Östrojenle Değişen mRNA 3’UTR Uzunluklarının Düzenlenme Mekanizması

2019-12-01
Çiçek, Mustafa Cüneyt
Östrojenle Değişen mRNA 3?UTR Uzunluklarının Düzenlenme Mekanizması Poliadenilasyon, yeni sentezlenmekte olan bir mesajcı RNA?nın (mRNA) 3?UTR bölgesinin kesilerek, poli (A) kuyruğunun eklenmesi olarak tanımlanan, oldukça sıkı bir biçimde kontrol edilen ve transkripsiyon ile eş zamanlı gerçekleşen bir süreçtir. Transkripsyonun sonlanmasına yakın, mRNA 3?UTR bölgelerinde bulunan poli(A) sinyalleri (AAUAAA) kompleks bir protein yapı tarafından tanınarak, mRNA kırpılır ve poli(A) kuyruğu eklenir. Poli(A) kesim noktası mRNA 3?UTR?nin sonunu belirler. İnsan genomunda yer alan genlerin büyük çoğunluğu birden fazla poli (A) sinyali taşımaktadır. APA, ökaryotik mRNA?larda bulunan farklı poli(A) sinyal dizinlerinin seçilimi ile farklı uzunlukta 3? UTR izoformlarını oluşturarak söz konusu mRNA moleküllerinin post-transkripsiyonel kaderini değiştirebilmektedir. Son yıllarda yapılan çalışmalar, hormonlar ve büyüme faktörlerinin APA?yı kullanarak farklı uzunlukta mRNA izoformları ürettikleri ve böylelikle protein miktar ve fonksiyonlarını değiştirebildiklerini göstermiştir. Bu durum da transkriptomda alternatif poliadenilasyonun (APA) önemini vurgulamaktadır Grubumuzun bu konu ile ilgili yapmış olduğu çalışmalarda da meme kanseri için önemli bir hormon olan östrojenin, APA ile bazı mRNA?ların 3?UTR uzunluğunu değiştirdiğini göstermiştik. Ancak, APA sonucu oluşan bu izoformların, protein miktarı ve fonksiyonu üzerindeki önemli etkilerine rağmen, APA? nın altında yatan mekanizmalar bilinmemektedir. Bu proje önerisinde, meme kanseri hücrelerinde östrojene bağlı oluşan APA?nın mekanizması incelenmiştir. Proje kapsamında test edimiş olan mekanizma; östrojene bağlı oluşan DNA kırıklarının poli(A) seçilimindeki olası rolüdür. Östrojenle indüklenen gen anlatımı sırasında transkripsiyonla ilişkili DNA kırıklarının oluştuğu ve bu sayede promotor bölgelerindeki kromatin yapının açık hale getirildiği bilinmektedir. DNA kırıklarının oluştuğu bölgelerde biriken ?H2AX için yapılmış ChIP-Seq (kromatin imünoçöktürme dizin analizi) verilerini kullanarak, DNA kırıklarının 3?UTR?de poli(A) bölgelerinde de bulunduğunu tespit ettik. Bu nedenle projenin hipotezi östrojene bağlı oluşan DNA kırıklarının sadece promotor bölgelerinde değil, aynı zamanda poli (A) sinyal bölgelerinde de bulunduğu ve bu kırıkların farklı poli(A) kesim noktaları oluşturabileceğidir. Bu durumda östrojene bağlı oluşan mRNA 3?UTR izoformlarının oluşma mekanizmasına ve genel olarak da östrojenin gen anlatımını nasıl değiştirdiğine ışık tutmak mümkün olabilecektir.

Suggestions

Kanserde Tümöre Özgü Protein Etkileşim Ağlarının Alternatif Uç Birleştirme Olaylarıyla Yeniden Oluşturulması
Tunçbağ, Nurcan(2021-01-15)
Alternatif uç birleştirme proteomun ve sonrasında interaktomun çeşitliliğine katkı sağlayan önemli transkripsiyon sonrası mekanizmalardan biridir. Tek bir genden, farklı protein izoformlarının üretilmesine imkân verir. Etkileşim ağları açısından bakıldığında ise aynı proteinin farklı izoformları yeni etkileşimlerin kazanılmasına ya da var olan etkileşimlerin kaybedilmesine yol açabilir. Alternatif uç birleştirme olaylarının neden olduğu hücre içi değişimler kanser de dahil olmak üzere farklı hastalıkla...
Östrojene Bağlı Alternatif Polyadenilasyona Uğrayan Trarskriptlerin Tespiti Ve İncelenmesi.
Erson Bensan, Ayşe Elif(2010-12-31)
Östrojene bağlı alternatif polyadenilasyona uğrayan transkriptlerin tespiti ve incelenmesi Meme kanseri alt sınıflarını birbirinden ayıran genomik anormallikler ve gen profilleri belirlenirken, mikroRNA genlerinin ifadelerinin mRNA düzeylerinden çok daha iyi belirteçler olduğu anlaşılmaktadır. mikroRNA'lar kendileri proteine dönüşmeden hedef genlerin proteine dönüşmesini kontrol ederler. mikroRNA'ların kanserdeki önemi daha yeni anlaşılmaya başlamışken, çok yenilerde ortaya konulan bir gözlem, mikroRNA-mRN...
İyonosfersel uzaktan iletişim dizgeleri planlama ve işletim dizgelerinde nitelik yükseltilmesi
Tulunay, Yurdanur; Bilge, H. Ayşe; Arıkan, Feza; Tulunay, Ersin(2000)
COST 251 içinde yürütülen çalışmalar, çoğunlukla, Eylem çerçevesinde kurulan veri tabanlanndan alınan, iyonosfersel ölçüm verileri kullamlarak yapılan kuramsal ve istatistiksel incelemelerdir. Özel ek ölçümler de yapılmıştır. Yapılan deneylerle dikey ve eğik gelişli sonda, elektron yoğunluk profili, TEC ve HF görünge kullanım (spectrum occupancy) ölçümleri yapılmıştır. İyonosfersel parametrelerin kestirim (prediction) ve öngörü (forecast) benzekleri (model) üretilmeştir. Kanal Benzetimi (simulation) için yö...
Osteoartiritte Matriks Proteinlerinin Gen Ekspresyonuna Raloksifenin Etkisi
Tezcaner, Ayşen(2009-12-31)
Bu projede Ral'in osteoartiritli hücrelerde matriks proteinleri gen ekspresyonuna etkilerinin incelenmesi ile OA tedavi potansiyelinin araştırılması amaçlanmıştır. Östrojen reseptörlerini modüle etmesi nedeniyle yan etkileri çok fazla olan östrojen yerine osteoporoz tedavisinde tercih edilen temel bir ilaç olan raloksifenin klinik uygulamalar sonucunda tesadüfi olarak OA üzerinde olumlu etkisi bulunması kıkırdak hasarlarının tedavisinde yeni- farklı bir ajanın kullanılabilirliği sonucunu getirmiştir. Bu pro...
Structured H-Infinity controller design and analysis for highly maneuverable jet aircraft
Özkan, Salih Volkan; Tekinalp, Ozan; Department of Aerospace Engineering (2022-2-10)
Robust control technique is utilized to develop flight control laws for highly maneuverable aircraft. A structured H-Infinity controller is used to optimize the gains of the proposed control algorithm. For this purpose systune algorithm available in Matlab is employed to successfully obtain the controller gains satisfying selected design requirements. Designed control laws are evaluated according to these requirements and validation of the methodology is presented.
Citation Formats
M. C. Çiçek, “Östrojenle Değişen mRNA 3’UTR Uzunluklarının Düzenlenme Mekanizması,” 2019. Accessed: 00, 2022. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/95893.