Yeni nesil moleküler veri analizi yoluyla genom ve transkriptom evriminin incelenmesi

2016-12-31
Somel, Mehmet
Ghalichi, Ayshin
Alici, Ahmet Yetkin
Turan, Zeliha Gözde
Izgi, Hamit
Baloğlu, Onur
Sağlican, Ekin
Parvizi, Poorya
Dönertaş, Handan Melike
Tüm genom dizileme verisi, genom çapında veya ekzom çapında polimorfizm verisi, mikrodizin ve RNA-dizileme verisi, GC-MS metabolit verisi gibi geniş çaplı moleküler veri setlerinin hesaplamalı analizi yoluyla uzun zamandır biyologları meşgul eden çok sayıda sorunun cevaplanması bugün mümkün hale gelmiştir. Araştırma grubumuzda genom ve transkriptom evrimi üzerine şu soruları gelecek yıl içinde cevaplayamaya çalışacağız:- Primatlar arasında testis transkriptomu niye ve nasıl evrilmektedir? - Türler arasında transkriptom farkları arasında en anlamlı olanlar nasıl tespit edilir?- Genom çapında kısa nükleotit homopolimerleri oluşturan mutasyonların insan popülasyonu içinde hızlı yayılmasının sebepleri nelerdir? - Yaşlanma sırasında metabolit ve gen ifadesi değişimlerinin sebepleri nedir?- Anadolu insan popülasyonunda Neandertal karışımı başka popülasyonlardan farklı olabilir mi?- Anadolu’da geçmiş göç örüntüleri nelerdir?- Mesane kanserinde görülen senkronize tümörler akraba mıdır?

Suggestions

İnsan ve şempanze beyninde 3'UTR kısalmalarının incelenmesi
Somel, Mehmet; Can, Tolga; Baloğlu, Onur(2017-12-31)
İnsan ve şempanze arasındaki davranışsal farkların genetik temelini anlamak için iki türün beyinlerindeki gen ifadesi farklarını araştırmanın gerekli olduğunu 40 yıl önce tespit edilmiştir. Son 15 yıl içinde bu iki türün beyinlerindeki gen ifadesi farklılıkları incelemek için mikrodizin ve RNA dizileme yöntemleriyle çok sayıda veri seti üretilmiştir. Ancak her bir ekibin üretmiş olduğu farklı veri setlerini diğer setlerle beraber analizlemek, istatistiksel gücü artırarak, türler arasındaki gerçek farkların ...
Multipl Miyelomda Serum Açlığına Bağlı Otofajiden Sonra MikroRNA İfade Analizi
Özen, Can; Banerjee, Sreeparna(2018-12-31)
Bir kemik iliği kanseri olan Multipl Miyelom (MM) tüm kanserlerin %1 ini ve hematolojik kanserlerin %13 ünü oluşturur.Sıklıkla karşılaşılan nüksler ve kemoterapiye geliştirilen direnç gibi sebeplerden dolayı tedavisi olmayan bir hastalıktır.MM patofizyolojisinin anlaşılmasına yönelik araştırmalar, yeni ilaç hedeflerinin ortaya çıkarılmasına katkıda bulunacaktır.Hücresel strese yanıt olarak gerçekleşen otofazi, MM patofizyolojisinde önemli rol oynamaktadır.Otofaji enerji geri dönüşümü için aşırı/yanlış katla...
Meme dokusunun gelişim aşamalarının APA açısından analizi
Erson Bensan, Ayşe Elif; Kiriş, Erkan; Muyan, Mesut; Gürsel, Mayda; Banerjee, Sreeparna; Terzi Çizmecioğlu, Nihal(2018-12-31)
Farklı kanserlerin altında yatan mekanizmaların anlaşılmasında gen anlatım çalışmaları çok önemli olmuştur. Bu çalışmalar sayesinde anlatım düzeyleri bozulan pek çok mRNA bulunmuştur. Ancak, geleneksel gen anlatım çalışmaları, mRNA izoformlarının tespitinde ve miktarlarının ölçülmesinde yetersiz kalmaktadır. Bu projenin amacı, geliştirmiş olduğumuz özel bir yazılımla meme dokusunun gelişim aşamalarındaki değişimleri incelemektir.
Karmaşık biyolojk sistemlerin deterministik modellemelerinde alternatif yaklaşımlar, parametre tahmini ve kopulalar
Weber, Gerhard Wilhelm; Purutçuoğlu, Eda; Purutçuoğlu Gazi, Vilda; Ayyildiz, Ezgi; Akal, Tülay; Şeker, Tamay; Seçilmiş, Deniz(2016-12-31)
Proje, karmaşık biyolojik ağların deterministik modellenmesi ve parametre tahmininde, literatürde var olan ve sıklıkla kullanılan Gaussian grafiksel modele ve adi diferansiyel denklemler modeline alternatif yeni modeller sunmakta, adı geçen yaygın modellerin hesaplamalardaki varsayım ve sonuçlarında görülen eksiklik ve kısıtlarının çözümüne bir öneri getirmektedir. Bu amaçla, proje, parametrik olmayan ve farklı disiplinler ve amaçlar için kullanılan algoritma ve modelleri, biyolojik sistemlerin tahmininde...
MikroRNA miR-106b nin ifadesinin artmasının meme kanseri üzerine olan etkisi
Banerjee, Sreeparna; Erson Bensan, Ayşe Elif; Muyan, Mesut(2013-12-31)
Laboratuvarımızdaki çalışmalar, meme kanserine yol açan muhtemel moleküler mekanizmaları çözümlemek üzerine temellendirilmiştir. Bu bağlamda, mikroRNA regülasyon mekanizmaları önemli rol oynamaktadır. Laboratuvarımızda daha önce yapılan çalışmalarda bazı mikroRNA ların (örneğin miR-125b) meme kanseri oluşumu üzerine etkileri incelenmiştir. Belirli mikroRNA ların ifadesindeki azalma ya da artmanın kanser oluşumuna nasıl etki ettiği çalışılmıştır. Bu proje kapsamında ise pek çok kanser türünde artışı gösteril...
Citation Formats
M. Somel et al., “Yeni nesil moleküler veri analizi yoluyla genom ve transkriptom evriminin incelenmesi,” 2016. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61001.