Gıda Kaynaklı Patojenlerde Yeni Gelişen Antimikrobiyal Direncin Belirlenmesi

Date

2019-11-15

Author

Soyer, Yeşim

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

245
views

0
downloads

Patojen mikroorganizmaların antimikrobiyal dirençliliği halk sağlığı açısından giderek artan kaygılara yol açmaktadır. Antibiyotiklerin yaygın kullanımı, gıda kaynaklı patojenlerin antimikrobiyal direnç kazanmasına neden olmaktadır. Mikroorganizmalar kromozomal mutasyonlar ve plazmidler ve transpozonlar gibi mobil genetik materyallerinin yatay gen transferi yoluyla direnç geliştirebilirler. Güncel çalışmalar kolistine karşı direnç sağlayan bir antimikrobiyal direnç geninin varlığını ortaya koymuştur. Kolistin, çoklu ilaç direnci gösteren Gram negatif patojenik bakterilere karşı son çare olarak kullanılan bir antibiyotiktir. Daha önce sadece dikey gen transferi yoluyla aktarılabildiği düşünülen kolistin direncinin, plazmid üzerinde bulunan bir gen ile yatay olarak transfer edilebildiği görülmüştür. Çalışmamızda Türkiye?de gıdalardan izole edilen Salmonella enterica subp enterica (Salmonella enterica) ve Escherichia coli izolatlarının plazmid kaynaklı kolistin direnci geliştirip geliştirmediği fenotipik ve genotipik olarak araştırılmıştır. Bu bağlamda, biyoinformatik araçlarla şimdiye kadar tespit edilen tüm mcr genlerini kapsayacak hızlı ve ucuz bir tarama yöntemi in silico olarak geliştirilmiştir; (i) Çalışmamızda Ankara?nın çeşitli yerlerindeki kasap ve marketlerden Kasım 2018-Temmuz 2019 tarihleri arasında 238 tavuk örneği toplanmış ve bu örneklerden 18 S. enterica ve 36 adet E. coli ile izole edilmiştir. Bu sayı projede öngörülen izolat sayısından azdır. Bu nedenle izolatlar Ortadoğu Teknik Üniversitesi Gıda Mühendisliği Bölümü?nde bulunan kültür koleksiyonumuzdan izolat ilave edilmiştir. Sonuç olarak toplam incelenen izolat sayısı 218 Salmonella enterica ve 86 E. coli?dir. (ii) Tüm izolatlar disk difüzyon yöntemi ile tiplendirilmiştir. Dirençli Salmonella enterica ve E. coli izolatlarında antimikrobiyal dirençliliği enkodlayan genler hem genomda hem de izole edilen plazmidlerde araştırılmıştır. Sonuç olarak fenotipik özellikler genotipik analizlerle doğrulanmıştır. (iii) Kolistin direncini belirlemek için tüm izolatlara minimum inhibisyon kontranstrasyonu (MİK) testi uygulanmıştır. Kolistine fenotipik olarak direnç gösteren izolatların, kolistin dirençliliğinin plazmid kaynaklı mcr genleri tarafından mı enkodlandığı araştırılmıştır. Bu bağlamda mcr-1-5 ve mcr-9 genleri PZR ile taranmıştır. (iv) Çalışmamızın sonuna (15 Kasım 2019) kadar keşfedilmiş tüm mcr genleri ve varyantları (toplam 66 sekans) NCBI veritabanından indirilmiştir. Bu sekanslar DNASTAR paket programı kullanılarak align edilmiş ve filogenetik ağaçları incelenmiştir. Sekanslar daha sonra in silico primer tasarlanmasında kullanılmıştır. PrimerPlex paket programı yardımıyla çoklu PZR tasarımı yapılmıştır. Çoklu PZR her mcr homologu ve maksimum sayıda varyantını kapsayacak şekilde tasarlanmıştır.

Subject Keywords

kolistin, salmonella, escherichia coli

URI

https://hdl.handle.net/11511/95900

Collections

Department of Food Engineering, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Investigation of plasmid mediated colistin resistance phenotypically and genotypically in Salmonella and E. coli isolates in Turkey Tok, Seray; Soyer, Yeşim; Department of Food Engineering (2022-5-31) Today, colistin is used as the last resort antimicrobial against Gram-negative bacteria. Excessive use of colistin caused resistance among bacteria. Recent studies showed presence of plasmid mediated mcr genes, encoding colistin resistance that can be transferred horizontally between different bacterial species. In this study, it was aimed to investigate colistin resistance and change in colistin resistance rate in E. coli and Salmonella isolates over time from different cities in Turkey. For this aim, we...
AN ALTERNATIVE WAY FOR REDUCTION OF SALMONELLA IN POULTRY PRODUCTS: BACTERIOPHAGES Güzel, Mustafa; Soyer, Yeşim; Akçelik, Mustafa; Department of Biotechnology (2022-6-03) Antibiotic resistance of pathogenic microorganisms is a severe public health problem. One of the main reasons of the resistance is the overuse of antibiotics in veterinary and food animals. Non-typhoidal Salmonella is a major foodborne pathogen that causes millions of cases each year, worldwide. Although Salmonella causes outbreaks in almost all food commodities, it is mostly associated with poultry. In addition to high prevalence in poultry, Salmonella isolates recovered from poultry have shown multi drug ...
Food spoilage monitoring using carbon nanodots and uv irradiation reinforced colorimetric fish gelatin films Kılıç, Münevver Beyza; Kahyaoğlu, Leyla Nesrin; Şümnü, Servet Gülüm; Department of Food Engineering (2022-9) Foodborne diseases can lead to serious health and economic losses. Therefore, research priority has been given to the efforts to ensure food safety in recent years. Within this framework, effective and user-friendly smart packaging technologies need to be developed and integrated into food packaging applications. The proposed project aims to develop a biocompatible colorimetric film that can be integrated into food packaging where the consumer can easily obtain a real-time freshness assessment of food. Fish...
Numerical modeling and experimental investigation of cell manipulation using acoustophoresis Karaman, Alara; Özer, Mehmet Bülent; Department of Mechanical Engineering (2022-8-24) Several diseases, such as sickle cell disease and cancer, can affect the properties of cells. Manipulation or separation of the altered cell is necessary to diagnose such diseases. Acoustophoresis, the migration of particles by using acoustic standing waves, is a promising technique for bio-particle manipulation. This thesis presents numerical modelling and experimental investigation of using acoustophoresis for cell manipulation purposes. First, the trajectories of the cells in an acoustophoretic chip are ...
Fındık Kabuğunun Reaktör Ortamında Enzimatik Hidrolizi Çekmecelioğlu, Deniz(2015-12-31) Lignoselülozik atıklar selüloz ve hemiselüloz yönünden zengin olup fermentasyon uygulamaları için ekonomik ve yenilenebilir ham madde kaynağıdırlar. Bu projede amaç, fındık kabuğunun enzimatik hidrolizini kontrollü reaktör ortamında gerçekleştirmek ve hidroliz verimini arttırmaktır. Asit ve baz ön işlemlerinin de şeker verimine etkisi incelenecektir. Asit kullanımı inhibitör madde ve fazla atık su oluşturma nedeniyle alkali yöntem ve enzimatik hidrolizin kullanımı öncelikli olacaktır. Enzimatik hidroliz baş...

Citation Formats

Y. Soyer, “Gıda Kaynaklı Patojenlerde Yeni Gelişen Antimikrobiyal Direncin Belirlenmesi,” 2019. Accessed: 00, 2022. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/95900.