DENİZLERDEKİ MİKROBİYAL REAKSİYONLARIN YENİYAKLAŞIMLAR KULLANILARAK ARAŞTIRILMASI: GENETİK,BİYOJEOKİMYA VE MODELLEME

2016-06-03
Küçükavşar, Selin
Arkın, Şadi Sinan
Salihoğlu, Barış
Karahan, Arzu
Ibello, Valeria
ODTÜ Deniz Bilimleri Enstitüsü tarafından Mersin Körfezi?nde 1997 yılından bu yana sürdürülen Erdemli Zaman Serisi (ETS) programı dahilinde ölçülen degiskenlere ek olarak, bu proje kapsamında toplam su kolonu derinligi 200 metre olan istasyonda altı farklı derinlikten bir yıl boyunca aylık periyotlarda deniz suyu örneklemesi yapılmıstır. Bu örneklerde yeni nesil dizileme yönteminin kullanıldıgı amplikon dizilemesi (metagenomik) analizleri yapılarak biyojeokimyasal döngülerde önemli roller oynayan bakteri türleri tayin edilmis, topluluk yapıları ve bolluklarının zamansal degisimi belirlenmistir. Taksalar arasında Pelagibacteriacea?ya ait olan SAR11 kladının tüm derinlikler ve aylarda baskınlıgı gözlenmistir. Bu kladın üyeleri fonksiyonel olarak organik maddeyi oksitleyerek karbondioksit üreten heterotrofik bakterilerdir ve dolayısıyla biyojeokimyasal döngülerin remineralizasyon ayagında rol almaktadırlar. SAR11 kladının bollugu yıl boyunca %22 ve %64 arasında degisim göstermistir. SAR11 kladının ekotipleri olan Clade Ia ve Clade Ib ise derinlige baglı yayılım göstermektedirler. Clade Ia yüzey sularında baskınlık gösterirken Clade Ib?nin derin sularda komüniteye katkısı daha fazla olmaktadır. Bunun yanı sıra komünite yapısını belirleyen en önemli çevresel faktörler sıcaklık, nitrat, görünür oksijen kullanımı, sezon ve ısıklı tabaka derinligi olarak belirlenmistir. Sezonlar arasındaki filogenetik çesitlilik, belirgin olarak farklı bulunmustur. Bunun yanı sıra bakterilerin aktif metabolizmalarını tayin etmek için sezonluk olarak mRNA örneklemesi yapılmıs ve örnekler metatranskriptom yöntemi ile analiz edilmistir. Bu yöntem aracılıgı ile bakteriler tarafından gerçeklestirilen biyokimyasal reaksiyonların aktif ve inaktif oldukları dönemler saptanmıstır. Nitrifikasyonun ilk basamagı olan amonyak oksitilenmesi Kasım ayında oldukça yüksek bulunmustur. Ancak nitrifikasyonun ikinci basamagı olan nitritin nitrata oksitlenme sürecine ait olan belirteç genlere herhangi bir örnekde rastlanmamıstır. Sisteme yeni azot girdisi saglayan azot fiksasyonuna mRNA ifadelerinde rastlanmamıstır. Metatranskriptom yöntemine elde edilen bulgulara ek olarak nitrifikasyon ve azot fiksasyon süreçleri izotop yöntemi ile de her ay dört farklı derinlikten yapılan örneklemeler ile arastırılmıstır. Nitrifikasyonun sadece afotik bölgede gerçeklesmedigi görülmüstür. Azot fiksasyonu belirteç genlerine rastlanmadıgı halde izotop yöntemi ile yapılan çalısmada azot fiksasyonu tüm yıl boyunca ve tüm derinliklerde çok düsük de olsa tespit edilmistir. Azot döngüsüne ek olarak, metatranskriptom çalısması ile kısıtlı inorganik fosfat varlıgında aktive olan alkalin fosfataz?ın sezonluk degisimi de göstermistir. Buna göre, ortamda düsük fosfat konsantrasyonları gözlemlendiginde bakterilerin diger fosfor kaynaklarına yöneldigi gözlemlenmistir. Bunlara ek olarak denizdeki biyokimyasal döngüleri sayısal olarak temsil eden ve tahminleri direkt olarak ölçümlerle karsılastırılabilecek bir modelleme sistemi bölgeye uyarlanmıstır. Bu modelleme sistemi bir parametre tahmin algoritması ve proje kapsamında yapılan ölçüm verileri ile birlestirilerek modelde reaksiyon hızlarını kontrol eden parametrelerin tahmini yapılmıstır. Bu tahmin sonucunda ortaya çıkan nitrifikasyon hızları izotop yöntemi ile yapılan nitrifikasyon hızları ile karsılastırılmıstır. Bu karsılastırma reaksiyon hızları tahmini için modelleme sistemi ve parametre tahmini kullanımının zor olan izotop yöntemine alternatif bir yöntem olma potansiyelini göstermistir. Yapılan bir yıllık gözlemler, kullanılan izotop yöntemleri ve modelleme yaklasımı bölgedeki bilimsel bilgiye önemli katkılar saglamıstır. Bakteri topluluk yapıları Türkiye kıyılarında ilk defa kültür bagımsız yöntemlerle ortaya konmustur. Bunun yanı sıra izotop yöntemleri ve yapılan metatranscriptom çalısması bölgede azot fiksasyonunun baskın bir süreç olmadıgını ortaya koymustur. Biyojeokimyasal bir modelleme sistemi basarıyla bölgeye uyarlanmıstır.

Suggestions

DENİZ ÜSTÜ RÜZGAR TÜRBİNLERİ: TEMEL TİPİ SEÇİMİVE DENİZ TABANI ZEMİN ARAŞTIRMALARI
Huvaj Sarıhan, Nejan; Baidol, Yelaman (2019-10-05)
Bu çalışmada deniz üstü rüzgar türbinleri için kullanılabilen farklı temel tipleri, temel tipi seçimini etkileyen faktörler ve gerekendeniz tabanızemin araştırma çalışmaları ele alınmıştır. Dünyada farklı ülkelerde deniz üstü rüzgar türbin temelleri ile ilgili kullanılmakta olan mevcut uluslararası standardlar incelenereközet olarak sunulmuştur. Bu bildirinin amacı deniz üstü rüzgar enerjisi ile ilgili yapılması gereken deniz tabanı saha araştırmaları ile ilgili genel bir bilgilendirme sunmakt...
Denizlerdeki Mikrobiyal Reaksiyonların Yeni Yaklaşımlar Kullanılarak Araştırılması: Genetik, Biyojeokimya ve Modelleme
Tuğrul, Süleyman; Salihoğlu, Barış; Ibello, Valeria; Örek, Hasan; Karahan, Arzu(2018)
ODTÜ Deniz Bilimleri Enstitüsü tarafından Mersin Körfezi?nde 1997 yılından bu yanasürdürülen Erdemli Zaman Serisi (ETS) programı dahilinde ölçülen degiskenlere ek olarak, buproje kapsamında toplam su kolonu derinligi 200 metre olan istasyonda altı farklı derinliktenbir yıl boyunca aylık periyotlarda deniz suyu örneklemesi yapılmıstır. Bu örneklerde yeni nesildizileme yönteminin kullanıldıgı amplikon dizilemesi (metagenomik) analizleri yapılarakbiyojeokimyasal döngülerde önemli roller oynayan bakteri türleri...
Doğu Akdeniz Bölgesindeki Tsunami Tehlikesinin Belirlenmesi
Aydın, Baran; Kanoğlu, Utku(2018)
Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Arastırma Kurumu (TÜBITAK) tarafından 3001 - Baslangıç Ar-Ge Projeleri Destekleme Programı kapsamında desteklenen bu proje çalısması ile DoguAkdeniz bölgesinin tsunami potansiyelinin belirlenebilmesi ve bölge için hazırlanacak tsunamirisk ve taskın haritaları için bir altyapı olusturulması amaçlanmıstır. Bu dogrultuda bölgeiçerisinde seçilen önemli kıyı noktaları için çesitli deprem senaryoları olusturulmus, budepremler sonucunda meydana gelecek olası bir tsunaminin kıyılarımı...
Investigation of layout optimization for offshore wind farms and a case study for a region in Turkey
Kaya, Baran; Oğuz, Elif; Department of Civil Engineering (2022-2)
In this thesis, the focus was to develop an optimization tool by using mathematical layout optimization methods aiming to increase the energy capacity or reduce the cost of an offshore wind farm. For this purpose, two wind farm layout optimization (WFLO) models were developed using genetic algorithm (GA): model (a) minimizing the cost of power for variable turbine number, model (b) maximizing the power generation for fixed turbine number. Wind speed and wind direction were assumed constant. Therefore, unlik...
Fotovoltaik Güneş Gözelerinin Üretimine Yönelik Pirit Nanokristal Sentezi ve Karakterizasyonu
Volkan, Mürvet; Kalay, Yunus Eren(2015-12-31)
Başvurusu yapılan bu araştırma teklifinin amacı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Mikro ve Nano Teknolojiler Programı ve Kimya Bölümleri’nde ortaklaşa yürütülmek üzere, fotovoltaik uygulamalarda kullanılmak üzere pirit nanokristallerinden güneş gözelerinin üretilmesini ve detaylı içyapı karakterizasyonunu içermektedir. DAP kapsamında, sunulan disiplinlerarası proje teklifi ile, geleneksel PV hücre malzemelerinin yerini alabilecek nanokristal pirit malzemesinin üretilmesi ve g...
Citation Formats
S. Küçükavşar, Ş. S. Arkın, B. Salihoğlu, A. Karahan, and V. Ibello, “DENİZLERDEKİ MİKROBİYAL REAKSİYONLARIN YENİYAKLAŞIMLAR KULLANILARAK ARAŞTIRILMASI: GENETİK,BİYOJEOKİMYA VE MODELLEME,” presented at the TürkiyeDeniz Bilimleri Konferansı, 31 May - 03 June 2016, 2016, Accessed: 00, 2021. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/79806.