MikroRNA-Transkripsiyon Faktörü Düzenleyici Ağlarının Gen İfade Verisinden Olasılıksal Tema Modelleri Kullanılarak Tanımlanması

Date

2015-12-31

Author

Acar, Aybar Can
Tercan, Bahar
Oğuz, Gökçe

Metadata

Show full item record

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Item Usage Stats

245
views

0
downloads

Gen ifadesinde transkripsyion faktörlerinin pozitif ve mikroRNA'ların negatif etkisinin koordinasyonu ile belli hücre aktivitelerinin düzenlenlenişi son zamanlarda araştırmacıların dikkatini çekmiş ve bu konuya ilgi artmıştır. Bu düzenleyici yapıların, özellikle kanser, gelişim, hücre yaşlanması gibi konularda ciddi etkileri olduğu yönündeki bulgular artmıştır.Bu projenin amacı mikroRNA-transkripsyon faktörü düzenleyici ağlarının (regulatory network) ve bunların olası fonksiyonlarının endekslenip saklanacağı, herkese açık bir veritabanı oluşturmak ve yeni verilerden benzer şekilde ağ çıkarımlarının yapılabileceği, yine genel kullanıma açık bir çevrimiçi uygulama yaratmaktır. Bu çıkarımlar temelde gen ifade verisi (mikrodizin, RNA-seq ve ChIP-seq) üzerinden yapılacaktır. Veritabanı yaratılırken girdi veri genel kullanıma açık elektronik kaynaklardan (ör. NCBI Gene Expression Omnibus) indirilip otomatik olarak entegre edilecektir. Yeni deney veya bu proje için üretilecek yeni biyolojik veri olmayacaktır. Çevrimiçi uygulama ise hem veritabanını sürekli olarak güncel tutacak, hem de başka araştırmacılara kendi verilerini yükleyip analiz etme ve veritabanıyla karşılaştırma olanağı sağlayacaktır. Dış araştırmacıların özgün verileri o araştırmacıların kontrolünde olacak ve kamuya açık olmayacaklardır.

Subject Keywords

Biyohesaplama, Biyoinformatik, Veri Gösterimi ve Saklanması

URI

https://hdl.handle.net/11511/61907

Collections

Graduate School of Informatics, Project and Design

Suggestions

OpenMETU
Core

Mikrosatelit DNA molekül belirleyicileri kullanılarak bitki genotiplerinin tanımlanması Akkaya, S. Mahinur; Yalın, Sibel Akın(1997) Bu çalışmada BTD (Basit Tekrar Dizilim) DNA belirleyicileri kullanılarak 16 durum buğdayı kültivarında genetik ilişki tanımlanmış ve bu belirleyiciler ortalama 0.46 değerinde heterozigosite göstermişlerdir. Ayrıca, buğdayda BTD belrleyicileri izole etmek amacıyla BTD belrleyicileri için zenginleştirilmiş genom DNA klonları oluşturulmuştur.
Effect of hot isostatic pressing on densification, microstructure, and electrical properties of 0.95MgTiO3-0.05CaTiO3 ceramic Güntop, Selin; Öztürk, Abdullah; Department of Metallurgical and Materials Engineering (2023-1-20) The effect(s) of hot isostatic pressing (HIPing) on densification, microstructure, and electrical properties of pressureless sintered 0.95MgTiO3-0.05CaTiO3 (M0.95CT) ceramic was researched. M0.95CT ceramic was prepared by the mixed oxide method. The powder mixture of the oxide components in appropriate molar ratios was compacted in a stainless steel die by uniaxial action pressing. The square shaped compacts with nominal dimensions of 35 mm in size and 4 mm in thickness were pressureless sintered in air at ...
Hareket halindeki bir pistonda mikron altı piston-silindir aralıklarının girişimölçer kullanılarak ölçülmesi Dursunkaya, Zafer(2017-12-31) Bu proje çerçevesinde Makina Mühendisliğindeki fiber-optik lazer girişimölçer düzeneği ile buzdolaplarında kullanılan küçük çaplı hermetik bir kompresörün silindir-piston aralıkının hareket halindeki değişiminin eksen boyunca ölçülmesi planlanmıştır. En fazla 5~10 mikrometre büyüklüğündeki bu küçük aralıkların termodinamik çevrim sırasında ölçülmesi, pistonun ikincil dinamiğinin anlaşılması ve piston tasarımının iyileştirmesi açısından önemlidir. Yürütülecek olan bu proje bir Yüksek Lisans tezinin çalışma...
Mikroelektromekanik sistem (MEMS) teknolojisi ile üretilmiş, mikroakışkan-kanal içine gömülebilir, yatay eksende salınan gravimetrik sensör aygıtı Külah, Haluk (Türk Patent Enstitüsü, 2012-6-7) Mikroelektromekanik sistem (MEMS) teknolojisi ile üretilmiş, mikroakışkan-kanal içine gömülebilir, yatay eksende salınan, yüzeyine tutunan kütle değişimini ölçerek biyolojik hücre ve analitleri algılayan bir kütle sensör aygıtı dört ana gruptan oluşmaktadır: kanal tabanına yerieştirilebilen bir rezonatör, rezonatörü biyo-aktifleştiren bileşenler, mikro-akışkan kanal, ve mikroüretim teknikleri, ve bunun ana bileşenleri ataletsel kütle (1), ataletsel kütleye bağlı tarak yapılan (2), katlanmış yay kolları (3),...
Regresyon Model Parametrelerinin Belirsizliği Altında Tasarım Optimizasyonu için Etkileşimli Bir Yaklaşım Özateş Gürbüz, Melis; Köksal, Gülser; Köksalan, Murat Mustafa (null; 2018-06-26) Bu çalışmada, iki yanıtlı ürün ve süreç parametrelerinin tasarım optimizasyonu için, karar vericinin tercihlerini dikkate alan ve regresyon ile elde edilen yanıt yüzey model parametrelerine bağlı belirsizliği gözeten etkileşimli bir yaklaşım geliştirilmiştir. Bu problemde amaç, yanıtlar arasındaki ortak varyansı ve yanıt ortalamalarının hedef değerlerine uzaklığını en aza indirecek ürün vesüreç parametre değerlerini belirlemektir. Matematiksel modellerde, tahmini yanıt varyansları ve tahmini yanıt or...

Citation Formats

A. C. Acar, B. Tercan, and G. Oğuz, “MikroRNA-Transkripsiyon Faktörü Düzenleyici Ağlarının Gen İfade Verisinden Olasılıksal Tema Modelleri Kullanılarak Tanımlanması,” 2015. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61907.