Training ANFIS structure using genetic algorithm for liver cancer classification based on microarray gene expression data

2017-02-01
Haznedar, Bülent
Arslan, Mustafa Turan
Kalınlı, Adem
Normal 0 21 false false false TR X-NONE X-NONE /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Normal Tablo"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-priority:99; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin-top:0cm; mso-para-margin-right:0cm; mso-para-margin-bottom:8.0pt; mso-para-margin-left:0cm; line-height:107%; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; font-family:"Calibri",sans-serif; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:"Times New Roman"; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-fareast-language:EN-US;} Sınıflandırma, verilerin analiz edilmesi için önemli bir veri madenciliği tekniği olup tıp, genetik ve biyomedikal mühendisliği başta olmak üzere birçok alanda kullanılmaktadır. Özellikle tıp alanında DNA mikrodizi gen ekspresyon verilerini sınıflandırmaya yönelik yapılan çalışmalarda artış görülmektedir. Ancak, mikrodizi gen ekspresyon (ifade) verilerinde bulunan gen sayılarının çokluğu ve bu veriler arasında doğrusal olmayan bağıntılar bulunması gibi problemlerden dolayı geleneksel sınıflandırma algoritmalarının başarımları sınırlı kalabilmektedir. Bu sebeplerden dolayı son yıllarda sınıflandırma probleminin çözümü için yapay zekâ tekniklerine dayalı sınıflandırma yöntemlerine olan ilgi giderek artmaya başlamıştır. Bu çalışmada, karaciğer mikrodizi kanser veri setinin sınıflandırılması için Uyarlamalı Ağ Tabanlı Bulanık Mantık Çıkarım Sistemi (ANFIS) ve Genetik Algoritmaya (GA) dayalı hibrid bir yaklaşım önerilmiştir. Simülasyon sonuçları, diğer bazı yöntemlere ait sonuçlarla karşılaştırılmıştır. Elde edilen sonuçlardan, önerilen yöntemin diğer yöntemlere göre daha başarılı olduğu görülmüştür.
SAKARYA UNİVERSİTY JOURNAL OF SCİENCE

Suggestions

Karaciğer mikrodizi kanser verisinin sınıflandırılması için genetik algoritma kullanarak ANFIS’in eğitilmesi
Haznedar, Bülent; Arslan, Mustafa Turan; Kalınlı, Adem (2017-01-01)
Sınıflandırma, verilerin analiz edilmesi için önemli bir veri madenciliği tekniği olup tıp, genetik ve biyomedikal mühendisliği başta olmak üzere birçok alanda kullanılmaktadır. Özellikle tıp alanında DNA mikrodizi gen ekspresyon verilerini sınıflandırmaya yönelik yapılan çalışmalarda artış görülmektedir. Ancak, mikrodizi gen ekspresyon (ifade) verilerinde bulunan gen sayılarının çokluğu ve bu veriler arasında doğrusal olmayan bağıntılar bulunması gibi problemlerden dolayı geleneksel sınıflandırma algor...
Using Adaptive Neuro-Fuzzy Inference System for Classification of Microarray Gene Expression Cancer Profiles
Haznedar, Bülent; Arslan, Mustafa Turan; Kalınlı, Adem (2018-05-01)
Microarray is a technology that enables simultaneously analysis of thousands of genes in DNA structure depending on the advances in biochemistry. With this technology, it has become possible to diagnose and treat heredity diseases by analyzing thousands of gene expression levels. This study proposes an artificial intelligence method, Adaptive neuro-fuzzy inference system (ANFIS), to classify cancer gene expression profiles. The findings obtained with the proposed ANFIS approach are compared with the results...
A Cell Culture Chip with Transparent, Micropillar-Decorated Bottom for Live Cell Imaging and Screening of Breast Cancer Cells
Ermiş Şen, Menekşe; ANTMEN ALTUNSOY, EZGİ; Kuren, Ozgur; Demirci, Utkan; Hasırcı, Vasıf Nejat (2022-01-01)
In the recent years, microfabrication technologies have been widely used in cell biology, tissue engineering, and regenerative medicine studies. Today, the implementation of microfabricated devices in cancer research is frequent and advantageous because it enables the study of cancer cells in controlled microenvironments provided by the microchips. Breast cancer is one of the most common cancers in women, and the way breast cancer cells interact with their physical microenvironment is still under investigat...
Ensemble classifiers for medical diagnosis of knee osteoarthritis using gait data
Koktas, Nigar Sen; Yalabik, Nese; Yavuzer, Gunes (2006-12-16)
Automated or semi-automated gait analysis systems are important in assisting physicians for diagnosis of various diseases. The objective of this study is to discuss ensemble methods for gait classification as a part of preliminary studies of designing a semi-automated diagnosis system. For this purpose gait data is collected from 110 sick subjects (having knee Osteoarthritis (OA)) and 91 age-matched normal subjects. A set of Multilayer Perceptrons (MLPs) is trained by using joint angle and time-distance par...
Optimization of nucleic acid delivery via cationic polymers for genome engineering
Öktem, Ayşegül; Erson Bensan, Ayşe Elif; Department of Molecular Biology and Genetics (2019)
One of the most challenging aspects of genome engineering is the delivery of genome editing components such as plasmids, oligonucleotides, RNA and protein. In this work, in-house synthetized cationic polymer poly (2-hydroxypropylene imine) (pHP) was tested in order to achieve substantial delivery efficiency while preserving high culture viability. Applicability of this cationic polymer mediated nucleic acid delivery method for both plant and mammalian cells were demonstrated. Several parameters of plasmid a...
Citation Formats
B. Haznedar, M. T. Arslan, and A. Kalınlı, “Training ANFIS structure using genetic algorithm for liver cancer classification based on microarray gene expression data,” SAKARYA UNİVERSİTY JOURNAL OF SCİENCE, pp. 54–62, 2017, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/72625.