Basit şekerlerin doymuş çözeltilerdeki davranışlarının moleküler dinamik (MD) simülasyon ile incelenmesi

Date

2020-10-23

Author

Balabanlı, Zinnur Yağmur
Öztop, Halil Mecit

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

303
views

0
downloads

Şekerler biyokullanılabilirliği, son ürün kalitesini ve üretim verimini etkileyen birçok yapısal özelliğe sahiptir bu sebeple değişen koşullar altındaki yapısal davranışlarının incelenmesi esastır. Bu araştırmanın amacı fruktoz ve glikoz şekerlerinin, su ile etkileşimlerini, kristalizasyon eğilimlerini, moleküller arası itme-çekme kuvvetlerini ve sulu çözeltilerdeki belirli davranışlarını Moleküler Dinamik (MD) simülasyon tekniğini kullanarak karşılaştırmak ve tekniğin gıda sistemlerine uygulanabilirliğini göstermektir. Çalışmada MD simülasyonlar GROMACS 5.1 simulasyon paketi araçları kullanılarak, şekerlerin 25 °C‘deki doyma konsantrasyonunu referans alınıp bu değerin 0,50 0,75, 1,25 ve 1,50 ile çarpılmasıyla elde edilen doymamış, aşırı doymuş sistemlerin modellenmesiyle tamamlanmıştır. Molekül yapı dosyaları Protein Veri Bankasından elde edilmiş ve CHARMM-GUI Girdi Üreticisi kullanılarak da CHARMM kuvvet alanında kullanılmak üzere topoloji dosyaları üretilmiştir. Simülasyonlar neticesindeki zaman içerisinde değişen sistem davranışları, Ortalama Karekök Sapma (RMSD), Çözgen Erişebilir Yüzey Alanı (SASA) ve eylemsizlik yarıçapı (Rg)‘ı ile izlenmiş ve sistemlerin yapısal denge özellikleri, Radyal Dağılım Fonksiyonu (RDF), Hidrojen Bağ Sayısı, RMSD, SASA, Rg ve bağlı olmayan potansiyellerin hesaplanmasıyla değerlendirilmiştir. Sonuçta kristalizasyon eğilimi beklenen sistemlerde RMSD ve SASA değerlerinin küçülerek dengeye ulaştığı, şeker molekülleri arasındaki H-bağı sayısında konsantrasyon ile artış olduğu ve kristal yapıya katılması beklenen moleküllerin arasında çekme kuvvetlerinin baskın olduğu gözlenmiştir.

URI

https://hdl.handle.net/11511/93581

Conference Name

Türkiye 13. Gıda Kongresi

Collections

Department of Food Engineering, Conference / Seminar

Suggestions

OpenMETU
Core

Katı hal gaz algılayıcılarında manyetik geçirgenlik tekniğinin uygulanması Bekteseviç, Selma; Karakaş, Gürkan; Severcan, Işıl(2001) Karbonmonoksit,NOx,hidrokarbonlar gibi atmosferik kirleticilerin derişimlerinin ölçülmesi hava kirliliğinin önlenmesi ve yanma sistemlerinin performanslarının arttırılması gerekliliği gibi nedenlerle giderek önem kazanmaktadır. Katı hal gaz algılayıcıları automotiv,sabit kaynaklı kirleticileri, yangın önleme ve savunma sanayinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Katı hal gaz algılayıcılarında kullanılan temel prensip bir heterojen katalizör yüzeyi ile gaz molekülleri arasında gerçekleşen kimyasal ve elektriks...
Sustainable design implications for alternative food networks: A case on Güneşköy's community supported agriculture (CSA) model Kaplan, Ayşe; Doğan, Çağla; Department of Industrial Design (2021-6) The global food system consists of complex processes (i.e., food production, distribution, consumption, and disposal) and contains several environmental, economic, and social sustainability challenges. As a result of the food system's problems, some producers and consumers have taken actions that have resulted in the emergence of alternative food networks. These are primarily bottom-up initiatives led by creative and innovative groups of people collaborating to develop alternative food-system solutions. Dif...
Profesyonel Sürücülerde Mesleki Stres ve Sapkın Sürücü Davranışları İlişkisinde Tükenmişlik Seviyesinin Aracı Rolü Fındık, Gizem; Özkan, Türker (2018-04-01) İş kaynaklı stres, işin gerektirdikleriyle çalışanların sahip oldukları özellikler arasındaki uyumsuzluğa verilen, çalışanların başa çıkma becerilerini zorlayan bir tepki olarak tanımlanmaktadır. Tükenmişlik ise iş kaynaklı strese uzun süre maruz kalma sonucunda oluşabilecek olumsuzluklardan biridir. Mesleki stres ve tükenmişlik profesyonel sürücülerde birtakım olumsuz bireysel ve kurumsal sonuçlara yol açabileceği gibi, sürücü davranışlarını da etkileme potansiyeline sahiptir. Mevcut çalışmanın amacı, prof...
Formulation of food processing wastes for co-production of bacterial pectinase and cellulase enzymes Özzeybek, Mehlika; Çekmecelioğlu, Deniz; Department of Food Engineering (2022-5-16) Production of enzymes has always been the focus of research with its ever-increasing application area, yet it is an expensive process due to the need for pure carbon sources to carry out the production. Exploring new ways to reduce cost while maximizing enzyme production is an ongoing battle, even in today's opportunities. In this research, a mixture of food wastes was valorized and bacterial pectinase and cellulase were co-produced. Optimum proportions of the hazelnut shells, orange peel, and apple pomace ...
Synthesis and characterization of benzodithiophene containing conjugated polymers for organic bulk heterojunction solar cells Taşkaya Aslan, Sultan; Çırpan, Ali; Department of Chemistry (2022-8-2) Bulk heterojunction organic solar cells (BHJ-OSCs) have drawn attention as a renewable energy source due to their flexibility, lightweight and low cost in large-area applications. Besides the design of novel polymeric materials with different building blocks, the device architectures of the solar cells have been improved significantly to increase the power conversion efficiency (PCE) of solution-processed OSCs over the last years. Up to now, PCE for single layer BHJ-OSCs has reached 18%, and high performanc...

Citation Formats

Z. Y. Balabanlı and H. M. Öztop, “Basit şekerlerin doymuş çözeltilerdeki davranışlarının moleküler dinamik (MD) simülasyon ile incelenmesi,” presented at the Türkiye 13. Gıda Kongresi, Çanakkale, Türkiye, 2020, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/93581.