Moleküler Alt Tipleme Kapasitesi Kurulması

2012-12-31
Günümüzde gıda kaynaklı salgınların tespitinde geleneksel belirleme yöntemlerinin yanı sıra genetik tipleme teknikleri de kullanılmaktadır. Önceleri serotipleme teknikleri ile yetersiz tiplendirme yapılabilirken günümüzde bakteri farklılıklarının tespitinde fenotipik ve genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Gıda kaynaklı patojenlerinin olarak tiplenmesinde en çok kullanılanlar serotipleme ve faj tiplemedir. Fenotiplemenin yetersiz olduğu durumlarda daha hızlı, daha doğru sonuçlar veren genotipleme yöntemleri kullanılmaktadır. Bunlar içinde tüm genomun restriksiyon enzimleri ile parçalanması esasına dayanan vuruşlu alan jel elektroforezi (PFGE) altin stadart olarak kullanilmaktadir.. Alt tiplerin birbiri ile aynı veya benzer şekilde gruplaşıp gruplaşamadığı incelenmekte, gruplaşma gösteren izolatların ortak kaynaktan alınıp alınmadığına dair epidemiyolojik çalışmalar yapılmaktadır. Epidemiyolojik çalışmalar sonunda muhtemel bulaşma kaynağı olan gıda tespit edilir ve öngörülen kaynakta yapılan analizler sonucunda gözlenen gruplaşmaların salgın olup olmadığı belirlenir. Ülkemizde bu eksikliğin giderilmesi için yapılan çalışmalar çogunlukla insan klinik örneklerinin alttiplenmesi üzerinedir. Bu çalışmaların çiftlikten/tarladan çatala kadar uzanan zincirin tüm halkalarına yayılması gerelidir. Vuruşlu alan jel elektroforezi (PFGE) ile tiplendirme: Vuruşlu alan jel elektroforezi CDC PulseNet protokolüne göre yapılacaktır. Turkiye’de izole edilen gida kaynakli izolatların PFGE patternlarindan olusturluacak dendogramlari dünyada yaygın bulunan PFGE izleri ile karsilastirilacaktir. Buna ilaveten Türkiye’ye özgü PFGE izlerinin olup olmadığı incelenecektir. Izolat ile bilgiler Pathogen Tracker adlı internet ağına yüklenecektir.
Citation Formats
Y. Soyer, “Moleküler Alt Tipleme Kapasitesi Kurulması,” 2012. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/59421.