Biochemical modeling of logic gates in prokaryotic transcriptional regulation

2022-8
Aksoy Cankur, İrem
Logic gates are seen in cells in their daily routines and yet, constructing a synthetic one is still a challenge. In this thesis, AND, OR and XOR logic gates in a bacteria cell are modelled using Python as a simulation tool. Furthermore, function fitting is sought to decrease the complexity of gate functions and increase efficiency. Finally, how protein production would be if an average E.coli bacteria had governed these gates is simulated. The major outcome of this thesis is that it is possible to create logic gate simulations of a bacteria cell that gives exact characteristics of a real life case. Also, it is found out that the characteristics of the gates are prone to changes based on transcription factor concentrations, dissociation constants and cooperativity term parameter selections. However, it must be noted that this thesis is completely performed on a computer based environment. In vitro studies are excluded from the scope of the thesis.

Suggestions

Pedestrians’ Perception Of Sub-Spaces Along Urban Roads As Public Spaces –Case Of Eskişehir Road In Ankara
DEMİRBAŞ, ÖZGEN OSMAN; Aral, Hacer Ela (2015-04-01)
Yol boyu yan-mekânlar, kent içinde sundukları yüksek erişilebilirliğebağlı olarak yoğun yaya kullanımı barındırdıklarında kamusal mekânözellikleri gösterirler. Yollar, çeşitli ve çok sayıda kullanıcıyı bir arayagetirerek karşılaşma olasılığı yaratmak yanında ortaya koyduklarıetkinlikler ve canlılıkla da kentselliğin oluşmasında temel oluştururlar.Günümüzde artan araç hızı nedeniyle araç sürücülerinin görsel algısı vekarşılaşma deneyimi indirgenmiştir. Bunun yanında, yan-mekânlardakiyayalar yüksek hız ve yoğ...
Mantıksal Gösterimden Dil İfadesi Üretmenin Makina Öğrenimi
Bozşahin, Hüseyin Cem; Öter, Firat(2018-12-31)
Bu proje ile mantıksal bir gösterimden dil ifadesi türetimi çalışılacaktır. Bu çalışma için gerekli kuramsal temel yönetici tarafından geliştirilmektedir. Makina öğrenme ve modelleme teknikleri kullanılacaktır. Hem teorik hem teknolojik katkılar önerilmektedir.
Dinamik Postürografi Cihazının Denge Bozukluğu Üzerindeki Etkileri
Sümbül, Ezgi; Demir, Garip Utku; Tönük, Ergin (2016-10-23)
Denge günlük yaşam için zorunlu bir yetenektir ve vücudun çevreye göre pozisyonu açısından edinilen duyusal periferal bilginin entegrasyonuna dayanan karmaşık bir sistemdir. Bu karmaşık sistemi koordine eden görsel, vestibüler ve somatosensör sistemlerin herhangi birinde ortaya çıkan patolojiler denge bozukluğu ile sonuçlanır. Günümüzde denge bozukluğunun rehabilitasyonunda dinamik postürografi cihazları kullanılmaktadır. Söz konusu dinamik postürografi cihazları sagital, frontal ve horizontal düzlemlerde h...
Partially reconfigurable FPGA implementation of a real-time system /
Tengilimoğlu, Bengisu; Bazlamaçcı, Cüneyt Fehmi; Department of Electrical and Electronics Engineering (2014)
The use of reconfigurable logic has increased in different kinds of applications during the last decades. Compared to other logic solutions reconfigurable logic has advantages such as easy update and lower time to market. The concept of partial reconfiguration in Field Programmable Gate Arrays (FPGAs), which are the most commonly used reconfigurable logic, has recently been introduced by leading FPGA vendors. Partial reconfiguration is a technique that allows reconfiguring a specific part of an FPGA during ...
Reuse Of Industrial Built Heritage For Residential Purposes In Manchester
Mengüşoğlu, Nuran (Middle East Technical University, Faculty of Architecture, 2013-6-1)
Endüstri dönemi yapı mirasının yeniden kullanımı, İngiltere’de olduğu kadar dünyanın değişik yerlerinde birçok şehirde giderek yaygın hale gelmektedir. Bu olgu, özellikle hala devam etmekte olan kentsel dönüşüm ve kentsel sürdürülebilirlik kavramları çerçevesinde daha da önem kazanmıştır. Artık kullanılmayan, fonksiyonlarını yitirmiş ve terkedilmiş yapıların sayısal olarak çok olduğu kentler, bu konuda önlemler almaya çalışmaktadırlar. Bu yapıların özellikle kent çeper ve merkezlerinde terkedilmiş, içine gi...
Citation Formats
İ. Aksoy Cankur, “Biochemical modeling of logic gates in prokaryotic transcriptional regulation,” M.S. - Master of Science, Middle East Technical University, 2022.