde kanonik transkripte göre artmış ekspresyon gösteren izoformlar bulunmuş ve bilinen protein izoformları ve yapıları ile eşleştirilmiştir. Böylece her bir hasta tümöründe kaybedilen protein etkileşim yüzeyleri, ilaç bağlanma yüzeyleri ve DNA?ya bağlanma yüzeylerinin, etkilenen sinyal yolaklarının ortaya çıkarıldığı zengin bir veri kaynağı oluşturulmuştur. Baskın izoformların aynı tümörlerde bulunan sürücü mutasyonlar ile aynı anda değil ve ayrışık şekilde bulundukları ortaya çıkmıştır. Sürücü mutasyonların organizasyonunu incelediğimizde ise üç boyutlu yapıda yakın duran mutasyonların fonksiyonel olarak benzer ve farklı tümörlerde aynı anda değil ayrışık bulundukları gözlemlenmiş ve mutasyon gruplarının hasta sağkalım verisiyle ilişkilendirilebilmiştir. Sonuç olarak, farklı protein izoformlarından kaynaklanan Omics Integrator ile yeniden yapılandırılan tüm ağ modelleri karşılaştırıldığında proteinlerin ve etkileşimlerin yeniden bağlanma profilleri ortaya çıkarılmış ve çeşitli proteinlerin ağın bağlantısallığını farklı proteinlerle etkileşime geçerek ve etkileşim partnerlerini değiştirerek koruduğunu gözlemlenmiştir. Oluşturulan etkileşim ağları gelecek çalışmalarda fayda sağlamak amacıyla kullanılabilecek bir web sayfası üzerinden kullanıma sunulmuştur. Bu çalışmanın sonuçlarının tümör gelişimiyle ilgili mekanizmaları aydınlatması ve ayrıca kanserde hastaya özgü tedavi yöntemleri ve hedef seçimi ile ilgili çalışmalara katkıda bulunması beklenmektedir.

Subject Keywords

protein etkileşim ağları, alternatif uç birleştirme, ağ modelleme, veri entegrasyonu

URI

https://hdl.handle.net/11511/95934

Collections

Graduate School of Informatics, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Östrojenle Değişen mRNA 3’UTR Uzunluklarının Düzenlenme Mekanizması Çiçek, Mustafa Cüneyt(2019-12-01) Östrojenle Değişen mRNA 3?UTR Uzunluklarının Düzenlenme Mekanizması Poliadenilasyon, yeni sentezlenmekte olan bir mesajcı RNA?nın (mRNA) 3?UTR bölgesinin kesilerek, poli (A) kuyruğunun eklenmesi olarak tanımlanan, oldukça sıkı bir biçimde kontrol edilen ve transkripsiyon ile eş zamanlı gerçekleşen bir süreçtir. Transkripsyonun sonlanmasına yakın, mRNA 3?UTR bölgelerinde bulunan poli(A) sinyalleri (AAUAAA) kompleks bir protein yapı tarafından tanınarak, mRNA kırpılır ve poli(A) kuyruğu eklenir. Poli(A)...
Kanserli dokuların mikroskop görüntülerinde kanser kök hücre oranın otomatik olarak belirlenmesi ve klinikte kullanılacak yazılım geliştirilmesi Demir, Gündüz Çiğdem; Güzelcan, Akhan Ece; Arslan, Tunç Musa; Yorulmaz, Onur; Fayetörbay, Rümeysa; Erşahin, Tülin; Mohammadvand, Navid; Örsçelik, Gökçe Simge; Üner, Ayşegül; Çetin, Enis Ahmet; Oğuz, Oğuzhan; Doğan, Deniz; Koyuncu, Fahrettin Can; Badawı, Diaa; Atalay, Rengül(2016) Kanser anormal hücrelerin kontrolsüz çoğalması ve yayılması olarak tanımlanan karmaşık bir hastalıktır. Bu nedenle kanser dokusu farklı özellikleri olan-ek popülasyon denilen-hücre gruplarını içerir. Bu hücrelerden olan kanser kök hücreleri normal kök hücreleri gibi kendini yenileme ve farklılaşma özelliklerini taşırken normal kök hücrelerinin aksine homeostatik kontrolleri olmayan, yani farklılaşma özelliklerini dengeleyip, çevresel sinyallere göre programlama özellikleri olmayan hu...
Kokain Ve Amfetamin İle Regüle Edilen Transkript(cart) İle Etkileşip Erk Fosforilasyonunu Tetikleyen G-Proteine Kenetli Reseptörün Tespiti Yanık, Tülin; Kocabıyık, Semra; Son, Çağdaş Devrim(2013-12-31) 1. Amaç ve Gerekçe CART (kokain ve amfetamin ile regüle edilen transkript) yeme mekanizmalarında, uyuşturucu bağımlılığı, stres, kardiovasküler aktiviteler ve kemik yenilenmesinde görev alan nörohormon/modülatörlerden biridir. CART´nın fizyolojik fonksiyonlarda aldığı önemli görevleri belirlenmesine rağmen, henüz reseptörleri klonlanmamıştır. Amaçlarımız: 1- Biyoinformatik analizler kullanarak aday genlerin tespit edilmesi, 2- aday genlerin klonlanması, 3- klonlanan genlerin hücre hattında ERK fosforilasyo...
Visualizing the protein-protein interactions network in virtual reality and mixed reality environments Şenderin, Büşra; Sürer, Elif; Tunçbağ, Nurcan; Department of Modeling and Simulation (2021-8) Protein-protein interactions (PPI) define the physical contact of two or more protein structures. When these interactions are combined, the protein-protein interaction network (PPIN) is formed. The interactions between protein structures are distinct interactions—they happen in specific binding locations on proteins, and they have a specific biological function that they take on. With these networks, the processes within a cell or a living organism when healthy or diseased can be studied. In this thesis, a ...
Genome-wide sequence analysis of human splice acceptor regions for motif discovery Karaduman Bahçe, Gülşah; Aydın Son, Yeşim; Department of Medical Informatics (2020-12-23) For eukaryotic cells, alternative splicing of genes is a vital mechanism that drives protein diversity. Splicing signals on the genomic sequence controls the regulatory factors that orchestrate the alternative splicing. 3’ and 5’ splice sites and common branchpoint sequences are the primary splicing signals, and changes in these signals can be disease- causing. Nevertheless, an extensive genome-wide analysis of the sequences around these signals is lacking. In this study, we focused on the genome-wide motif...

Citation Formats

N. Tunçbağ, “Kanserde Tümöre Özgü Protein Etkileşim Ağlarının Alternatif Uç Birleştirme Olaylarıyla Yeniden Oluşturulması,” 2021. Accessed: 00, 2022. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/95934.