Kuantum Noktacığı Lüsiferaz BRET Çiftinin DNA Bağlanıcı Proteinler Kullanılarak DNA İskelesi Üzerinde Montajına Dayalı Bir Nanobiyosensör Platformunun Geliştirilmesi

Download

TVRjeU5EUTA.pdf

Date

2016

Author

Özen, Can
Muyan, Mesut

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

169
views

363
downloads

Bir ışık proteiniyle floresan molekül arasında gerçekleşen enerji transferi olarak tanımlanan Biyolüminesans Rezonans Enerji Transferi (BRET)’e dayanan biyosensör platformları proteaz aktivitesi ölçümü, nükleik asit tayini, lenfatik görüntüleme ve fotodinamik terapi gibi amaçlar için başarıyla uygulanmıştır. Bu çalışmalarda donör-alıcı ikilisi olarak birbirine kovalent bağ ile bağlanmış lüsiferaz-kuantum noktacığı bileşenleri kullanılmıştır. DNA molekülü sahip olduğu yapısal ve fonksiyonel özellikleri açısından nanoteknolojik uygulamalar için ideal bir biyopolimer malzeme olarak ön plana çıkmaktadır. Bu proje kapsamında moleküler kendiliğinden düzenlenme prensibine dayalı olarak BRET donör-alıcı ikilisi olan lusiferaz-kuantum noktacığını, DNA bağlanıcı proteinler yoluyla bir DNA iskelesi üzerine monte etmek amaçlanmıştır. Alıcı molekül olarak streptavidin kaplı bir kuantum noktacığı kullanılarak, Nano-Tag peptidine bağlı bir DNA bağlanıcı protein yoluyla DNA iskelesi üzerinde konumlandırılmıştır. Proje, DNA bağlanıcı proteinler olan östrojen reseptör bileşeni CDC ve galaktoz metabolizmasından sorumlu Gal4 transkripsiyon faktörlerinin Renilla lusiferaz enzimi ve Nano-Tag peptidiyle hazırlanan füzyon proteinlerinin üretimiyle başlamış, fakat yeterli miktarda protein sağlanamaması üzerine platform in situ (hücre içi) kapsama taşınmıştır. Sensör bileşenlerini taşıyan MDA-MB-231 meme kanseri hucre hattında gerçekleştirilen çalışmalar sonucu ilke prensibi ispatına dayalı platformdan BRET sinyali elde edilmiştir. Elde edilen sinyal verimi (BRET oranı 0.2) bileşenlerin kovalent bağlı olduğu sistemlere oranla (0.3-0.6) daha düşüktür. Oluşturulan nanobiyosensör platformu rezonans enerji transfer veriminin iyileştirilmesidurumunda, özellikle DNA bağlanıcı ve modifiye edici moleküllerin (DBPler, Dnazlar, DNA metilazlar, vb.) aktivitelerini belirlemekte kullanılabilecek uygulama potansiyeline sahiptir.

Subject Keywords

Malzeme Bilimleri, Biyomalzemeler

URI

https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TVRjeU5EUTA
https://hdl.handle.net/11511/50408

Collections

Department of Biology, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Thermoplasma volcanium' dan 20S proteasom kompleksin izolasyonu, biyokimyasal ve genetik analizi Seyit, Gönül; Kocabıyık, Semra; Özdemir, İnci(2002) Bu projede ilk defa termofilik bir archaeon olan Thermoplasma volcanium'un 20S proteasomu üç kolon kromatografi ile saflaştırılmıştır. Tp. volcanium proteasomunun önemli ölçüde 'N-peptidylglutamyl peptidehydrolase' ve kimotripsin benzeri aktivitelere sahip olduğu, kimostatin tarafından inhibe edildiği, en yüksek aktiviteyi 55$\circ$C'de ve 250 mM'lara kadar $Ca^{+2}$ ve $Mg^{+2}$ ilavesi ile elde edildiği saptanmıştır. Çeşitli Archaea proteasomlarının homolog amino asit motifleri dikkate alınarak hazırlanan...
Kronik myeloid lösemide anti-kanser ilaçlara karşı gelişen ilaç dirençliliğinde 15-Lipoksigenaz-1 enziminin rolünün araştırılması Gündüz, Ufuk(2017-12-31) Proje kapsamında, bir KML hücre hattı olan K562’de ve bu hücre hattının doksorubisin (K562-DOX) ve imatinib (K562-IMA) dirençli türevlerinde 15-Lipoksigenaz-1 proteinin mRNA ve protein seviyelerinde ekspresyonları kıyaslamalı olarak belirlenecektir. Protein seviyelerindeki olası farklılıkların enzim aktivitesini nasıl etkilediği, literatürde belirtilen (1) yöntemle tespit edilecektir. Daha sonra, protein ekspresyonu az olan hücre hatlarında, dizayn edilecek ekspresyon vektörü yardımıyla proteinin aşırı eks...
Biyokütle ile kömürün akışkan yataklı yakıcılarda birlikte yakılması Uygur, Bilge Ahmet; Selçuk, Nevin; Moralı, Mehmet(2007) Bu çalışmada, tipik Türk linyiti ile zeytin artığı, fındık kabuğu ve pamuk artığının birlikte yakılması ODTÜ 0.3 MW ısıl gücündeki atmosferik kabarcıklı akışkan yataklı yakıcıda farklı yakıt karışımlarının yanma ve emisyon performanslarına ve kül davranışına etkisi açısından incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, birlikte yanmanın yanma verimini ve serbest bölge sıcaklıklarını kireçtaşı ilaveli linyit yakılmasına kıyasla artırdığıgöstermiştir. O2 ve CO...
Tarihi Kireçtaşlarını Koruma Müdahalelerinde Uygulamak Üzere Kalsit Üreten Bakterilerle Biyolojik Harç Geliştirilmesi Bilecen, Kıvanç; Son, Çağdaş Devrim; Warscheıd, Thomas; Şahin Güçhan, Neriman; Topal, Tamer(2018) Bozunma gözlemlendigi tarihi tasların korunmasında inorganik ve organik polimerlerle yapılangeleneksel koruma yöntemleri çogunlukla yetersiz olup zaman içerisinde farklı bozunmasorunlarına yol açmaktadır. Bu noktada, bir tasın orijinal mikroyapısına benzer bir yapıyıyeniden olusturarak saglamlastırılması, maksimum uyumlulugu saglamak için gelistirilmis yenibir yaklasımdır.Bu çalısmada, tarihi travertenlerde olusan mikro-çatlakların iyilestirilmesi için yürütülenkoruma müdahalelerinde kullanılmak üzere, sürd...
PLA / Cam Elyaf Kompozit Filamentlerin 3D Yazıcı / Eklemeli Üretim Tekniğinde Kullanılabilirliği Kaynak, Cevdet(2017) Bu projenin birinci bölümünün amacı, özünde çok gevrek bir malzeme olan polilaktitin (PLA)E-cam elyafları (GF) ile takviye edilerek ve termoplastik poliüretan elastomer (TPU) ileharmanlanarak optimum mekanik özelliklerinin (mukavemet-modül-tokluk) elde edilebilirliğiniaraştırmaktır. Kompozitler ve harmanlar, çift vidalı ekstrüder kullanılarak eriyik karıştırmayöntemi ile üretilmiş ve numuneler enjeksiyon kalıplama yöntemi ile şekillendirilmiştir. SEManalizleri sonucunda görülmüştür ki ağırlıkça %15 GF takvi...

Citation Formats

C. Özen and M. Muyan, “Kuantum Noktacığı Lüsiferaz BRET Çiftinin DNA Bağlanıcı Proteinler Kullanılarak DNA İskelesi Üzerinde Montajına Dayalı Bir Nanobiyosensör Platformunun Geliştirilmesi,” 2016. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://app.trdizin.gov.tr/publication/project/detail/TVRjeU5EUTA.