Biyolojik Floresan Komplemantasyon Tekniğinin Protein Etkileşimlerinde Kullanılması Ve Zar Proteinlerine Uygulanması

2010-12-31
Proje kapsamında kullanılması öngörülen floresan tekniklerin başında temelleri 1990’lı yıllara dayanan ve prensipte bir bölünmüş protein komplemantasyon tekniği (PCA, İng. protein- fragment complementation assay) olan bölünmüş yeşil protein (İng. Split-GFP) gelmektedir. Biyolojik floresan komplemantasyon (BiFC, İng. biomolecular fluorescence complementation) tekniği olarak da literatürde tanımlanan bölünmüş-GFP tekniği 238 amino asitlik yeşil floresan proteinin floresan özellik göstermeyen iki parçaya ayrılması ve bu parçaların birbirleri ile etkileştikleri test edilen proteinlere klonlama yöntemi ile eklenmesi yolu ile yapılır. Test edilen proteinlerin birbirleri ile etkileşmeleri durumunda yeşil floresan parçaları birleşerek floresan işlevini geri kazanırlar, bu sayede test edilen proteinlerin etkileştikleri bilgisinin yanısıra bu etkileşimin hücre içinde nerede ve ne şartlar altında gerçekleştiği bilgisi gerçek zamanlı olarak test edilebilir. Önerilen bu projede amacımız: Bölünmüş yeşil protein tekniğini kullanarak maya hücrelerinde zar proteinlerinin birbirleri ile etkileşimlerini incelemek ve özellikle GPCR eşleşmlerini çalışmak için görüntüleme tekniklerini optimize etmektir. Bu floresan tekniğin GPCRlere ve maya hücrelerine uyarlanması sırasında edinelecek deneyimler ilerleyen yıllarda gerçekleştirmeyi planladığımız projelerde transkripsiyon sonrası reseptörlerde gerçekleşen glikozilasyon ve fosforilasyonun, reseptör eşleşmesine olan etkilerinin araştırılmasının yanısıra çalışılacak diğer GPCRlerin bu tekniklerle incelenmesini mümkün kılacaktır. Proje sonucunda geliştireceğimiz floresan tekniklerin ve elde edeceğimiz sonuçların, ileriki çalışmalarda birçok GPCRnin eşleşmelerini, bu eşleşmelerin yapı-işlev ilişkilerini ve eşleşme için gerekli olan moleküler mekanizmaları anlamak için yararlı olacağını düşünüyoruz.

Suggestions

Biyolojik Ağların Gaussian Grafiksel Modellerle Tahmininde Kopulaların Uygulanması ve Parametre Tahmini
Leon, De Alexander; Şeker, Tamay; Gazi, Parutçuoğlu Vilda; Wit, Ernst(2017)
Proje gerçekçi büyüklükteki karmasık biyolojik ag yapılarının sistem davranıslarını duraganhaldeyken modellenmesi ve model parametrelerinin Bayesci yaklasımlarla tahmin edilmesinikapsamaktadır. Modellemede kopula Gauassin grafiksel modeli (CGGM) kulanılmıs veparametre tahmini iseöncelikli olarak ters atlamalı Markov zinciri Monte Carlo yöntemiyleyapılmıstır.
Biyolojik Hidrojen Üretimi için Borusal Fotobiyoreaktör Tasarımı ve Analizi
Kayahan, Emine; Eroğlu, İnci; Koku, Harun (2015-12-23)
Fotofermentasyon, biyokütle temelli yenilenebilir hidrojen üretim yöntemlerinden biridir. Bu araştırmada, mor kükürtsüz bakterilerle şeker pancarı melasından fotofermentasyon ile hidrojen üretimi için açık havada çalışacak bir dikey borusal cam fotobiyoreaktör tasarlanmıştır. Ekonomik bir süreç için fotobiyoreaktör tasarımı son derece önemlidir. İdeal bir fotobiyoreaktörde, akışın ve ışığın kollara dağılımı homojen olmalıdır. Ayrıca reaktörde düşük basınç farkı, düşük gaz geçirgenliği ve etkili bir gaz- sıv...
Fotovoltaik Güneş Gözelerinin Üretimine Yönelik Pirit Nanokristal Sentezi ve Karakterizasyonu
Volkan, Mürvet; Kalay, Yunus Eren(2015-12-31)
Başvurusu yapılan bu araştırma teklifinin amacı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Mikro ve Nano Teknolojiler Programı ve Kimya Bölümleri’nde ortaklaşa yürütülmek üzere, fotovoltaik uygulamalarda kullanılmak üzere pirit nanokristallerinden güneş gözelerinin üretilmesini ve detaylı içyapı karakterizasyonunu içermektedir. DAP kapsamında, sunulan disiplinlerarası proje teklifi ile, geleneksel PV hücre malzemelerinin yerini alabilecek nanokristal pirit malzemesinin üretilmesi ve g...
A comparative study of anisotropic hyperelastic models of biological soft tissues
Açan, Alp Kağan; Dal, Hüsnü; Department of Mechanical Engineering (2021-8)
In the last two decades, there has been significant growth of interest in the mechanical behavior of biological soft tissues approached from the continuum mechanical perspective. A plenty of constitutive models have been proposed that represent the anisotropic hyperelastic behavior of biological soft tissues. Generally, invariant and fiber dispersion-based models are two main categories considered during the modeling steps. Among the anisotropic models, fiber dispersion-based constitutive models are known t...
Biyolojik model sistemlerde ışık enerjisinin elektrik enerjisine dönüşümünün araştırılması
Eroğlu, İnci; Yücel, Ayşe Meral; Zabut, M. Baker(1988)
Son yıllarda doğal enerji kaynaklarının büyük bir hızla tüketilmesi üzerine güneş enerjisinden faydalanma ve güneş enerjisini kullanabilme-ye yönelik araştırmalar oldukça önem kazanmıştır. Bu araştırmalardaki anafikir bitkilerdeki ve bazı bakterilerdeki fotosentez olayını taklit eden model bir sistem oluşturmaktır. Zira fotosentez güneş enerjisinin dönüşümünde ve depolanmasında en verimli ve en yüksek dönüşümü göstermektedir. Bu araştırmada model olarak Bacteriorhodopsin ihtiva eden yapay bir fo...
Citation Formats
Ç. D. Son, “Biyolojik Floresan Komplemantasyon Tekniğinin Protein Etkileşimlerinde Kullanılması Ve Zar Proteinlerine Uygulanması,” 2010. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61767.