Biochemical modeling of logic gates in prokaryotic transcriptional regulation

Download

irem_aksoy_cankur_tez.pdf

Date

2022-8

Author

Aksoy Cankur, İrem

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

244
views

199
downloads

Logic gates are seen in cells in their daily routines and yet, constructing a synthetic one is still a challenge. In this thesis, AND, OR and XOR logic gates in a bacteria cell are modelled using Python as a simulation tool. Furthermore, function fitting is sought to decrease the complexity of gate functions and increase efficiency. Finally, how protein production would be if an average E.coli bacteria had governed these gates is simulated. The major outcome of this thesis is that it is possible to create logic gate simulations of a bacteria cell that gives exact characteristics of a real life case. Also, it is found out that the characteristics of the gates are prone to changes based on transcription factor concentrations, dissociation constants and cooperativity term parameter selections. However, it must be noted that this thesis is completely performed on a computer based environment. In vitro studies are excluded from the scope of the thesis.

Subject Keywords

Logic gates, Bacteria, Python

URI

https://hdl.handle.net/11511/99433

Collections

Graduate School of Informatics, Thesis

Suggestions

OpenMETU
Core

Pedestrians’ Perception Of Sub-Spaces Along Urban Roads As Public Spaces –Case Of Eskişehir Road In Ankara DEMİRBAŞ, ÖZGEN OSMAN; Aral, Hacer Ela (2015-04-01) Yol boyu yan-mekânlar, kent içinde sundukları yüksek erişilebilirliğebağlı olarak yoğun yaya kullanımı barındırdıklarında kamusal mekânözellikleri gösterirler. Yollar, çeşitli ve çok sayıda kullanıcıyı bir arayagetirerek karşılaşma olasılığı yaratmak yanında ortaya koyduklarıetkinlikler ve canlılıkla da kentselliğin oluşmasında temel oluştururlar.Günümüzde artan araç hızı nedeniyle araç sürücülerinin görsel algısı vekarşılaşma deneyimi indirgenmiştir. Bunun yanında, yan-mekânlardakiyayalar yüksek hız ve yoğ...
Mantıksal Gösterimden Dil İfadesi Üretmenin Makina Öğrenimi Bozşahin, Hüseyin Cem; Öter, Firat(2018-12-31) Bu proje ile mantıksal bir gösterimden dil ifadesi türetimi çalışılacaktır. Bu çalışma için gerekli kuramsal temel yönetici tarafından geliştirilmektedir. Makina öğrenme ve modelleme teknikleri kullanılacaktır. Hem teorik hem teknolojik katkılar önerilmektedir.
Imaging electrical conductivity distribution of the human head using evoked fields and potentials Yurtkölesi, Mustafa; Gençer, Nevzat Güneri; Department of Electrical and Electronics Engineering (2008) In the human brain, electrical activities are created due to the body functions. These electrical activities create potentials and magnetic fields which can be monitored elec- trically (Electroencephalography - EEG) or magnetically (Magnetoencephalography - MEG). Electrical activities in human brain are usually modeled by electrical dipoles. The purpose of Electro-magnetic source imaging (EMSI) is to determine the position, orientation and strength of dipoles. The first stage of EMSI is to model the human h...
Dinamik Postürografi Cihazının Denge Bozukluğu Üzerindeki Etkileri Sümbül, Ezgi; Demir, Garip Utku; Tönük, Ergin (2016-10-23) Denge günlük yaşam için zorunlu bir yetenektir ve vücudun çevreye göre pozisyonu açısından edinilen duyusal periferal bilginin entegrasyonuna dayanan karmaşık bir sistemdir. Bu karmaşık sistemi koordine eden görsel, vestibüler ve somatosensör sistemlerin herhangi birinde ortaya çıkan patolojiler denge bozukluğu ile sonuçlanır. Günümüzde denge bozukluğunun rehabilitasyonunda dinamik postürografi cihazları kullanılmaktadır. Söz konusu dinamik postürografi cihazları sagital, frontal ve horizontal düzlemlerde h...
Reuse Of Industrial Built Heritage For Residential Purposes In Manchester Mengüşoğlu, Nuran (Middle East Technical University, Faculty of Architecture, 2013-6-1) Endüstri dönemi yapı mirasının yeniden kullanımı, İngiltere’de olduğu kadar dünyanın değişik yerlerinde birçok şehirde giderek yaygın hale gelmektedir. Bu olgu, özellikle hala devam etmekte olan kentsel dönüşüm ve kentsel sürdürülebilirlik kavramları çerçevesinde daha da önem kazanmıştır. Artık kullanılmayan, fonksiyonlarını yitirmiş ve terkedilmiş yapıların sayısal olarak çok olduğu kentler, bu konuda önlemler almaya çalışmaktadırlar. Bu yapıların özellikle kent çeper ve merkezlerinde terkedilmiş, içine gi...

Citation Formats

İ. Aksoy Cankur, “Biochemical modeling of logic gates in prokaryotic transcriptional regulation,” M.S. - Master of Science, Middle East Technical University, 2022.