MikroRNA-Transkripsiyon Faktörü Düzenleyici Ağlarının Gen İfade Verisinden Olasılıksal Tema Modelleri Kullanılarak Tanımlanması

2015-12-31
Acar, Aybar Can
Sürün, Bilge
Tercan, Bahar
Oğuz, Gökçe
Gen ifadesinde transkripsyion faktörlerinin pozitif ve mikroRNA'ların negatif etkisinin koordinasyonu ile belli hücre aktivitelerinin düzenlenlenişi son zamanlarda araştırmacıların dikkatini çekmiş ve bu konuya ilgi artmıştır. Bu düzenleyici yapıların, özellikle kanser, gelişim, hücre yaşlanması gibi konularda ciddi etkileri olduğu yönündeki bulgular artmıştır.Bu projenin amacı mikroRNA-transkripsyon faktörü düzenleyici ağlarının (regulatory network) ve bunların olası fonksiyonlarının endekslenip saklanacağı, herkese açık bir veritabanı oluşturmak ve yeni verilerden benzer şekilde ağ çıkarımlarının yapılabileceği, yine genel kullanıma açık bir çevrimiçi uygulama yaratmaktır. Bu çıkarımlar temelde gen ifade verisi (mikrodizin, RNA-seq ve ChIP-seq) üzerinden yapılacaktır. Veritabanı yaratılırken girdi veri genel kullanıma açık elektronik kaynaklardan (ör. NCBI Gene Expression Omnibus) indirilip otomatik olarak entegre edilecektir. Yeni deney veya bu proje için üretilecek yeni biyolojik veri olmayacaktır. Çevrimiçi uygulama ise hem veritabanını sürekli olarak güncel tutacak, hem de başka araştırmacılara kendi verilerini yükleyip analiz etme ve veritabanıyla karşılaştırma olanağı sağlayacaktır. Dış araştırmacıların özgün verileri o araştırmacıların kontrolünde olacak ve kamuya açık olmayacaklardır.
Citation Formats
A. C. Acar, B. Sürün, B. Tercan, and G. Oğuz, “MikroRNA-Transkripsiyon Faktörü Düzenleyici Ağlarının Gen İfade Verisinden Olasılıksal Tema Modelleri Kullanılarak Tanımlanması,” 2015. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61907.