Azasiyanin 3 ve Türevi Bileşiklerin Üçlü Sarmal Yapıya Sahip Nükleik Asitler İle Etkileşimlerinin İncelenmesi

Date

2019-08-15

Author

Persil Çetinkol, Özgül

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

210
views

0
downloads

Üçlü DNA sarmal yapıları anti-gen ve anti-sense stratejilerinin ortaya çıkması ile önem kazanmıştır. Fakat, anti-gen stratejilerindeki en temel sorun, oluşturulan üçlü sarmal yapıların yeterince sağlam olmaması ve üçüncü dizinin kolaylıkla ikili sarmaldan ayrılmasıdır. Bu sorunun bir çözümü üçlü sarmal yapıların karalılığını bu yapılara bağlanan küçük molekülleri kullanarak arttırmaktır. Bu projenin de en temel amacı üçlü sarmal DNA yapılarına kuvvetli bir şekilde bağlanan ve bu yapıları sağlamlaştıran ilaç adayı yeni molekülleri ortaya çıkartmaktır. Proje kapsamındaki amaçlarımızdan ilki azasiyanin 3 (aza3-Azametil) bileşiğinin üçlü sarmal yapıya sahip nükleik asitler ile olan etkileşimlerini in-vitro çalışmaları ile incelemek, karakterize etmek ve azasiyanin moleküllerinin in-vivo çalışmalarda üçlü sarmal oluşturan GAA·TTC tekrar dizinini içeren maya hücrelerinde göstermiş olduğu etkiye dayanak sağlamak ve açıklık getirmektir. Bir diğer temel hedefimiz ise Azametil türevleri olan Azaetil, Azapropil ve Azaizopropil moleküllerini sentezleyerek, bu moleküllerin üçlü sarmal yapılar ile etkileşimlerini incelemek ve molekül yapısının bağlanma üzerindeki etkisini açığa çıkartmaktır. Sonuç olarak, rekabetçi diyaliz yöntemi kullanılarak azasiyaninlerin farklı nükleik asit dizinleri ve yapılarına (tekli sarmal, ikili sarmal, üçlü sarmal vb.) karşı seçicicilikleri incelenerek, bu moleküllerin üçlü sarmal yapılara karşı seçici oldukları belirlenmiştir. Yürütülen spektroskopi (UV-Vis, CD, Floresans) çalışmaları ile bu moleküllerin özellikle de benzimidazoller içerisinde Azametilin üçlü sarmal yapılara kuvvetli bir şekilde bağlandığı ve bu yapıların kararlılığını arttırdığı ortaya çıkartılmıştır. Bağlanma kuvvetinin benzimidazol halka yapısında yer alan artan zincir uzunluğu ve dallanmadan negatif etkilendiği gözlemlenmiştir. Üçlü sarmal yapı olarak belirlenen polyd(A)·polyd(T)·polyd(T)ye kuvvetli olarak bağlandığı belirlenen Azametilin hangi koşullar altında (pH, tuz, vb.) bağlandığı, bağlanma modu ve bağlanma oranı belirlenmiştir. Son olarak, termal denatürasyon deneyleri ile ayrıca Azametilin daha önceki çalışmalar sonucunda ortaya çıkarılan coralyne gibi polyd(A)·polyd(T) ikili sarmal yapısını bozarak, üçlü sarmal yapının oluşmasını sağladığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu proje ile azasiyaninlerin, özellikle de Aza5 ve Azametilin anti-gen tedavilerinde veya in-vivoda üçlü sarmal yapıları belirlemede kullanılabilecek aday moleküller oldukları ortaya çıkartılmıştır.

Subject Keywords

azasiyanin, dna, üçlü sarmal, anti-gen tedavisi, i̇nterkalasyon.

URI

https://hdl.handle.net/11511/95891

Collections

Department of Chemistry, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Investigating the interactions of azacyanines with triplex nucleic acids Tütüncü , Serra; Persil Çetinkol, Özgül; Department of Biomedical Engineering (2020-9) Triple helical nucleic acid structures have gained substantial attention with the emergence of anti-sense and anti-gene strategies. In anti-gene strategies, the idea is to form a triple helical structure in the gene by binding a third nucleic acid sequence into the major groove of that gene. Therefore, the binding of transcription proteins, polymerases, etc. to that gene could be prevented to ultimately result in the inhibition of the transcription. One of the challenges in anti-gene strategies is the ...
Azasiyaninlerin Topoizomeraz Enzimleri Üzerindeki Muhtemel Etkilerinin İncelenmesi Persil Çetinkol, Özgül(2018-06-01) Topoizomeraz enzimleri DNA'nın replikasyonu ve/veya transkripsiyonu sırasında DNA'nın tek zincirinde (Tip 1 topoizomeraz) veya her iki zincirinde (Tip 2 topoizomeraz) de kısa süreli kırılmalara sebep olarak, DNA'nın topolojik durumunu kontrol eden enzimlerdir. Topoizomerazların işlevlerinin yok edilmesi kanser tedavisinde kullanılan temel yöntemlerden biridir. Amaç, topoizomerazları küçük moleküller (ilaçlar) ile inhibe ederek, DNA replikasyonunu/transkripsiyonunu yani hücre bölünmesini durdurmaktır. Örneği...
2 Benzimidazol Türevi Bileşiğin Nükleik Asitler İle Etkileşimlerinin İncelenmesi Tütüncü, Serra; Persil Çetinkol, Özgül; Ercan, Batur(2018-12-31) Üçlü DNA sarmal yapılarının önemi bu yapıların anti-gen stratejilerinde kullanılabilceğinin ortaya çıkması ile önem kazanmıştır. Anti-gen stratejilerindeki temel hedeflerden ilki üçüncü bir dizinin DNA ikili sarmlarına bağlanarak üçlü sarmal yapı oluşturması ve bu şekilde transkripte görev alan proteinlerin, polimerazların vb. gene bağlanmalarının engellemesidir. Anti-gen stratejilerindeki sorunlardan birisi ise genelde oluşturulan üçlü sarmal yapıların yeterince stabile (sağlam) olmamalarından dolayı ikil...
Kısmi gözlemlenebilir gen düzenleyici ağlarının etkin olarak kontrolü Polat, Faruk; Erdoğdu, Utku; Şirin, Utku(2013-07-01) Genlerin çalışma prensiplerini inceleme gereksinimi gen düzenleyici ağların (GDA) modellenmesi ve kontrolü üzerine bilimsel çalışmalar yapılmasına yol açmıştır. GDA’ları modellemek için değişik yaklaşımlar mevcuttur ve bu yaklaşımların çoğu genler arasındaki ilişkileri matematiksel modeller vasıtasıyla modellemektedir. Problemi daha zorlaştırmasına rağmen, GDA kontrol problemlerinin daha doğal ve gerçekçi çözülebilmesi için kısmi gözlemlenebilirliğin önerilmesi gerektiğini savunuyoruz. Kısmi gözlemlenebilir...
Composite boron doped hydroxyapatite-tricalcium phosphate/alginate/gelatin hydrogel coating on titanium implants: Osseointegration and immunomodulation study Pazarçeviren, Ahmet Engin; Tezcaner, Ayşen; Evis, Zafer; Department of Engineering Sciences (2022-7-25) A successful bridging and osseointegration of Ti-6Al-4V implant (Ti) at the defect site are strongly dependent on the effectiveness of the interphase. Achieving such a robust interface could diminish micromovements, shearing on the defected bone and loosening over time. Here, a boron doped hydroxyapatite (A/G/BHT) loaded alginate/gelatin-based (A/G) hydrogel coating on Ti was produced to support bone integration through prompting osteoinduction, vascularization and immunomodulation. Initially, highly reprod...

Citation Formats

Ö. Persil Çetinkol, “Azasiyanin 3 ve Türevi Bileşiklerin Üçlü Sarmal Yapıya Sahip Nükleik Asitler İle Etkileşimlerinin İncelenmesi,” 2019. Accessed: 00, 2022. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/95891.