Show/Hide Menu
Hide/Show Apps
Logout
Türkçe
Türkçe
Search
Search
Login
Login
OpenMETU
OpenMETU
About
About
Open Science Policy
Open Science Policy
Open Access Guideline
Open Access Guideline
Postgraduate Thesis Guideline
Postgraduate Thesis Guideline
Communities & Collections
Communities & Collections
Help
Help
Frequently Asked Questions
Frequently Asked Questions
Guides
Guides
Thesis submission
Thesis submission
MS without thesis term project submission
MS without thesis term project submission
Publication submission with DOI
Publication submission with DOI
Publication submission
Publication submission
Supporting Information
Supporting Information
General Information
General Information
Copyright, Embargo and License
Copyright, Embargo and License
Contact us
Contact us
G-proteine kenetli reseptörlerin etkileşim bölgelerinin işlemsel olarak 3D modellenmesi
Date
2017-12-31
Author
Son, Çağdaş Devrim
Can, Tolga
Metadata
Show full item record
This work is licensed under a
Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License
.
Item Usage Stats
560
views
0
downloads
Cite This
G proteine kenetli reseptör proteinleri (GPKR) integral zar proteinleridir. Bu reseptörler birçok değişik uyarıya karşı hücre içindeki fizyolojik olayları tetikler ve kontrol ederler. İnsanlarda yüzlerce peptit hormon, duyu uyarıları, kokular, ışık, nörotransmitterler, kemokinler, ve benzeri uyarılar GPKRler tarafından tespit edilir ve ikincil mesajlar yolu ile hücre içi uyarılar kontrol edilir. Sayısız önemli biyolojik sistemde rol oynayan GPKRler günümüzde satılan ilaçların yaklaşık %40’inin hedefi durumundadır. GPKRlerin geleneksel olarak tek bir reseptör olarak çalıştıkları, ligand bağlanması sonucu bağlı oldukları heteromerik G proteini aktif hale getirerek ikincil mesajlar yolu ile hücre içi faliyetleri kontrol ettikleri varsayılmıştır. Ancak son zamanlarda yapılan çalışmalar bu reseptörlerin birbirleriyle eşleştikleri ve bu eşleşmenin gerek işlev, gerek hücre içindeki hareketler yönünden önemli olduğunu ortaya koymuştur.Amacımız birbirleri ile etkileşen GPKR proteinlerini işlemsel olarak tahmin edip biyolojik olarak doğrulamaktır. Bu amaç doğrultusunda, daha önce proje ekibi tarafından 3 boyutlu yapıları hesaplamalı yöntemler ile tahmin edilen 16000 üzerindeki GPKRün modelleri kullanılacak ve bu modeler üzerinden etkileşimde önemli olan bölgelerin 3 boyutlu özellikleri tespit edilecektir. Bu özellikler biyolojik yöntemler ile test edilecek ve biyolojik doğrulama sonucunda elde edilecek veriler işlemsel tahmin etme metotlarını iyileştirilmesi için kullanılacaktır.
Subject Keywords
Biyomoleküller
,
Nörokimya
,
Protein Mühendisliği
,
Farmakoloji
,
Biyoinformatik
,
Moleküler Biyokimya
,
Protein Mühendisliği
,
Protein Yapısı
,
İşlevi ve Kararlılığı
,
Yapısal Biyoloji
,
Biyohesaplama
URI
https://hdl.handle.net/11511/61374
Collections
Graduate School of Natural and Applied Sciences, Project and Design
Suggestions
OpenMETU
Core
G-proteine kenetli Adenosin A2A Receptörlerinin Hücre Zarında Gerçekleşen Etkileşimleri
Son, Çağdaş Devrim(2013-12-31)
G proteine kenetli reseptörler (GPKR) uzun yıllar boyunca hücre zarında tek reseptör olarak bulundukları ve sinyal iletiminde tekbaşlarına yeterli oldukları varsayımı ile çalışılmışlardır. Ancak son yıllardaki deneysel sonuçlar bu reseptörlerin birbirleri ile eşleşerek iki ya da daha fazla reseptörden oluşan gruplar halinde bulunabilecekleri fikrini ortaya koymuştur. GPKRlerin birbirleriyle eşleşmeleri dışında diğer zar proteinleriyle eşleşmeleri de işlevsel ve farmakolojik açıdan büyük önem taşımaktadır. G...
G-proteine Kenetli Reseptörlerin Birbirleri ile Olan Etkileşimlerinin Çift Moleküllü Floresan Birleşme (BiFC) ve Förster Rezonans Enerji Transferi (FRET) Metotları ile Araştırılması
Son, Çağdaş Devrim; Yanık, Tülin; Kocabıyık, Semra(2016-12-31)
Bu projenin amacı, model bir G-proteine kenetli reseptör olan maya feromon reseptörü Ste2p’nin, üçlü ve dörtlü eşlemesinin çift moleküllü floresan eşleşme (BiFC) ve Förster rezonans enerji transferi kullanılarak gösterilmesi, reseptör agonisti olan maya α-faktör feromonunun, Ste2p oligomerleşmesi üzerindeki olası etkilerinin araştırılmasıdır.GPKR eşleşmesi son 15 yıllık süregiden araştırmalar neticesinde artık kabul görmüş bir olgudur. GPKRlerin ne amaçla eşleştikleri henüz bilinmemektedir...
Kokain Ve Amfetamin ile Regüle Edilen” (CART) peptidini tanidigi kabul edilen G protein kenetli reseptör ya da reseptör adaylarinin tayini
Son, Çağdaş Devrim(2013-12-31)
CART (Kokain ve Amfetamin ile Regüle Edilen Transkript) yeme ve ödül mekanizmalarinda, ilaç bagimliligi, stres, kardiovasküler aktiviteler ve kemik yenilenmesinde görev alan önemli nörohormon/modülatörlerden biridir. Ayrica, nöronlarin koruyucu etkileri öne sürülerek nöronlarda baskalasmayi saglama özellikleri de gösterilmistir. CART peptidleri beyinde, hipofizde, adrenal bezlerde, pankreasta ve bagirsakta yüksek miktarlarda sentezlenmektedir. Bu önemli fizyolojik fonksiyonlara sahip olmasina ragmen CART re...
Investigation of the effect of GPCR oligomerization on the GNAi1 protein homodimerization in live cells using FRET
Nalli, Enise; Son, Çağdaş Devrim; Küçük Baloğlu, Fatma; Department of Biotechnology (2022-1-26)
G-Protein Coupled Receptors (GPCR) are membrane proteins that pass the cell membrane seven times. In classical GPCR signaling pathways, one GPCR-one heterotrimeric G-protein interaction model is enough to transmit the signal to effector proteins. Studies since 2000 showed that one GPCR dimer-one heterotrimeric G-protein interaction model is more likely, and GPCRs having homo- /hetero- dimers interact with a single G⍺-protein. Recently, studies on GPCRs indicated that more than two receptors interact to ...
SİN3A KOREPRESÖR KOMPLEKSİNİN FARE EMBRİYONİK KÖK HÜCRELERİNDE DNA HASAR VE ONARIM MEKANİZMALARINA ETKİSİ
Terzi Çizmecioğlu, Nihal; Keskin, Ezgi Gül(2018-12-31)
Sin3a korepresor kompleksi içindeki histon deasetilaz proteinlerinin sayesinde gen ekspresyonunu bastırma görevi olan bir kromatin kompleksidir. Yaptığımız çalışmalarda, fare embriyonik kök hücrelerin pluripotent yapısını kaybedip mezoderm ve endoderm tabakalarına farklılaşmasında Sin3a kompleksinin içinde yer alan Arid4b ve Hdac1 proteinlerinin kritik bir rol oynadığını bulduk. Arid4b veya Hdac1 proteinlerinden yoksun hücreler farklılaşma için gerekli transkripsiyon faktörlerini ve daha alt basamaklardaki ...
Citation Formats
IEEE
ACM
APA
CHICAGO
MLA
BibTeX
Ç. D. Son and T. Can, “G-proteine kenetli reseptörlerin etkileşim bölgelerinin işlemsel olarak 3D modellenmesi,” 2017. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61374.