Elektron Mikroskop Tomografisi Görüntülerinde Mitokondri Tespiti ve Bölütlemesi

Date

2014-12-31

Author

Mumcuoğlu, Ünal Erkan

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

522
views

0
downloads

Mitokondrinin Geçirimli Elektron Mikroskobu (Tranmission Electron Microscope - TEM) görüntüleri kullanarak otomatik tespiti ve bölütlemesi üzerine yapılan çalışmaların kökeninde mitokondrinin fiziksel özellikleri ile hastalıklar arasındaki ilişkisini araştıran klinik çalışmalar yatmaktadır. Günümüzde mitokondrinin yapısında oluşan değişiklikleri sayısal olarak araştıran çalışmalarda görüntüler elle bölütlenmektedir. Bu konudaki az sayıda otomatik algoritma geliştirme çalışması ise, daha kolay sayılabilecek tipteki görüntüler üzerinde ve elle seçilmiş kısmi görümtü alanlarında (sadece bir mitokondri içeren) çalışmak üzere tasarlanmıştır. Tüm görüntü üzerinde (onlarca ve hatta daha fazla mitokondri içeren) çalışabilen ve mitokondriyi diğer hücre içi yapılardan ayıredebilen yöntemler henüz mevcut değildir. Bu projenin amacı, mitokondrilerin TEM görüntüleri üzerinde otomatik tespiti ve bölütlemesini başaran yazılım ve algoritmalar geliştirmektir. Bu konuda önceki çalışmamızın (Mumcuoglu, 2012) eksikliklerini geliştirmek hedeflenmektedir. Önceki çalışmalar sadece 2 boyutlu (2B) görüntüler üzerinde geliştirilmiş ve denenmişti. Bu çalışmadaysa, yine 2B görüntüler üzerinde çalışan daha gürbüz algoritmalar ve aynı zamanda 3B’a (çoklu kesit) uyarlanmış yöntemlerin geliştirilmesi hedeflenmektedir.

Subject Keywords

Biyomedikal, Örüntü Tanıma ve Görüntü İşleme

URI

https://hdl.handle.net/11511/61629

Collections

Graduate School of Informatics, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Çok-Kipli Analiz ile Birinci Şahıs Eylem Kestirimi Temizel, Alptekin; Öngün, Cihan(2015-12-31) Projenin amacı bir kişinin eylemlerinin kişi üzerinde bulunan bir kameradan alınan birinci şahıs (first person/egocentric) video görüntüleri ve akıllı telefon algılayıcılarından toplanan veriler kullanılarak kestirilmesidir. Bir ya da birden fazla insanın eylemlerinin kestirilmesi (human activity recognition) üzerine yapılmış olan çalışmaların odağı temel olarak kişiye doğru bakan bir kamera yardımıyla bir insanın yaptığı eylemler (koşma, düşme, vurma, dans etme vb.), spor videolarının açımlanması (annotati...
Yerel Voksel Ağları ile Beyin Sinyalleri Kullanarak Bilişsel Süreçlerin Modellenmesi ve Otomatik Olarak Sınıflandırılması Yarman Vural, Fatoş Tunay; Ekmekci, Ömer; Firat, Orhan; Aksan, Emre(2014-12-31) Bu projenin amacı, FMRG verisi kullanılarak, beyinde bilişsel süreçler sırasında işlenen bilgi ve işlem tiplerini tanıyabilen ve birbirinden ayırt etmeyi öğrenebilen bir makine öğrenme algoritması geliştirmektir. Üç seneye yayılarak devam edecek olan projede; kısa süreli bellek modellemesi üzerindeki bilişsel süreçleri inceleyen FMRG deneyi gerçekleştirilecek ve bu deney sonucu elde edilecek olan FMRG verileri kullanılarak deneydeki zihinsel süreçlerin modellenmesi ve sınıflanması için algoritmalar geliştir...
Serbest-el taramayla elde edilen B-modu ultrason videodan 3B hacimsel görüntü oluşturma, görüntü onarma, ters-evrişim ve çözünürlük-üstü uygulamalar Mumcuoğlu, Ünal Erkan(2018-12-31) Ultrason, çağdaş tıpta insan içi dokuların görüntülenmesinde kullanılan pek çok modalite arasında (röntgen BT, MR vb.) yumuşak doku kontrastının iyi olması, dokuya zarar vermeme özelliği ve taşınabilir oluşu sebebiyle günümüzde öne çıkan bir görüntüleme tekniğidir. Son yıllarda, hacimsel özelliklere daha iyi hakim olmak için, 2B kesitlerin yanı sıra, 3B görüntüleme de ön plana çıkmaktadır. Hacimsel veriler, tıbbi ultrasonografi için 2B dizi şeklinde tasarlanmış algılayıcılarla elde edilebilir ancak bu algıl...
INS ve Çeşitli Algılayıcıların Entegrasyonu ile Otomatik Mağara içi Üç-Boyut Haritalanması Leloğlu, Uğur Murat; Aktar, Özge(2016-12-31) GPS gibi mutlak konum bilgisi veren bir algılayıcı olmaması durumunda, belirli bir ortamda dolaşarak yapılan ölçümlerden ortamın haritasını çıkarma probleminin (kısaca SLAM, Simultaneous Localization and Mapping) çeşitli çözümleri önerilmiştir. Diğer taraftan, mağara boşluklarının haritalanması genellikle bilinen bir noktadan elle aşamalı olarak yapılan ölçümlerin etrafına elle ayrıntıların çizilmesi suretiyle yapılmaktadır. İşlemin otomatikleştirilmesi SLAM’e benzemekle birlikte, mağaraların üç-boyutlu çok...
Protein İşlevlerinin Altdizi Analizi ile Büyük Ölçekte Öngörme Yöntemleri Atalay, Mehmet Volkan; Dalkıran, Alperen; Rifaioğlu, Ahmet Süreyya; Atalay, Rengül(2017-12-31) Proteinlerin işlevlerinin otomatik olarak etiketlenmesi (automatic protein function annotation), işlemsel biyolojinin (computational biology) önemli ve zor problemlerinden birisidir. Araştırma grubumuzun daha önceki çalışmalarında, yapay öğrenme (machine learning) yöntemleri yardımı ile altdizi benzerliğine dayalı öznitelik uzayı eşlemesi (subsequence similarity based feature mapping) kullanılarak protein dizilerinin işlevsel sınıflandırması için Subsequence Profile Map (SPMap) sistemini geliştirmiştik. Bu ...

Citation Formats

Ü. E. Mumcuoğlu, “Elektron Mikroskop Tomografisi Görüntülerinde Mitokondri Tespiti ve Bölütlemesi,” 2014. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61629.