Basit şekerlerin doymuş çözeltilerdeki davranışlarının moleküler dinamik (MD) simülasyon ile incelenmesi

2020-10-23
Şekerler biyokullanılabilirliği, son ürün kalitesini ve üretim verimini etkileyen birçok yapısal özelliğe sahiptir bu sebeple değişen koşullar altındaki yapısal davranışlarının incelenmesi esastır. Bu araştırmanın amacı fruktoz ve glikoz şekerlerinin, su ile etkileşimlerini, kristalizasyon eğilimlerini, moleküller arası itme-çekme kuvvetlerini ve sulu çözeltilerdeki belirli davranışlarını Moleküler Dinamik (MD) simülasyon tekniğini kullanarak karşılaştırmak ve tekniğin gıda sistemlerine uygulanabilirliğini göstermektir. Çalışmada MD simülasyonlar GROMACS 5.1 simulasyon paketi araçları kullanılarak, şekerlerin 25 °C‘deki doyma konsantrasyonunu referans alınıp bu değerin 0,50 0,75, 1,25 ve 1,50 ile çarpılmasıyla elde edilen doymamış, aşırı doymuş sistemlerin modellenmesiyle tamamlanmıştır. Molekül yapı dosyaları Protein Veri Bankasından elde edilmiş ve CHARMM-GUI Girdi Üreticisi kullanılarak da CHARMM kuvvet alanında kullanılmak üzere topoloji dosyaları üretilmiştir. Simülasyonlar neticesindeki zaman içerisinde değişen sistem davranışları, Ortalama Karekök Sapma (RMSD), Çözgen Erişebilir Yüzey Alanı (SASA) ve eylemsizlik yarıçapı (Rg)‘ı ile izlenmiş ve sistemlerin yapısal denge özellikleri, Radyal Dağılım Fonksiyonu (RDF), Hidrojen Bağ Sayısı, RMSD, SASA, Rg ve bağlı olmayan potansiyellerin hesaplanmasıyla değerlendirilmiştir. Sonuçta kristalizasyon eğilimi beklenen sistemlerde RMSD ve SASA değerlerinin küçülerek dengeye ulaştığı, şeker molekülleri arasındaki H-bağı sayısında konsantrasyon ile artış olduğu ve kristal yapıya katılması beklenen moleküllerin arasında çekme kuvvetlerinin baskın olduğu gözlenmiştir.
Türkiye 13. Gıda Kongresi

Suggestions

Katı hal gaz algılayıcılarında manyetik geçirgenlik tekniğinin uygulanması
Bekteseviç, Selma; Karakaş, Gürkan; Severcan, Işıl(2001)
Karbonmonoksit,NOx,hidrokarbonlar gibi atmosferik kirleticilerin derişimlerinin ölçülmesi hava kirliliğinin önlenmesi ve yanma sistemlerinin performanslarının arttırılması gerekliliği gibi nedenlerle giderek önem kazanmaktadır. Katı hal gaz algılayıcıları automotiv,sabit kaynaklı kirleticileri, yangın önleme ve savunma sanayinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Katı hal gaz algılayıcılarında kullanılan temel prensip bir heterojen katalizör yüzeyi ile gaz molekülleri arasında gerçekleşen kimyasal ve elektriks...
Sustainable design implications for alternative food networks: A case on Güneşköy's community supported agriculture (CSA) model
Kaplan, Ayşe; Doğan, Çağla; Department of Industrial Design (2021-6)
The global food system consists of complex processes (i.e., food production, distribution, consumption, and disposal) and contains several environmental, economic, and social sustainability challenges. As a result of the food system's problems, some producers and consumers have taken actions that have resulted in the emergence of alternative food networks. These are primarily bottom-up initiatives led by creative and innovative groups of people collaborating to develop alternative food-system solutions. Dif...
Profesyonel Sürücülerde Mesleki Stres ve Sapkın Sürücü Davranışları İlişkisinde Tükenmişlik Seviyesinin Aracı Rolü
Fındık, Gizem; Özkan, Türker (2018-04-01)
İş kaynaklı stres, işin gerektirdikleriyle çalışanların sahip oldukları özellikler arasındaki uyumsuzluğa verilen, çalışanların başa çıkma becerilerini zorlayan bir tepki olarak tanımlanmaktadır. Tükenmişlik ise iş kaynaklı strese uzun süre maruz kalma sonucunda oluşabilecek olumsuzluklardan biridir. Mesleki stres ve tükenmişlik profesyonel sürücülerde birtakım olumsuz bireysel ve kurumsal sonuçlara yol açabileceği gibi, sürücü davranışlarını da etkileme potansiyeline sahiptir. Mevcut çalışmanın amacı, prof...
Improvement of temporal resolution of fMRI data for brain decoding
Varol, Emel; Yarman Vural, Fatoş Tunay; Department of Computer Engineering (2022-2-10)
In this study, we aim to increase the accuracy of the mapping between the states of the brain and problem-solving phases namely planning and execution. To create a computational model to generate the mapping, an fMRI dataset obtained from subjects solving the Tower of London problem has been used. fMRI data is suitable for this problem as it provides regional and time-varying changes in brain metabolism. However, developing the model using fMRI data is not trivial. Generally, fMRI data has a very large feat...
Tıbbi Bitki Epilobium Hirsutum'un Sulu Ekstresinin Sıçan Karaciğer Mikrozomal Flavin Monooksijenaz 3 (fmo3) Enzim Ekspresyonu Üzerine Etkisinin İncelenmesi
Adalı, Orhan(2011-12-31)
Çeşitli ilaçlar, endüstriyel kimyasallar, pestisitler veya gıda katkı maddeleri gibi ksenobiyotikler, vücuda girdiklerinde parçalara ayrılarak veya değişime uğrayarak vücuttan atılmaları için bir takım enzim sistemleri tarafından metabolize edilmeleri gerekmektedir. Bu enzim sistemleri bu kimyasal ajanların toksik etkilerini değiştirebildikleri gibi çeşitli ilaçların da etki mekanizmalarını etkileyebilmektedirler. Kimyasal ajanların karşılaştıkları ilk enzim sistemi genel olarak Faz I detoksifikasyon/aktiva...
Citation Formats
Z. Y. Balabanlı and H. M. Öztop, “Basit şekerlerin doymuş çözeltilerdeki davranışlarının moleküler dinamik (MD) simülasyon ile incelenmesi,” presented at the Türkiye 13. Gıda Kongresi, Çanakkale, Türkiye, 2020, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/93581.