Meme Kanseri Model Hücrelerinde Tüm Genom Düzeyinde RNA Ekspresyon Analizleri

Date

2016-12-31

Author

Muyan, Mesut
Can, Tolga
Erson Bensan, Ayşe Elif

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

334
views

0
downloads

Kanser günümüzün en önemli sağlık sorunlarından biri olduğu kadar gittikçe artan mali ve sosyal yük nedeniyle de önemli bir toplumsal sorundur. Kanserin önlenebilir çevresel, sosyo-ekonomik ve kültürel nedenlerin azaltılmasına koşut olarak kanserin mekanizmalarının anlaşılmasından, tanı ve tedavisine kadar yeni araştırma yaklaşımları ve analiz modellerinin geliştirilmesi ve sonuçların yeni ürünlere dönüştürülmesi gerekmektedir. RNA-dizileme (RNA-Sequence, RNA-Seq) önceki mikrodizim yaklaşımlardan farklı olarak genomdaki bütün ekspresyon olaylarını kapsama yetisi nedeniyle kliniklerde diagnostik ve/veya prognostik amaçla kullanılabilecek yeni nesil teknolojilerden biri olarak öne çıkmaktadır. RNA-seq yaklaşımların hem deneysel ve hem de kilinik düzeylerde kullanımı kanserlerin oluşum, gelişim ve yayılımına neden olan moleküler temellerinin anlaşılmasında önemli bulgulara ve bu bulgular aracılığıyla tanı ve tedavi gibi kansere karşı önemli kazanımların sağlaması öngörülmektedir. Bu proje önerimizde amacımız, meme kanserinin başlamasında ve ilerlemesinde temel rol oynayan östrojen hormonu ve epidermal büyüme faktörü sinyal yolaklarının uyarılmasına yanıtla farklı olarak eksprese edilmiş RNA transkriplerini RNA-Seq yaklaşımı ile tanımlamak ve geliştirmiş/geliştirmekte olduğumuz özgün biyoinformatik analiz yöntemleriyle inceleyerek kliniksel verilerle olası korelasyonu dökümlemektir. Bu amaç çerçevesinde, kanser biyolojisi, bilgisayar mühendisliği ve biyoinformatik bölümlerinden ODTÜ’lü araştırıcıları biraraya getiren bu projemizde, meme kanserinin tanı ve/veya prognostik biyobelirteç belirlenmesi önçalışmalarını yaparak kanserin holistik olarak irdelenmesini sağlamayı ve sonuçları kliniklere aktarabilecek model bir araştırma/üretim merkezinin temellerini atmayı hedeflemekteyiz. Bu hedefle, temel araştırma bulgularının modellendirilmeleri, klinik bulgularla ilişkilendirilmeleri, oluşturulan modellerin deneysel ve model organizmalarda doğrulanmasıyla kanser biyolojisinin kişiye özgü ve kansere genel aydınlatılmasına katkıda bulunabileceğimizi öngörüyoruz. Bu süreçle birlikte, ulusal ve/veya uluslarası ilişkilerimizi yaygınlaştıracağımızı, yine ulusal ve/veya uluslarası geniş ölçekli ve uzun süreli destekler alarak kanser tanı ve/veya tedavidesinde kullanılacak ürünler tasarlayacağımızı, bu tasarıları biyoteknoloji/sanayi işbirliklerine dönüştüreceğimizi ve/veya aktarabileceğimizi düşünüyoruz.

Subject Keywords

Biyoinformatik, Genetik Bozuklukları (Hastalıklar), Hücre Genetiği, Kanser Moleküler Biyolojisi

URI

https://hdl.handle.net/11511/61995

Collections

Department of Biology, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Meme dokusunun gelişim aşamalarının APA açısından analizi Erson Bensan, Ayşe Elif; Kiriş, Erkan; Muyan, Mesut; Gürsel, Mayda; Banerjee, Sreeparna; Terzi Çizmecioğlu, Nihal(2018-12-31) Farklı kanserlerin altında yatan mekanizmaların anlaşılmasında gen anlatım çalışmaları çok önemli olmuştur. Bu çalışmalar sayesinde anlatım düzeyleri bozulan pek çok mRNA bulunmuştur. Ancak, geleneksel gen anlatım çalışmaları, mRNA izoformlarının tespitinde ve miktarlarının ölçülmesinde yetersiz kalmaktadır. Bu projenin amacı, geliştirmiş olduğumuz özel bir yazılımla meme dokusunun gelişim aşamalarındaki değişimleri incelemektir.
MikroRNA miR-106b nin ifadesinin artmasının meme kanseri üzerine olan etkisi Banerjee, Sreeparna; Erson Bensan, Ayşe Elif; Muyan, Mesut(2013-12-31) Laboratuvarımızdaki çalışmalar, meme kanserine yol açan muhtemel moleküler mekanizmaları çözümlemek üzerine temellendirilmiştir. Bu bağlamda, mikroRNA regülasyon mekanizmaları önemli rol oynamaktadır. Laboratuvarımızda daha önce yapılan çalışmalarda bazı mikroRNA ların (örneğin miR-125b) meme kanseri oluşumu üzerine etkileri incelenmiştir. Belirli mikroRNA ların ifadesindeki azalma ya da artmanın kanser oluşumuna nasıl etki ettiği çalışılmıştır. Bu proje kapsamında ise pek çok kanser türünde artışı gösteril...
Multipl Miyelomda Serum Açlığına Bağlı Otofajiden Sonra MikroRNA İfade Analizi Özen, Can; Banerjee, Sreeparna(2018-12-31) Bir kemik iliği kanseri olan Multipl Miyelom (MM) tüm kanserlerin %1 ini ve hematolojik kanserlerin %13 ünü oluşturur.Sıklıkla karşılaşılan nüksler ve kemoterapiye geliştirilen direnç gibi sebeplerden dolayı tedavisi olmayan bir hastalıktır.MM patofizyolojisinin anlaşılmasına yönelik araştırmalar, yeni ilaç hedeflerinin ortaya çıkarılmasına katkıda bulunacaktır.Hücresel strese yanıt olarak gerçekleşen otofazi, MM patofizyolojisinde önemli rol oynamaktadır.Otofaji enerji geri dönüşümü için aşırı/yanlış katla...
Hücre içi VEGF trafiğinin kanser gelişimi ve anjiyogenezine etkisinin incelenmesi. Banerjee, Sreeparna; Tunçer, Sinem(2016-12-31) Anjiyogenez, var olan damarlardan yeni kan damarı oluşumu süreci olup, kanser büyümesi ve yayılımı için gerekli bir basamaktır. Anjiyogenik faktörler içinde VEGF (Vasküler Endotel Büyüme Faktörü), tümör anjiyogenezinin en önemli aktivatörüdür. Anjiyogenezin inhibe edilmesi, hem tumor büyümesini hem de metastazını engelleyeceğinden, kanser tedavisi için son derece önemlidir.Bu projede, hücre sitoplazması ve çekirdeği arasındaki VEGF traifiği incelenecek, VEGF’in hücre içi hareketinin anjiyogeneze etkileri ay...
Yeni nesil moleküler veri analizi yoluyla genom ve transkriptom evriminin incelenmesi Somel, Mehmet; Ghalichi, Ayshin; Alici, Ahmet Yetkin; Turan, Zeliha Gözde; Izgi, Hamit; Baloğlu, Onur; Sağlican, Ekin; Parvizi, Poorya; Dönertaş, Handan Melike(2016-12-31) Tüm genom dizileme verisi, genom çapında veya ekzom çapında polimorfizm verisi, mikrodizin ve RNA-dizileme verisi, GC-MS metabolit verisi gibi geniş çaplı moleküler veri setlerinin hesaplamalı analizi yoluyla uzun zamandır biyologları meşgul eden çok sayıda sorunun cevaplanması bugün mümkün hale gelmiştir. Araştırma grubumuzda genom ve transkriptom evrimi üzerine şu soruları gelecek yıl içinde cevaplayamaya çalışacağız:- Primatlar arasında testis transkriptomu niye ve nasıl evrilmektedir? - Türler arasında ...

Citation Formats

M. Muyan, T. Can, and A. E. Erson Bensan, “Meme Kanseri Model Hücrelerinde Tüm Genom Düzeyinde RNA Ekspresyon Analizleri,” 2016. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61995.