Azasiyanin 3 ve Türevi Bileşiklerin Üçlü Sarmal Yapıya Sahip Nükleik Asitler İle Etkileşimlerinin İncelenmesi

2019-08-15
Üçlü DNA sarmal yapıları anti-gen ve anti-sense stratejilerinin ortaya çıkması ile önem kazanmıştır. Fakat, anti-gen stratejilerindeki en temel sorun, oluşturulan üçlü sarmal yapıların yeterince sağlam olmaması ve üçüncü dizinin kolaylıkla ikili sarmaldan ayrılmasıdır. Bu sorunun bir çözümü üçlü sarmal yapıların karalılığını bu yapılara bağlanan küçük molekülleri kullanarak arttırmaktır. Bu projenin de en temel amacı üçlü sarmal DNA yapılarına kuvvetli bir şekilde bağlanan ve bu yapıları sağlamlaştıran ilaç adayı yeni molekülleri ortaya çıkartmaktır. Proje kapsamındaki amaçlarımızdan ilki azasiyanin 3 (aza3-Azametil) bileşiğinin üçlü sarmal yapıya sahip nükleik asitler ile olan etkileşimlerini in-vitro çalışmaları ile incelemek, karakterize etmek ve azasiyanin moleküllerinin in-vivo çalışmalarda üçlü sarmal oluşturan GAA·TTC tekrar dizinini içeren maya hücrelerinde göstermiş olduğu etkiye dayanak sağlamak ve açıklık getirmektir. Bir diğer temel hedefimiz ise Azametil türevleri olan Azaetil, Azapropil ve Azaizopropil moleküllerini sentezleyerek, bu moleküllerin üçlü sarmal yapılar ile etkileşimlerini incelemek ve molekül yapısının bağlanma üzerindeki etkisini açığa çıkartmaktır. Sonuç olarak, rekabetçi diyaliz yöntemi kullanılarak azasiyaninlerin farklı nükleik asit dizinleri ve yapılarına (tekli sarmal, ikili sarmal, üçlü sarmal vb.) karşı seçicicilikleri incelenerek, bu moleküllerin üçlü sarmal yapılara karşı seçici oldukları belirlenmiştir. Yürütülen spektroskopi (UV-Vis, CD, Floresans) çalışmaları ile bu moleküllerin özellikle de benzimidazoller içerisinde Azametilin üçlü sarmal yapılara kuvvetli bir şekilde bağlandığı ve bu yapıların kararlılığını arttırdığı ortaya çıkartılmıştır. Bağlanma kuvvetinin benzimidazol halka yapısında yer alan artan zincir uzunluğu ve dallanmadan negatif etkilendiği gözlemlenmiştir. Üçlü sarmal yapı olarak belirlenen polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)ye kuvvetli olarak bağlandığı belirlenen Azametilin hangi koşullar altında (pH, tuz, vb.) bağlandığı, bağlanma modu ve bağlanma oranı belirlenmiştir. Son olarak, termal denatürasyon deneyleri ile ayrıca Azametilin daha önceki çalışmalar sonucunda ortaya çıkarılan coralyne gibi polyd(A)·polyd(T) ikili sarmal yapısını bozarak, üçlü sarmal yapının oluşmasını sağladığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu proje ile azasiyaninlerin, özellikle de Aza5 ve Azametilin anti-gen tedavilerinde veya in-vivoda üçlü sarmal yapıları belirlemede kullanılabilecek aday moleküller oldukları ortaya çıkartılmıştır.

Suggestions

Investigating the interactions of azacyanines with triplex nucleic acids
Tütüncü , Serra; Persil Çetinkol, Özgül; Department of Biomedical Engineering (2020-9)
Triple helical nucleic acid structures have gained substantial attention with the emergence of anti-sense and anti-gene strategies. In anti-gene strategies, the idea is to form a triple helical structure in the gene by binding a third nucleic acid sequence into the major groove of that gene. Therefore, the binding of transcription proteins, polymerases, etc. to that gene could be prevented to ultimately result in the inhibition of the transcription. One of the challenges in anti-gene strategies is the ...
2 Benzimidazol Türevi Bileşiğin Nükleik Asitler İle Etkileşimlerinin İncelenmesi
Tütüncü, Serra; Persil Çetinkol, Özgül; Ercan, Batur(2018-12-31)
Üçlü DNA sarmal yapılarının önemi bu yapıların anti-gen stratejilerinde kullanılabilceğinin ortaya çıkması ile önem kazanmıştır. Anti-gen stratejilerindeki temel hedeflerden ilki üçüncü bir dizinin DNA ikili sarmlarına bağlanarak üçlü sarmal yapı oluşturması ve bu şekilde transkripte görev alan proteinlerin, polimerazların vb. gene bağlanmalarının engellemesidir. Anti-gen stratejilerindeki sorunlardan birisi ise genelde oluşturulan üçlü sarmal yapıların yeterince stabile (sağlam) olmamalarından dolayı ikil...
Azasiyaninlerin Topoizomeraz Enzimleri Üzerindeki Muhtemel Etkilerinin İncelenmesi
Persil Çetinkol, Özgül(2018-06-01)
Topoizomeraz enzimleri DNA'nın replikasyonu ve/veya transkripsiyonu sırasında DNA'nın tek zincirinde (Tip 1 topoizomeraz) veya her iki zincirinde (Tip 2 topoizomeraz) de kısa süreli kırılmalara sebep olarak, DNA'nın topolojik durumunu kontrol eden enzimlerdir. Topoizomerazların işlevlerinin yok edilmesi kanser tedavisinde kullanılan temel yöntemlerden biridir. Amaç, topoizomerazları küçük moleküller (ilaçlar) ile inhibe ederek, DNA replikasyonunu/transkripsiyonunu yani hücre bölünmesini durdurmaktır. Örneği...
Kısmi gözlemlenebilir gen düzenleyici ağlarının etkin olarak kontrolü
Polat, Faruk; Erdoğdu, Utku; Şirin, Utku(2013-07-01)
Genlerin çalışma prensiplerini inceleme gereksinimi gen düzenleyici ağların (GDA) modellenmesi ve kontrolü üzerine bilimsel çalışmalar yapılmasına yol açmıştır. GDA’ları modellemek için değişik yaklaşımlar mevcuttur ve bu yaklaşımların çoğu genler arasındaki ilişkileri matematiksel modeller vasıtasıyla modellemektedir. Problemi daha zorlaştırmasına rağmen, GDA kontrol problemlerinin daha doğal ve gerçekçi çözülebilmesi için kısmi gözlemlenebilirliğin önerilmesi gerektiğini savunuyoruz. Kısmi gözlemlenebilir...
Coupled Hidden Markov Model with Bivariate Discrete Copula to Study Comorbidity of Chronic Diseases
Oflaz, Zarına; Yozgatlıgil, Ceylan; Kestel, Sevtap Ayşe; Department of Statistics (2022-2-09)
A range of chronic diseases have a significant influence on each other and share common risk factors. Comorbidity, which shows the existence of two or more diseases interacting or triggering each other, is an important measure for actuarial valuations. The main proposal of the thesis is to model parallel interacting processes describing two or more chronic diseases by a combination of hidden Markov theory and copula function. This study introduces a novel coupled hidden Markov model with the bivariate discr...
Citation Formats
Ö. Persil Çetinkol, “Azasiyanin 3 ve Türevi Bileşiklerin Üçlü Sarmal Yapıya Sahip Nükleik Asitler İle Etkileşimlerinin İncelenmesi,” 2019. Accessed: 00, 2022. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/95891.