Development of EpCAM Sensitive Surface Functionalization Strategy for CTC Capture in Microfluidic Channels

2018-06-19
Ateş, Hatice Ceren
Şen Doğan, Begüm
Özgür, Ebru
Külah, Haluk
Dolaşımdaki tümör hücrelerinin (CTC'ler) izolasyonu ve karakterizasyonu, prognoz ve tedaviye yanıtın erken tespiti açısından önemli klinik öneme sahiptir. Ayrıca, CTC'lerin aşağı akış karakterizasyonu, daha iyi hasta sınıflandırmasına ve tedavi kılavuzluğuna yardımcı olabilir. Bununla birlikte, CTC'ler son derece nadirdir (~ 10 CTC / 1010 periferik kan hücresi) ve oldukça hassastır ve izolasyonları için özel teknoloji gereklidir. Hızla gelişen mikroakışkan teknolojiler, nadir hücre izolasyonunda hızlı, düşük maliyetli ve otomatik numune işleme dahil olmak üzere çeşitli avantajlar ve biyolojik hücrelere benzer fiziksel boyutları nedeniyle daha yüksek hassasiyet ve özgüllük sunar. Bu teknolojilerin çoğu, immünoafinite tabanlı CTC yakalama kullanır, epitel hücre yüzeyi biyobelirtecine karşı anti-EpCAM antikoru, CTC'ye özgü hücre yakalama için yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu tür uygulamalarda, uygun bir antikor immobilizasyonu, yüksek verimli hücre yakalama için çok önemli bir rol oynar. Bu çalışmada, verimli, seçici ve EpCAM'a duyarlı CTC yakalama için bir oksit yüzey modifikasyon stratejisi geliştirilmiştir. Hücre yakalama etkinliği, bir CTC modeli olarak MCF-7 göğüs kanseri hücre dizisi kullanılarak belirlenmiş ve ortalama hücre yakalama etkinliği, 8 bağımsız deneyden% 89 olarak bulunmuştur. Seçici CTC yakalama, hücre konsantrasyonu oranı 1: 104 olan arka plan lökositleri içeren tamponda spike edilmiş göğüs kanseri hücreleri (MCF-7) kullanılarak gösterildi ve sırasıyla% 90 ve% 87'lik yakalama verimliliği ve özgüllüğü elde edildi. Hücre yakalamada EpCAM ekspresyonunun önemi, farklı EpCAM ekspresyon seviyelerine sahip beş farklı meme kanseri hücre dizisi, yani MDA-MB-231, MDA-MB-468, SKBR3, MCF-7 ve CAMA-1 ile gösterilmiştir. Sonuçlar, hücrelerin bağlanma verimliliğinin, hücre yüzeyindeki EpCAM ekspresyon seviyesi ile orantılı olduğunu gösterdi.
Liquid Biopsy Summit, (17 - 19 Haziran 2018),

Suggestions

Development of new synthetic strategies for aminocyclitols
Demir (Davulcu), Emine; Balcı, Metin; Department of Chemistry (2003)
Cyclitols are of great importance due to their biological activities playing a crucial role in living organisms as well as their synthetic usefulness in the synthesis of other natural compounds or pharmaceuticals. In this study, new synthetic strategies leading to the aminocyclitols were investigated. The synthesis of aminoconduritol and aminoinositol derivatives (173 and 174) were achieved starting from easily available compound, 7-oxa-bicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2,3-dicarboxylic anhydride (166) obtained from...
IDENTIFYING ISOFORM SWITCHES IN BREAST CANCER
HENDEN, Şevki Onur; Can, Tolga; Department of Computer Engineering (2021-9-9)
Characterizing the human genome's molecular functions and their variations across people is vital for understanding the cellular processes behind human genetic characteristics and diseases. With the advent of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), it is now possible to investigate gene expression in individual cells. Although a number of scRNA-seq bioinformatics tools are now available, many of them focus on overall gene expression levels and, as a result, often ignore heterogeneity caused by individual tr...
PREPARATION OF MULTILAYER CAPSULES CONTAINING DODECAHYDRO-CLOSO-DODECABORATE LOADED POLYMER MICELLES
Aydemir, Umut; Erel Göktepe, İrem; Akdağ, Akın; Department of Biochemistry (2021-9-24)
Boron Neutron Capture Therapy (BNCT) is a non-invasive radiotherapy technique which is based on delivery of non-radioactive 10B compounds to cancer cells and irradiation of the tumour tissues with low energy thermal neutrons. It is a promising radiotherapy technique due to reduce the side effects of the treatment. The main goal of this thesis is to prepare a non-toxic polymer vehicle to provide efficient delivery of 10B to cancer cells. Dodecahydro-closo-dodecaborate (B12H12)2- (B12) anion was utilized as a...
Design of a microfluidic platform for real-time enumeration and retrieval of low concentration of cells
Şahin, Buket; Külah, Haluk; Yıldırım, Ender; Department of Biomedical Engineering (2022-9)
Spiking experiments are essential to characterize the performance of devices developed for rare cell recovery. However, it is challenging to spike tumor cells at very low concentrations in a standard laboratory environment with conventional methods like serial dilution, in which the variation becomes quite high. Other platforms for single-cell picking are extremely high cost and not available in standard laboratories. We propose a low-cost, repeatable, and robust microfluidic system to spike a very low nu...
DEVELOPMENT OF A COMPOSITE GUIDE FOR PERIPHERAL NERVE REGENERATION
Arslantunalı Şahin, Damla; Son, Çağdaş Devrim; Hasırcı, Vasıf Nejat; Department of Biotechnology (2022-2-1)
Any injury in peripheral nerves may result in a loss of neuronal communication along sensory and motor nerves, affecting patients’ daily activities. Today, there are various FDA approved commercial conduit materials; hollow tubes preventing them from used in gaps bigger than 10 mm, because they may lead axonal sprouts to form. The presented study includes pHEMA wrapping structure filled with GelMA-HaMA gel matrix as a nerve guidance channel. Following the structural analysis of the nerve guide, in vitro stu...
Citation Formats
H. C. Ateş, B. Şen Doğan, E. Özgür, and H. Külah, “Development of EpCAM Sensitive Surface Functionalization Strategy for CTC Capture in Microfluidic Channels,” presented at the Liquid Biopsy Summit, (17 - 19 Haziran 2018), California, Amerika Birleşik Devletleri, 2018, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/82332.