CDC6 alternatif poliadenilasyonunun meme kanseri hücrelerinde incelenmesi

Date

2015-12-31

Author

Erson Bensan, Ayşe Elif
Can, Tolga

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

95
views

0
downloads

Meme kanseri gelişmekte olan ve gelişmiş ülkeler için önemli bir sağlık problemidir. Yapılan gen anlatım çalışmaları meme kanserinin tek bir hastalık olmadığını, alt tiplerinin olduğunu ortaya koymuştur. Meme tümörünün özelliklerinin bilinmesi etkili ve hedefli teşhis ve tedaviyi mümkün kılmaktadır. Kanser hücrelerinde artan veya azalan mikroRNA düzeylerinin yanı sıra, mRNA’ların alternatif poliadenilasyon (APA) yoluyla 3’ UTR (translasyon olmayan bölge) uzunluklarını kısaltarak da mikroRNA’ların negatif etkilerinden kaçtıkları ortaya konmuştur. mRNA 3’ UTR’lerin önemi mikroRNA çalışmaları ile yeniden gündeme gelmiştir. mikroRNA’ların 3’ UTR’lere bağlanarak protein translasyonunu etkiledikleri ve kanser hücrelerindeki önemleri artık kabul gören bir mekanizmadır. Bu heyecan verici gelişmelere yeni bulgular eklenmektedir. Son çalışmalar, mRNA’ların üretildikten sonra poliadenilasyon aşamasında farklı adenilasyon sinyallerini kullanılabildiklerini ve bunun sonucunda da aynı 3’ UTR bölgesinin farklı yerlerden poliadenilasyona uğrayabileceğini göstermektedir. Bu mekanizma alternatif poliadenilasyon (APA) olarak adlandırılmıştır. APA sonucu oluşan izoformlar, mikroRNA’lar tarafından farklı kontrol edilip, protein ifadesinde değişimlere yol açmaktadır. Bu sistemin, mikroRNA düzeylerinin sabit kalması durumunda da, mRNA’ların mikroRNA’lardan kaçma stratejisi olduğu düşünülebilir.APA’nın hızlı büyüyen hücrelerde ve kanser hücrelerinde kullanılan bir mekanizma olduğu yenilerde anlaşılmıştır. Bu yeni bilimsel gelişmeler ışığında, literatürde ilk kez hormonal (östrojen) olarak indüklenen APA sayesinde meme kanserinde hücre bölünmesinin artış hızına paralel olarak, CDC6 mRNA’sında 3’ UTR kısalması olduğunu laboratuvarımızda yaptığımız çalışmalarla gösterdik. Bu gözlemlere dayanarak, projenin hipotezi CDC6 mRNA’sının 22 farklı genetik altyapıya sahip meme kanseri hücre hattında inceleyerek kısa ve uzun izform ifadelerini alt tiplerle ilişkilendirmektir. Bu hipotezi test etmek için biyoinformatik ve deneysel gen anlatım yöntemleri kullanılacaktır. Bilgisayar Mühendisliği Bölümünden Dr. Tolga Can'ın geliştireceği yazılım ile veritabanlarından elde edilecek meme kanseri hücre hatlarında yapılmış mikrodizin sonuçları analiz edilerek birbirleriyle kyaslanacaktır. CDC6 izoformlarının ifadesi ile ilgili elde edilecek olan biyoinformatik bilgiler daha sonra Dr. A.Elif Erson Bensan'ın laboratuvarında RT-qPCR tekniği ile deneysel olarak gösterilecektir. Son aşamada 22 meme kanseri hücre hattından elde edilmiş olan biyoinformatik ve deneysel sonuçlar biraraya getirilerek kanser alt tipleri ile ilişkilendirilecektir.

Subject Keywords

Bilgisayar Bilimleri ve Teknolojisi, Moleküler Biyoloji ve Genetik

URI

https://hdl.handle.net/11511/60146

Collections

Department of Biology, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Hücre içi VEGF trafiğinin kanser gelişimi ve anjiyogenezine etkisinin incelenmesi. Banerjee, Sreeparna; Tunçer, Sinem(2016-12-31) Anjiyogenez, var olan damarlardan yeni kan damarı oluşumu süreci olup, kanser büyümesi ve yayılımı için gerekli bir basamaktır. Anjiyogenik faktörler içinde VEGF (Vasküler Endotel Büyüme Faktörü), tümör anjiyogenezinin en önemli aktivatörüdür. Anjiyogenezin inhibe edilmesi, hem tumor büyümesini hem de metastazını engelleyeceğinden, kanser tedavisi için son derece önemlidir.Bu projede, hücre sitoplazması ve çekirdeği arasındaki VEGF traifiği incelenecek, VEGF’in hücre içi hareketinin anjiyogeneze etkileri ay...
CXXC5 Proteinin İşlevsel Özelliklerinin Tanımlanmasında Protein Partnerleri Muyan, Mesut; Erson Bensan, Ayşe Elif; Banerjee, Sreeparna(2016-12-31) Östrojenler (E2) hücre büyümesinden ölümüne kadar bir çok süreçte önemli rol oynarlar. E2 etkisi transkripsiyon faktörleri olan östrojen reseptörleri (ER) tarafından düzenlenir. CXXC5 E2 sinyal yolağı yanıt genidir. CXXC5, içerdiği çinko parmak-CXXC (ZF-CXXC) ünitesi nedeniyle metile olmamış CpG dinükleotidleri içeren ve transkripsiyonel olarak aktif DNA bölgeleri CpG adalarına bağlanan ZF-CXXC protein grubunun üyesi olduğu düşünülmektedir. ZF-CXXC proteinlerinin CpG dinükleotidlerine bağlanması sitosin me...
USP32 proteinin hücre içi lokasyonunun belirlenmesi Erson, Elif A.(2010) Hücre içinde gerçekleştirilen önemli translasyon sonrası modifikasyonlardan biri de ubikuitinasyondur. Ubikuitinin proteinlere eklenmesi kadar çıkartılmasının da protein stabilitesinin değiştirilmesi gibi önemli etkileri vardır. Bu proje kapsamında amacımız henüz karakterize edilmemiş olan bir ubikuitin proetazın (USP32) hüçre içi lokalizasyonunun belirlenmesiydi. Bu amaca ulaşmak için öncelikle USP32 farklı domen ve bölgelerini içeren üç farklı GFP füzyon proteini klonlandı. Bu yapılar florosan koruma anal...
MikroRNA miR-106b nin ifadesinin artmasının meme kanseri üzerine olan etkisi Banerjee, Sreeparna; Erson Bensan, Ayşe Elif; Muyan, Mesut(2013-12-31) Laboratuvarımızdaki çalışmalar, meme kanserine yol açan muhtemel moleküler mekanizmaları çözümlemek üzerine temellendirilmiştir. Bu bağlamda, mikroRNA regülasyon mekanizmaları önemli rol oynamaktadır. Laboratuvarımızda daha önce yapılan çalışmalarda bazı mikroRNA ların (örneğin miR-125b) meme kanseri oluşumu üzerine etkileri incelenmiştir. Belirli mikroRNA ların ifadesindeki azalma ya da artmanın kanser oluşumuna nasıl etki ettiği çalışılmıştır. Bu proje kapsamında ise pek çok kanser türünde artışı gösteril...
NEK6’nın Apoptoz, Hücre Döngüsü ve İnvasyon Üzerindeki Etkisinin Prednizon Dirençli Multipl Miyelom Hücre Hattında İncelenmesi Gündüz, Ufuk; Mutlu, Pelin; Keskin, Dilek(2015-12-31) Mitotik hücre döngüsünün hatasız bir şekilde başlaması ve devam etmesinde önemli role sahip olan NEK6, NIMA-ilişkili (Nek) serin-treonin kinazlardan birisidir. Son zamandaki çalışmalar, NEK6 gen mutasyonlarının; iğ ipliklerinde bozukluklara, anormal kromozom ayrılmasına, mitozun durdurulmasında ve apoptozda sorunlara neden olduğu göstermektedir.Bu çalışmada ilaç dirençli RPMI-8226 miyelom hücre hattında NEK6 gen ifadesi, siRNA ile susturularak, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı ve apoptozda rol aldığı bilinen...

Citation Formats

A. E. Erson Bensan and T. Can, “CDC6 alternatif poliadenilasyonunun meme kanseri hücrelerinde incelenmesi,” 2015. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/60146.