Bacillus subtilis ΔbacA mutantının karşılaştırmalı dinamik sekretom analizi

Date

2017-11-24

Author

Özcengiz, Gülay

Metadata

Show full item record

Item Usage Stats

89
views

0
downloads

Sekretom, hücre dışına salgılanan proteinleri ve bu proteinlerin salgılanma mekanizmalarına ait elemanları içerir. Sekretom çalışmaları, birçok organizmanın değişen koşullar altında salgıladıkları belirli özelliklere sahip proteinlerin tanımlanıp kullanım alanları yaratmaya olanak sağlamada önemli konuma sahiptir. B. subtilis in belirli suşları tarafından üretilebilen basilisin L-alanin and L-antikapsin den oluşan dipeptid yapısında bir antibiyotiktir. Basilisin biyosentizinin hücre yoğunluğu sinyali mekanizması tarafından kontrol edildiği, log büyüme fazı sırasında üretimin nispeten sabit olduğu, biyosentez hızının durağan faza geçiş sürecinde arttığı ve durağan faza girildiği dönemde maksimum seviyeye ulaştığı grubumuz tarafından gösterilmiştir. Buna ek olarak, basilisin üreten standard suş (PY79) ile basillisin operonu bloke edilmiş mutant suşa (ΔbacA, OGU1) ait hücre içi proteom çalışmaları laboratuvarımızca tamamlanmıştır. Sitoplazmik proteinlerin yanı sıra salgılanan proteinlerin de belirlenmesi, bu dinamik sürecin analiz edilmesi ve basilisin üretiminin hücre fizyolojisinde yarattığı değişikliklerin daha iyi anlaşılması bakımından önem taşımaktadır. Amaç: Çalışmanın amacı, standard B. subtilis suşu ve onun basilisin sentezleyemeyen mutantı tarafından salgılanan ve ekspresyon farklılığı gösteren proteinlerin büyüme zamanının bir fonksiyonu olarak belirlenmesidir. Yöntem: PA besiyeri kullanılarak büyütülen bakteri kültürlerinden farklı saatlerde (12, 16 ve 24. saat) toplanan sekretom örneklerinden fenol izolasyon yöntemi kullanılarak elde edilen proteinler LC-MS/MS analizleri ile tanımlanmıştır. Bulgular ve Sonuç: Sekretom örnekleri ile gerçekleştirilen LC-MS/MS analizlerinin sonucunda 700 den fazla protein tanımlanmıştır. Bu proteinler arasından standard suş ve mutant şuş arasında ekspresyon farklılığı gösteren proteinler belirlenmiş, fonksiyonlarına ve hücresel lokalizasyonlarına göre kategorize edilmiştir. Bulgularımız basilisin yokluğunda meydana gelen yeni değişimleri belirlemede ve bu dipeptide ait potansiyel moleküler regülasyonlar hakkında yeni bilgiler edinmemize olanak sağlamaktadır.

URI

https://hdl.handle.net/11511/70937

Conference Name

2. Ulusal Proteomik Kongresi (2017)

Collections

Department of Biology, Conference / Seminar

Suggestions

OpenMETU
Core

Bacillus subtilis ile 43 PROMOTÖRÜ (P43) KONTROLÜ ALTINDA HÜCREDIŞI REKOMBİNANT İNSAN BÜYÜME HORMONU ÜRETİMİ Çalık, Pınar(2018-12-31) Bacillus subtilis genetik olarak iyi bilinen ve kolay manipüle edilebilen özelliklerinin yanında sahip olduğu etkin salgılama sistemi ile hücredışı rekombinant protein (r-protein) üretim potansiyeli yüksek bir mikroorganizmadır. Ancak, homolog protein üretim kapasitesi ile kıyaslandığında, B. subtilis verimin genellikle litre başına miligram hatta mikrogram düzeylerine düştüğü heterolog proteinlerin sentezinde daha az başarılıdır. Bu sebeple r-protein üretimini arttırabilecek promotör ve ribozom bağlanma bö...
Investigation of bioreactor operation conditions for serine alkaline protease production by Bacillus subtilis Özdemir, Elif; Çalık, Pınar; Department of Chemical Engineering (2003) In this study, complex medium was designed for increasing serine alkaline protease (SAP) production by recombinant Bacillus sp. In this context, the effects of glucose, sucrose, inorganic nitrogen source, casein, defatted soybean, and molasses and their concerted effects were investigated in agitation (N=200 min"1) and heating rate (T=37°C) controlled laboratory scale bioreactors. For this purpose, experiments were started by microorganism selection. It was found that, most suitable microorganism for comple...
Bacillus subtilis Standart Suş (PY79) ile Basilisinin Bloke Edildiği Suşun (OGU1) Karşılaştırmalı Dinamik Sekretom Analizi İşlerel, Tekin Elif; Özcengiz, Gülay(2018) Bacillus türleri, antimetabolik ve farmakolojik aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitlerüretmektedir. B. subtilis?e ait biyoaktif peptidlerin etkilerinin sadece antimikrobiyal aktivite ilesınırlı olmadığı bilinmektedir. B. subtilis tarafından üretilen basilisin, N-terminalinde L-alanineand C-terminalinde non-proteinojenik bir amino asit olan L-anticapsin?den oluşan dipeptidyapısı ile bilinen en küçük antibiyotiktir. Basilisin biyosentezinin dinamikleri ve molekülerregülasyonu ile ilgili literatür b...
Bacillus subtilis dipeptid sentataz geninin klonlanması ve ifade edilmesi Karataş, Ayten Yazgan; Özcengiz, Gülay; Alaeddinoğlu, Gürdal N.(1999) Bu çalışmada, Bacillus subtilis 168 (PY79) tarafından nonribosomal olarak sentezlenen, L-alanin ve L-anticapsin'den oluşan dipeptid bir antibiyotik olan bacilysinin biyosentezinden sorumlu gen ve gen kümelerini belirlemek ve karakterize edebilmek için klonlama çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Mini-Tn10 taşıyan pIC333 vektörü ile "Tn10 insertion mutation" metodu uygulanmış ve gayet başardı sonuçlar elde edilmiştir. Bu metod sonucunda bacilycin üretemeyen ve $KA_1, KA_2, KA_3 ve KA_4$ olarak isimlendirilen d...
Response surface optimization of Bacillus thuringiensis israelensis fermentation Tokçaer, Zeynep; Özcengiz, Gülay; Alaeddinoğlu, Gürdal; Department of Biology (2003) The control of pest populations by using insect pathogens has been an attractive alternative to the application of chemical pesticides employed for the same purpose. As these chemicals not only damage the environment, but also trigger development of resistance by the pests and can harm other organisms together with the target pest, biological control is preferable and Bacillus thuringiensis (Bt) subspecies have been the most widely used bioinsecticides in forestry, agriculture and mosquito/ black fly contro...

Citation Formats

G. Özcengiz, “Bacillus subtilis ΔbacA mutantının karşılaştırmalı dinamik sekretom analizi,” İstanbul, Türkiye, 2017, p. 16, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/70937.