Show/Hide Menu
Hide/Show Apps
Logout
Türkçe
Türkçe
Search
Search
Login
Login
OpenMETU
OpenMETU
About
About
Open Science Policy
Open Science Policy
Open Access Guideline
Open Access Guideline
Postgraduate Thesis Guideline
Postgraduate Thesis Guideline
Communities & Collections
Communities & Collections
Help
Help
Frequently Asked Questions
Frequently Asked Questions
Guides
Guides
Thesis submission
Thesis submission
MS without thesis term project submission
MS without thesis term project submission
Publication submission with DOI
Publication submission with DOI
Publication submission
Publication submission
Supporting Information
Supporting Information
General Information
General Information
Copyright, Embargo and License
Copyright, Embargo and License
Contact us
Contact us
Meme Kanseri Model Hücrelerinde Tüm Genom Düzeyinde RNA Ekspresyon Analizleri
Date
2016-12-31
Author
Muyan, Mesut
Can, Tolga
Erson Bensan, Ayşe Elif
Metadata
Show full item record
This work is licensed under a
Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License
.
Item Usage Stats
316
views
0
downloads
Cite This
Kanser günümüzün en önemli sağlık sorunlarından biri olduğu kadar gittikçe artan mali ve sosyal yük nedeniyle de önemli bir toplumsal sorundur. Kanserin önlenebilir çevresel, sosyo-ekonomik ve kültürel nedenlerin azaltılmasına koşut olarak kanserin mekanizmalarının anlaşılmasından, tanı ve tedavisine kadar yeni araştırma yaklaşımları ve analiz modellerinin geliştirilmesi ve sonuçların yeni ürünlere dönüştürülmesi gerekmektedir. RNA-dizileme (RNA-Sequence, RNA-Seq) önceki mikrodizim yaklaşımlardan farklı olarak genomdaki bütün ekspresyon olaylarını kapsama yetisi nedeniyle kliniklerde diagnostik ve/veya prognostik amaçla kullanılabilecek yeni nesil teknolojilerden biri olarak öne çıkmaktadır. RNA-seq yaklaşımların hem deneysel ve hem de kilinik düzeylerde kullanımı kanserlerin oluşum, gelişim ve yayılımına neden olan moleküler temellerinin anlaşılmasında önemli bulgulara ve bu bulgular aracılığıyla tanı ve tedavi gibi kansere karşı önemli kazanımların sağlaması öngörülmektedir. Bu proje önerimizde amacımız, meme kanserinin başlamasında ve ilerlemesinde temel rol oynayan östrojen hormonu ve epidermal büyüme faktörü sinyal yolaklarının uyarılmasına yanıtla farklı olarak eksprese edilmiş RNA transkriplerini RNA-Seq yaklaşımı ile tanımlamak ve geliştirmiş/geliştirmekte olduğumuz özgün biyoinformatik analiz yöntemleriyle inceleyerek kliniksel verilerle olası korelasyonu dökümlemektir. Bu amaç çerçevesinde, kanser biyolojisi, bilgisayar mühendisliği ve biyoinformatik bölümlerinden ODTÜ’lü araştırıcıları biraraya getiren bu projemizde, meme kanserinin tanı ve/veya prognostik biyobelirteç belirlenmesi önçalışmalarını yaparak kanserin holistik olarak irdelenmesini sağlamayı ve sonuçları kliniklere aktarabilecek model bir araştırma/üretim merkezinin temellerini atmayı hedeflemekteyiz. Bu hedefle, temel araştırma bulgularının modellendirilmeleri, klinik bulgularla ilişkilendirilmeleri, oluşturulan modellerin deneysel ve model organizmalarda doğrulanmasıyla kanser biyolojisinin kişiye özgü ve kansere genel aydınlatılmasına katkıda bulunabileceğimizi öngörüyoruz. Bu süreçle birlikte, ulusal ve/veya uluslarası ilişkilerimizi yaygınlaştıracağımızı, yine ulusal ve/veya uluslarası geniş ölçekli ve uzun süreli destekler alarak kanser tanı ve/veya tedavidesinde kullanılacak ürünler tasarlayacağımızı, bu tasarıları biyoteknoloji/sanayi işbirliklerine dönüştüreceğimizi ve/veya aktarabileceğimizi düşünüyoruz.
Subject Keywords
Biyoinformatik
,
Genetik Bozuklukları (Hastalıklar)
,
Hücre Genetiği
,
Kanser Moleküler Biyolojisi
URI
https://hdl.handle.net/11511/61995
Collections
Department of Biology, Project and Design
Suggestions
OpenMETU
Core
Meme dokusunun gelişim aşamalarının APA açısından analizi
Erson Bensan, Ayşe Elif; Kiriş, Erkan; Muyan, Mesut; Gürsel, Mayda; Banerjee, Sreeparna; Terzi Çizmecioğlu, Nihal(2018-12-31)
Farklı kanserlerin altında yatan mekanizmaların anlaşılmasında gen anlatım çalışmaları çok önemli olmuştur. Bu çalışmalar sayesinde anlatım düzeyleri bozulan pek çok mRNA bulunmuştur. Ancak, geleneksel gen anlatım çalışmaları, mRNA izoformlarının tespitinde ve miktarlarının ölçülmesinde yetersiz kalmaktadır. Bu projenin amacı, geliştirmiş olduğumuz özel bir yazılımla meme dokusunun gelişim aşamalarındaki değişimleri incelemektir.
MikroRNA miR-106b nin ifadesinin artmasının meme kanseri üzerine olan etkisi
Banerjee, Sreeparna; Erson Bensan, Ayşe Elif; Muyan, Mesut(2013-12-31)
Laboratuvarımızdaki çalışmalar, meme kanserine yol açan muhtemel moleküler mekanizmaları çözümlemek üzerine temellendirilmiştir. Bu bağlamda, mikroRNA regülasyon mekanizmaları önemli rol oynamaktadır. Laboratuvarımızda daha önce yapılan çalışmalarda bazı mikroRNA ların (örneğin miR-125b) meme kanseri oluşumu üzerine etkileri incelenmiştir. Belirli mikroRNA ların ifadesindeki azalma ya da artmanın kanser oluşumuna nasıl etki ettiği çalışılmıştır. Bu proje kapsamında ise pek çok kanser türünde artışı gösteril...
Multipl Miyelomda Serum Açlığına Bağlı Otofajiden Sonra MikroRNA İfade Analizi
Özen, Can; Banerjee, Sreeparna(2018-12-31)
Bir kemik iliği kanseri olan Multipl Miyelom (MM) tüm kanserlerin %1 ini ve hematolojik kanserlerin %13 ünü oluşturur.Sıklıkla karşılaşılan nüksler ve kemoterapiye geliştirilen direnç gibi sebeplerden dolayı tedavisi olmayan bir hastalıktır.MM patofizyolojisinin anlaşılmasına yönelik araştırmalar, yeni ilaç hedeflerinin ortaya çıkarılmasına katkıda bulunacaktır.Hücresel strese yanıt olarak gerçekleşen otofazi, MM patofizyolojisinde önemli rol oynamaktadır.Otofaji enerji geri dönüşümü için aşırı/yanlış katla...
Hücre içi VEGF trafiğinin kanser gelişimi ve anjiyogenezine etkisinin incelenmesi.
Banerjee, Sreeparna; Tunçer, Sinem(2016-12-31)
Anjiyogenez, var olan damarlardan yeni kan damarı oluşumu süreci olup, kanser büyümesi ve yayılımı için gerekli bir basamaktır. Anjiyogenik faktörler içinde VEGF (Vasküler Endotel Büyüme Faktörü), tümör anjiyogenezinin en önemli aktivatörüdür. Anjiyogenezin inhibe edilmesi, hem tumor büyümesini hem de metastazını engelleyeceğinden, kanser tedavisi için son derece önemlidir.Bu projede, hücre sitoplazması ve çekirdeği arasındaki VEGF traifiği incelenecek, VEGF’in hücre içi hareketinin anjiyogeneze etkileri ay...
Yeni nesil moleküler veri analizi yoluyla genom ve transkriptom evriminin incelenmesi
Somel, Mehmet; Ghalichi, Ayshin; Alici, Ahmet Yetkin; Turan, Zeliha Gözde; Izgi, Hamit; Baloğlu, Onur; Sağlican, Ekin; Parvizi, Poorya; Dönertaş, Handan Melike(2016-12-31)
Tüm genom dizileme verisi, genom çapında veya ekzom çapında polimorfizm verisi, mikrodizin ve RNA-dizileme verisi, GC-MS metabolit verisi gibi geniş çaplı moleküler veri setlerinin hesaplamalı analizi yoluyla uzun zamandır biyologları meşgul eden çok sayıda sorunun cevaplanması bugün mümkün hale gelmiştir. Araştırma grubumuzda genom ve transkriptom evrimi üzerine şu soruları gelecek yıl içinde cevaplayamaya çalışacağız:- Primatlar arasında testis transkriptomu niye ve nasıl evrilmektedir? - Türler arasında ...
Citation Formats
IEEE
ACM
APA
CHICAGO
MLA
BibTeX
M. Muyan, T. Can, and A. E. Erson Bensan, “Meme Kanseri Model Hücrelerinde Tüm Genom Düzeyinde RNA Ekspresyon Analizleri,” 2016. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61995.