Biyokimyasal sistemlerin stokastik simülasyon algoritmalarıyla yaratılması ve impuls içerecek şekilde genişletilmesi

Date

2016-12-31

Author

Purutçuoğlu Gazi, Vilda
Uğur, Ömür
Aydın Son, Yeşim

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

276
views

0
downloads

Biyolojik ve kimyasal reaksiyonların davranışlarını analiz etmek için kullanılan iki popüler yaklaşım vardır. Bu yaklaşımlardan en yaygını olan deterministik yaklaşım, bu süreçlerin reaksiyon oran denklemleri (reaction rate equations (RRE)) adı verilen adi diferansiyel denklemler (ordinary differential equations (ODEs)) yardımıyla modellenebileceğini düşünür. Bu modelde sistemin zamana bağlı davranışının deterministik ve sürekli olduğu kabul edilmektedir. Ancak bu yaklaşım birçok farklı sistem için geçerli olmasına rağmen reaksiyon içinde yer alan, gen düzenleri (gene regulation) ve enfeksiyonların dağılımı gibi bazı türlerin yoğunluğunun veya sayısının az olduğu ya da stokastik dalgalanmaların sistemin dinamiklerini etkilediği durumlarda etkisini kaybedebilmektedir. Bahsedilen bu problemleri çözmek amacıyla Gillespie metodu adıyla bir stokastik yaklaşım önerilmiştir. Deterministik tekniklerden farklı olarak bu yaklaşımda, sistemin dinamikleri kesintili (discrete) ve stokastik Markov sürecine uygun olarak düşünülmektedir. Bu yaklaşım, temel kimyasal denklemi (chemical master equation (CME)) adı verilen olasılık fonksiyonunun zamana bağlı bir diferansiyel denklemine dayanmaktır. CME, RRE’lara göre, özellikle, gerçek reaksiyonların küçük sistem çeşitliliğini açıklama konusunda avantaja sahip olsa da sistemin karmaşıklığı arttıkça analitik çözümlerinin elde edilmesi mümkün olmayabilir. Buna bağlı olarak biyokimyasal sistemleri üretmede, bahsedilen problemi çözmek amacıyla fark

Subject Keywords

Sağlık Bilimleri, Matematik, Biyoinformatik, Biyoinformatik, Biyoinformatik, Uygulamalı Matematik

URI

https://hdl.handle.net/11511/61955

Collections

Department of Statistics, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Ekonomik ve Sosyal Göstergelerin Gayrimenkul Piyasaları Üzerindeki Etkisinin Parametrik ve Parametrik Olmayan Yöntemler ile Tahmini Kestel, Sevtap Ayşe; Bayram, Ayça(2017-12-31) Konut piyasalarını etkileyen faktörler ve bu faktörlerin bu piyasayı nasıl etkilediği mantıksal olarak tahmin edilmesine rağmen, konut piyasalarını inceleyen parametrik ve non parametrik modeller literatürde gereken önemi hala görmemiştir. Bu proje ile gayrimenkul piyasalarının tanımlanması, ulusal ekonomik ve sosyo ekonomik göstergelerin gayrimenkul piyasaları üzerindeki etkilerinin araştırılması ve bu göstergelere dayanan bazı popüler parametrik ve parametrik olmayan modelleme teknikleri uygulanarak bu pi...
Sıçramalı Difüzyon Süreçleri Varsayımı Altında Bariyer Opsiyonlarının Fiyatlandırılması Yolcu Okur, Yeliz; Kozpınar, Sinem; Uğur, Ömür; Hayfavi, Azize; Animoku, Abdulwahab Adinoyi(2015-12-31) Matematiksel modelleme, günlük yaşamdaki pek çok olguyu matematiksel terimlerle açıklayan formüller dizisidir ve bir çok alanda uygulamaları bulunmaktadır. Genellikle mallar, hisse senetleri, hisse senedi endeksleri, faiz oranları yada döviz üzerine yazılan opsiyon fiyatlarının modellenmesi Finansal matematikte en çok rağbet gören konulardan biridir. Bu modellemeye duyulan en önemli gereksinim, piyasada sıkça görülen fiyat dalgalanmalarından kaynaklanabilecek riski en doğru şekilde minimize etmekten kaynak...
Karmaşık biyolojk sistemlerin deterministik modellemelerinde alternatif yaklaşımlar, parametre tahmini ve kopulalar Weber, Gerhard Wilhelm; Purutçuoğlu, Eda; Purutçuoğlu Gazi, Vilda; Ayyildiz, Ezgi; Akal, Tülay; Şeker, Tamay; Seçilmiş, Deniz(2016-12-31) Proje, karmaşık biyolojik ağların deterministik modellenmesi ve parametre tahmininde, literatürde var olan ve sıklıkla kullanılan Gaussian grafiksel modele ve adi diferansiyel denklemler modeline alternatif yeni modeller sunmakta, adı geçen yaygın modellerin hesaplamalardaki varsayım ve sonuçlarında görülen eksiklik ve kısıtlarının çözümüne bir öneri getirmektedir. Bu amaçla, proje, parametrik olmayan ve farklı disiplinler ve amaçlar için kullanılan algoritma ve modelleri, biyolojik sistemlerin tahmininde...
Çapraz difüzyon sistemlerinde model indirgeme yöntemlerinin uygulamaları Yücel, Hamdullah(2017-12-31) Fizik, kimya ve biyolojide bir çok fenomenin modellemesinde karşılaşılan çapraz difüzyon özelliğine sahip reaksiyon- difüzyon sistemlerinin uzayda kesintili Galerkin, zamanda entropi akışına uygun yöntemlerle çözülmesine amaçlanmaktadır. Çok parametreye sahip olan bu sistemlerin etkin çözümleri için model indirgeme yöntemleri uygulanacaktır.
Bazı Torsiyonsuz Değişmeli Grupların Ayrışımı Solak, Ebru(2017-12-31) Hemen hemen ayrışan gruplar torsiyonsuz degismeli grupların bir alt sınıfını oluştururlar. Bu grupların ayrışımı Corner tarafından 1960 yılında araştırılmaya başlanmıştır. G hemen hemen ayrışan bir grup ve R de G'nin ayrışır bir alt grubu olsun. Hemen hemen ayrışan bir grup G'nin, Regulatorü, G'nin bütün regule alt grularının kesişimidir. Hemen hemen ayrışan bir grup G'nin regulatörü R ve bölüm regulatörü G/R, grubun izomorfizma sabitleridir. h = exp(G/R) olsun. Hemen hemen ayrışan gruplar Z/hZ halkası üze...

Citation Formats

V. Purutçuoğlu Gazi, Ö. Uğur, and Y. Aydın Son, “Biyokimyasal sistemlerin stokastik simülasyon algoritmalarıyla yaratılması ve impuls içerecek şekilde genişletilmesi,” 2016. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61955.