Tekil hücre genom analizi yoluyla sağlıklı ve hasta bireylerin beyinlerinin incelenmesi

Download

TVRnME5qVTE.pdf

Date

2018

Author

Somel, Mehmet

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

238
views

366
downloads

Alzheimer Hastalığı (AH) genetik, çevresel ve rastgele etmenlere bağlı olarak gelişenkarmaşık ve ölümcül bir hastalıktır. AH'nin sebepleri ve gelişim süreci halen çok sınırlı ölçüdeanlaşılmıştır.Geçtiğimiz onyıllarda geleneksel sitometri ve FISH gibi yöntemler kullanan çalışmalar, AHvakaları ve sağlıklı kontrol bireyleri karşılaştırmış, AH vakalarının nöronlarında anlamlı ölçüdeyüksek seviyede anöploidi ve megabaz büyüklüğünde kopya sayısı varyasyonu (KSV)bulmuştur. Ancak bu yöntemlerin teknik gürültüye açık olması sonuçların güvenirliğinisınırlamıştır.Bu çalışmanın amacı da AH vakalarında somatik KSV yükünün rolü olabileceği hipotezini,tekil hücre tüm genom dizilemesi yöntemi kullanarak test etmektir. Ayrıca bilgimiz dahilinde ilkdefa bu çalışmada genom dizileme işlemi için nöron çekirdeklerini toplarken, özgün hücrelerinseçilmesine izin veren lazerle kesme ve yakalama (LCM) yöntemi kullanılmıştır.Çalışmamız kapsamında 10 AH vakası ile aynı yaş aralığında ve sağlıklı 7 kontrol bireyintemporal korteks ve hipokampüs örneklerinden elde edilen nöronal çekirdeklerden, iki farklıyöntemle toplam 1190 kütüphane oluşturulmuş ve düşük seviyede Illumina platformundadizilenmiştir. Bunlar arasından 472 hücreye ait veriler kalite ve gürültü filtrelerini geçebilmiştir.Analizimizin sonuçları, literatürde son yıllarda yayımlanan benzer verilerle de beraberdeğerlendirilerek, birkaç başlıkta özetlenebilir: Birincisi, megabaz uzunluğunda somatikKSV'ler insan beyin nöronları arasında %10 veya daha düşük orandadır. Tüm kromozomanöploidiler ise %2 veya daha düşük oranda görülmektedir. İkincisi, yakın zamanlı benzer birçalışmayla paralel olarak, AH ve kontrol bireyleri arasında anlamlı bir fark bulunmamaktadır.Teknik açıdan ise, çekirdekleri ayrıştırma işleminde LCM, FACS'a göre anlamlı ölçüde dahagürültülü bir yöntemdir. Ayrıca teknik gürültü tekil genom analizinde de (muhtelemen dizilemederinliğinden bağımsız olarak) ciddi bir sorundur.Tekil nöronların genom varyasyonunun ve somatik çeşitliliğin AH'de rolünün incelenmesinihedefleyen gelecek çalışmalar, gürültüyü minimize eden yöntemlerle makro değil mikromutasyonları incelemeyi hedefleyebilir.

Subject Keywords

Biyoloji, Hücre Biyolojisi, Nörolojik Bilimler

URI

https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TVRnME5qVTE
https://hdl.handle.net/11511/50507

Collections

Department of Biology, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Kolorektal kanser hücrelerinde Siklooksijenaz -2 (COX-2)’nin sodyum bütirat aracılı transkripsiyon sonrası regülasyonu Gurbanov, Tunçer Sinem; Banerjee, Sreeparna(2019) Kısa zincirli yag asitleri bagırsakta komensal bakteriler tarafından üretilmektedir ve bunlarıninflamasyonu azalttıkları bilinmektedir. Saptanan mekanizmalar içerisinde, siklooksigenaz-2(COX-2) gibi inflamatuvar proteinlerin ve sitokinlerin ifadesinde transkripsiyonel inhibasyonbulunmaktadır. Birkaç çalısma bütiratın inflamatuvar genlerin mRNA kararlılıgınıdegistirebilecegini belirtmektedir; fakat mekanizmalar açıklanmamıstır. Bu projede, kolonkanseri hücre hatlarının sodyum bütirat ile muamele edilmesi...
Protein kafeslerine hapsedilmiş paramanyetik ultra küçük gadolinyum oksit nanoparçacıklarının sitotoksisitesi Eke, Binay; Volkan, Mürvet; Güray, Nülüfer Tülün(2017) Bu projenin amacı tedavi edici ve görüntülemeye uygun kimyasalların tek bir nanoparçacıkta birleştirilmesi ile kanser tedavisini eş zamanlı takip etmeye uygun bir platform hazırlamak ve hazırlanan bu nanoparçacığın in vivo kullanımı nedeniyle hücre içindeki toksikolojik karakterizasyonunu gerçekleştirmektir. Bu amaca yönelik olarak MRI, nükleer (SPECT) ve CT yöntemlerine uygun, biyouyumlu, ferritin kafes içine yerleştirilmiş gadolinyum oksit nanoparçacıkları hazırlanmıştır. Daha sonra parçacıkların yüzeyi ...
C/EBPβ’nın Caco-2 Hücre Farklılaşması Sürecinde İndüklenen Otofajideki Rolünün Anlaşılması Banerjee, Sreeparna(2015) Bağırsak epitel hücrelerinin dengeli ve sürekli üretimi ile ilgili moleküler mekanizmalar tamolarak aydınlatılmış değildir. Karmaşık bir süreç olan farklılaşma, çeşitli hücre dışı ve içisinyaller, sinyal yolakları ve bu sinyal-sinyal yolakları tarafından aktive veya inhibe edilentranskripsiyon faktörleri tarafından düzenlenmektedir. Hücre içi Ca2+ seviyesindeki değişim,glikoz veya amino asit yoksunluğu gibi düzensizlikler, endoplazmik retikulum (ER) stresyanıtına yol açar. Bilinmektedir ki, ER stresi ve oto...
Meta analysis of alzheimer’s disease at the gene expression level İzgi, Hamit; Somel, Mehmet; Department of Biology (2017) In this study, publicly available microarray gene expression datasets are used to investigate common gene expression changes in different postmortem brain regions in Alzheimer’s Disease (AD) patients compared to control subjects, and to find possible functional associations related to these changes. The hypothesis is that pathogenesis of the disease converges into common patterns of dysregulation/alteration or dysfunction in molecular pathways across different brain regions in AD. In total, I studied 13 dat...
Model comparison for gynecological cancer datasets and selection of threshold value Bahçivancı, Başak; Purutçuoğlu Gazi, Vilda; Department of Statistics (2019) Cancer is a very common system’s disease with its structural and functional complexities caused by high dimension and serious correlation of genes as well as sparsity of gene interactions. Hereby, different mathematical models have been suggested in the literature to unravel these challenges. Among many alternates, in this study we use the Gaussian graphical model, Gaussian copula graphical model and loop-based multivariate adaptive regression splines with/without interaction models due to their advantages ...

Citation Formats

M. Somel, “Tekil hücre genom analizi yoluyla sağlıklı ve hasta bireylerin beyinlerinin incelenmesi,” 2018. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TVRnME5qVTE.