G-proteine kenetli reseptörlerin etkileşim bölgelerinin işlemsel olarak 3D modellenmesi

Date

2017-12-31

Author

Son, Çağdaş Devrim
Can, Tolga

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

578
views

0
downloads

G proteine kenetli reseptör proteinleri (GPKR) integral zar proteinleridir. Bu reseptörler birçok değişik uyarıya karşı hücre içindeki fizyolojik olayları tetikler ve kontrol ederler. İnsanlarda yüzlerce peptit hormon, duyu uyarıları, kokular, ışık, nörotransmitterler, kemokinler, ve benzeri uyarılar GPKRler tarafından tespit edilir ve ikincil mesajlar yolu ile hücre içi uyarılar kontrol edilir. Sayısız önemli biyolojik sistemde rol oynayan GPKRler günümüzde satılan ilaçların yaklaşık %40’inin hedefi durumundadır. GPKRlerin geleneksel olarak tek bir reseptör olarak çalıştıkları, ligand bağlanması sonucu bağlı oldukları heteromerik G proteini aktif hale getirerek ikincil mesajlar yolu ile hücre içi faliyetleri kontrol ettikleri varsayılmıştır. Ancak son zamanlarda yapılan çalışmalar bu reseptörlerin birbirleriyle eşleştikleri ve bu eşleşmenin gerek işlev, gerek hücre içindeki hareketler yönünden önemli olduğunu ortaya koymuştur.Amacımız birbirleri ile etkileşen GPKR proteinlerini işlemsel olarak tahmin edip biyolojik olarak doğrulamaktır. Bu amaç doğrultusunda, daha önce proje ekibi tarafından 3 boyutlu yapıları hesaplamalı yöntemler ile tahmin edilen 16000 üzerindeki GPKRün modelleri kullanılacak ve bu modeler üzerinden etkileşimde önemli olan bölgelerin 3 boyutlu özellikleri tespit edilecektir. Bu özellikler biyolojik yöntemler ile test edilecek ve biyolojik doğrulama sonucunda elde edilecek veriler işlemsel tahmin etme metotlarını iyileştirilmesi için kullanılacaktır.

Subject Keywords

Biyomoleküller, Nörokimya, Protein Mühendisliği, Farmakoloji, Biyoinformatik, Moleküler Biyokimya, Protein Mühendisliği, Protein Yapısı, İşlevi ve Kararlılığı, Yapısal Biyoloji, Biyohesaplama

URI

https://hdl.handle.net/11511/61374

Collections

Graduate School of Natural and Applied Sciences, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

G-proteine kenetli Adenosin A2A Receptörlerinin Hücre Zarında Gerçekleşen Etkileşimleri Son, Çağdaş Devrim(2013-12-31) G proteine kenetli reseptörler (GPKR) uzun yıllar boyunca hücre zarında tek reseptör olarak bulundukları ve sinyal iletiminde tekbaşlarına yeterli oldukları varsayımı ile çalışılmışlardır. Ancak son yıllardaki deneysel sonuçlar bu reseptörlerin birbirleri ile eşleşerek iki ya da daha fazla reseptörden oluşan gruplar halinde bulunabilecekleri fikrini ortaya koymuştur. GPKRlerin birbirleriyle eşleşmeleri dışında diğer zar proteinleriyle eşleşmeleri de işlevsel ve farmakolojik açıdan büyük önem taşımaktadır. G...
G-proteine Kenetli Reseptörlerin Birbirleri ile Olan Etkileşimlerinin Çift Moleküllü Floresan Birleşme (BiFC) ve Förster Rezonans Enerji Transferi (FRET) Metotları ile Araştırılması Son, Çağdaş Devrim; Yanık, Tülin; Kocabıyık, Semra(2016-12-31) Bu projenin amacı, model bir G-proteine kenetli reseptör olan maya feromon reseptörü Ste2p’nin, üçlü ve dörtlü eşlemesinin çift moleküllü floresan eşleşme (BiFC) ve Förster rezonans enerji transferi kullanılarak gösterilmesi, reseptör agonisti olan maya α-faktör feromonunun, Ste2p oligomerleşmesi üzerindeki olası etkilerinin araştırılmasıdır.GPKR eşleşmesi son 15 yıllık süregiden araştırmalar neticesinde artık kabul görmüş bir olgudur. GPKRlerin ne amaçla eşleştikleri henüz bilinmemektedir...
Kokain Ve Amfetamin ile Regüle Edilen” (CART) peptidini tanidigi kabul edilen G protein kenetli reseptör ya da reseptör adaylarinin tayini Son, Çağdaş Devrim(2013-12-31) CART (Kokain ve Amfetamin ile Regüle Edilen Transkript) yeme ve ödül mekanizmalarinda, ilaç bagimliligi, stres, kardiovasküler aktiviteler ve kemik yenilenmesinde görev alan önemli nörohormon/modülatörlerden biridir. Ayrica, nöronlarin koruyucu etkileri öne sürülerek nöronlarda baskalasmayi saglama özellikleri de gösterilmistir. CART peptidleri beyinde, hipofizde, adrenal bezlerde, pankreasta ve bagirsakta yüksek miktarlarda sentezlenmektedir. Bu önemli fizyolojik fonksiyonlara sahip olmasina ragmen CART re...
Investigation of the effect of GPCR oligomerization on the GNAi1 protein homodimerization in live cells using FRET Nalli, Enise; Son, Çağdaş Devrim; Küçük Baloğlu, Fatma; Department of Biotechnology (2022-1-26) G-Protein Coupled Receptors (GPCR) are membrane proteins that pass the cell membrane seven times. In classical GPCR signaling pathways, one GPCR-one heterotrimeric G-protein interaction model is enough to transmit the signal to effector proteins. Studies since 2000 showed that one GPCR dimer-one heterotrimeric G-protein interaction model is more likely, and GPCRs having homo- /hetero- dimers interact with a single G⍺-protein. Recently, studies on GPCRs indicated that more than two receptors interact to ...
SİN3A KOREPRESÖR KOMPLEKSİNİN FARE EMBRİYONİK KÖK HÜCRELERİNDE DNA HASAR VE ONARIM MEKANİZMALARINA ETKİSİ Terzi Çizmecioğlu, Nihal; Keskin, Ezgi Gül(2018-12-31) Sin3a korepresor kompleksi içindeki histon deasetilaz proteinlerinin sayesinde gen ekspresyonunu bastırma görevi olan bir kromatin kompleksidir. Yaptığımız çalışmalarda, fare embriyonik kök hücrelerin pluripotent yapısını kaybedip mezoderm ve endoderm tabakalarına farklılaşmasında Sin3a kompleksinin içinde yer alan Arid4b ve Hdac1 proteinlerinin kritik bir rol oynadığını bulduk. Arid4b veya Hdac1 proteinlerinden yoksun hücreler farklılaşma için gerekli transkripsiyon faktörlerini ve daha alt basamaklardaki ...

Citation Formats

Ç. D. Son and T. Can, “G-proteine kenetli reseptörlerin etkileşim bölgelerinin işlemsel olarak 3D modellenmesi,” 2017. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61374.