Date

2013-12-31

Author

Aydın Son, Yeşim
Yılmaz, Arif
Erdoğan, Onur
Gedikoğlu, Ceyhun

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

263
views

0
downloads

Cite This

Tek Nükleotid Polymorfizim (SNP) lerinin Genom boyutunda ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) istatistiksel analiz aşamasından sonra darboğaza girmektedir. Analiz edilen milyonlarca SNP in hastalıklarla istatistiksel olarak ilişkili gösterilen kısmının biyolojik olarak anlamlandırılması aşamasında araştırmacıların yeni standardlara ve analiz araçlarına ihtiyaçları vardır. Bu ihtiyaca yönelik tek bir yazılım altında GWAS ve sonrası önerdiğimiz analizleri ve yeni geliştirdiğimiz SNP Biobelirteç Puanlama sistemini biraraya getiren ve SNP genotiplendirme deneylerinden elde edilen verilerin istatistiksel ve biyolojik anlamlılık açısında analiz edildiği java tabanlı METUSNP masaüstü yazılımını ODTÜ Enformatik Enstitüsü Biyoenformatik Programı çerçevesinde geliştirmiş bulunmaktayız. İlk sürümü test edilmeye hazır olan METUSNP yazılımının testlerinin tamamlanması, geliştirilmesi ve bu proje çerçevesinde kurulacak olan METU BIOINFORMATICS internet sitesi üstünden genel kullanıma sunulan bir servis haline getirilmesi amaçlanmaktadır. METUSNP yazılımının METU BIOINFORMATICS (BIN) tarafından kullanıma sunulması yeni geliştirdiğimiz SNP Biobelirteç Puanlama sisteminin geniş çaplı olarak denenmesi, uygulanması ve yakın gelecekte yeni bir standard olarak GWAS sonrası analizlerde kabul görmesi açısından önemlidir. Biyoenformatik alanında geliştirilen algoritmalar ve yazılım araçları bilimsel olarak ne kadar değerli olsa da deneysel kullanıcıya hitap eden kullanımı kolay bir şekilde sunulmadığı takdirde uygulamaya geçmesi çok zorlaşmaktadır. Bu sebeb ile geliştirdiğimiz SNP Biyobelirteç Puanlama sistemini GWAS analizini tek bir işlemde gerçekleştirecek METUSNP yazılımının içinde bir internet servis olarak sunmamız araştırmamızın daha çok biyolog ve biyoenformatikçi tarafında değerlendirilmesini ve kabul görmesini sağlayacaktır.

Subject Keywords

Moleküler Biyoloji ve Genetik, Bilgi (Enformasyon) Sistemleri ve Komünikasyon Teknolojisi, Paralel Algoritmalar, Sağlık Bilimleri

URI

https://hdl.handle.net/11511/61814

Collections

Graduate School of Informatics, Project and Design