Bacillus subtilis Standart Suş (PY79) ile Basilisinin Bloke Edildiği Suşun (OGU1) Karşılaştırmalı Dinamik Sekretom Analizi

Download
2018
Özcengiz, Gülay
İşlerel, Tekin Elif
Bacillus türleri, antimetabolik ve farmakolojik aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitlerüretmektedir. B. subtilis?e ait biyoaktif peptidlerin etkilerinin sadece antimikrobiyal aktivite ilesınırlı olmadığı bilinmektedir. B. subtilis tarafından üretilen basilisin, N-terminalinde L-alanineand C-terminalinde non-proteinojenik bir amino asit olan L-anticapsin?den oluşan dipeptidyapısı ile bilinen en küçük antibiyotiktir. Basilisin biyosentezinin dinamikleri ve molekülerregülasyonu ile ilgili literatür bilgilerinin çoğu grubumuz tarafından rapor edilmiştir.Biyosentezin hücre yoğunluğu sinyali global kontrol mekanizmasının bir parçası olduğu,transpozon mutajenez kütüphanesinin taranmasıyla gen düzeyinde anlaşılmış ve bu[Spo0K(Opp)?ye dayalı regülasyon ağı içerisinde ComQ/ComX, PhrC (CSF), ComP/ComAelementleri] ve transkripsiyon faktörler ComA, Spo0A, AbrB ve CodY?nin bac operonuüzerine etkileri, transkripsiyonal füzyon ve EMSA analizleri ile tarafımızca doğrulanmıştır.Önceki araştırmalarımızda basilisin üreticisi standart suş PY79 ve bunun basilisin operonunubloke ederek oluşturduğumuz derivatifi OGU1?a ait sitozolik proteomların oldukça detaylı biranalizi yapılmıştır.Bu çalışmada, jele dayalı ve jelden bağımsız iki ayrı yaklaşım kullanılarak sekretom analizi vebu suretle ulaşılabilen proteinlerin sayısının arttırılmasıyla B. subtilis?de basilisin üretimiyokluğunda ortaya çıkan sekretom değişimlerinin zaman ve mekan olarak dinamik bir analiziamaçlanmıştır. Kültivasyonun 12., 16. ve 24. saatlerinde mevcut sekretom bileşenleritanımlanmış ve PY79 ve basilisin üretemeyen türevi OGU1 arasında farklılık gösterenproteinler ve seviyeleri nicel olarak belirlenmiştir. LC-MS/MS analizlerinde toplam 2075protein tanımlanabilmiştir. Tanımlanabilen proteinlerin 166?sının iki suş arasında farklı ifadeedilen proteinler olduğu gösterilmiştir. Beklenildiği üzere, 2DE MALDI TOF/MS yaklaşımı ileelde edilen protein sayıları çok daha düşük olmuşsa da, sonuçlar LC-MS/MS analiz bulgularıile uyumludur. Yine seçilen genler özelinde gerçekleştirilen qRT PCR çalışmaları daproteomik bulguları çok büyük ölçüde desteklemiştir. Bütünüyle ele alındığında, OGU1?defarklı ifade edilen proteinlerin transport ve metabolizma, genetik prosesler, yaşam biçimi,strese uyum, sporulasyon ve jerminasyon gibi fonksiyonal kategorilere ait olduğugösterilmiştir. Çalışmamız, basilisin yokluğunda sekretom kompozisyonundaki değişimlerinkapsamlı biçimde anlaşılmasını ve bu değişimlerde basilisin operonunun muhtemel rolünündeğerlendirilmesi gerekliliğine işaret etmiş olup mevcut bulguların daha ileri fonksiyonelçalışmalarla desteklenmesi hedeflenmektedir.
Citation Formats
G. Özcengiz and T. E. İşlerel, “Bacillus subtilis Standart Suş (PY79) ile Basilisinin Bloke Edildiği Suşun (OGU1) Karşılaştırmalı Dinamik Sekretom Analizi,” 2018. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TVRnME56RXg.