MikroRNA-Transkripsiyon Faktörü Düzenleyici Ağlarının Gen İfade Verisinden Olasılıksal Tema Modelleri Kullanılarak Tanımlanması

2015-12-31
Acar, Aybar Can
Tercan, Bahar
Oğuz, Gökçe
Gen ifadesinde transkripsyion faktörlerinin pozitif ve mikroRNA'ların negatif etkisinin koordinasyonu ile belli hücre aktivitelerinin düzenlenlenişi son zamanlarda araştırmacıların dikkatini çekmiş ve bu konuya ilgi artmıştır. Bu düzenleyici yapıların, özellikle kanser, gelişim, hücre yaşlanması gibi konularda ciddi etkileri olduğu yönündeki bulgular artmıştır.Bu projenin amacı mikroRNA-transkripsyon faktörü düzenleyici ağlarının (regulatory network) ve bunların olası fonksiyonlarının endekslenip saklanacağı, herkese açık bir veritabanı oluşturmak ve yeni verilerden benzer şekilde ağ çıkarımlarının yapılabileceği, yine genel kullanıma açık bir çevrimiçi uygulama yaratmaktır. Bu çıkarımlar temelde gen ifade verisi (mikrodizin, RNA-seq ve ChIP-seq) üzerinden yapılacaktır. Veritabanı yaratılırken girdi veri genel kullanıma açık elektronik kaynaklardan (ör. NCBI Gene Expression Omnibus) indirilip otomatik olarak entegre edilecektir. Yeni deney veya bu proje için üretilecek yeni biyolojik veri olmayacaktır. Çevrimiçi uygulama ise hem veritabanını sürekli olarak güncel tutacak, hem de başka araştırmacılara kendi verilerini yükleyip analiz etme ve veritabanıyla karşılaştırma olanağı sağlayacaktır. Dış araştırmacıların özgün verileri o araştırmacıların kontrolünde olacak ve kamuya açık olmayacaklardır.

Suggestions

Mikrosatelit DNA molekül belirleyicileri kullanılarak bitki genotiplerinin tanımlanması
Akkaya, S. Mahinur; Yalın, Sibel Akın(1997)
Bu çalışmada BTD (Basit Tekrar Dizilim) DNA belirleyicileri kullanılarak 16 durum buğdayı kültivarında genetik ilişki tanımlanmış ve bu belirleyiciler ortalama 0.46 değerinde heterozigosite göstermişlerdir. Ayrıca, buğdayda BTD belrleyicileri izole etmek amacıyla BTD belrleyicileri için zenginleştirilmiş genom DNA klonları oluşturulmuştur.
G-proteine Kenetli Reseptörlerin Birbirleri ile Olan Etkileşimlerinin Çift Moleküllü Floresan Birleşme (BiFC) ve Förster Rezonans Enerji Transferi (FRET) Metotları ile Araştırılması
Son, Çağdaş Devrim; Yanık, Tülin; Kocabıyık, Semra(2016-12-31)
Bu projenin amacı, model bir G-proteine kenetli reseptör olan maya feromon reseptörü Ste2p’nin, üçlü ve dörtlü eşlemesinin çift moleküllü floresan eşleşme (BiFC) ve Förster rezonans enerji transferi kullanılarak gösterilmesi, reseptör agonisti olan maya α-faktör feromonunun, Ste2p oligomerleşmesi üzerindeki olası etkilerinin araştırılmasıdır.GPKR eşleşmesi son 15 yıllık süregiden araştırmalar neticesinde artık kabul görmüş bir olgudur. GPKRlerin ne amaçla eşleştikleri henüz bilinmemektedir...
Mikroelektromekanik sistem (MEMS) teknolojisi ile üretilmiş, mikroakışkan-kanal içine gömülebilir, yatay eksende salınan gravimetrik sensör aygıtı
Külah, Haluk (Türk Patent Enstitüsü, 2012-6-7)
Mikroelektromekanik sistem (MEMS) teknolojisi ile üretilmiş, mikroakışkan-kanal içine gömülebilir, yatay eksende salınan, yüzeyine tutunan kütle değişimini ölçerek biyolojik hücre ve analitleri algılayan bir kütle sensör aygıtı dört ana gruptan oluşmaktadır: kanal tabanına yerieştirilebilen bir rezonatör, rezonatörü biyo-aktifleştiren bileşenler, mikro-akışkan kanal, ve mikroüretim teknikleri, ve bunun ana bileşenleri ataletsel kütle (1), ataletsel kütleye bağlı tarak yapılan (2), katlanmış yay kolları (3),...
Regresyon Model Parametrelerinin Belirsizliği Altında Tasarım Optimizasyonu için Etkileşimli Bir Yaklaşım
Özateş Gürbüz, Melis; Köksal, Gülser; Köksalan, Murat Mustafa (null; 2018-06-26)
Bu çalışmada, iki yanıtlı ürün ve süreç parametrelerinin tasarım optimizasyonu için, karar vericinin tercihlerini dikkate alan ve regresyon ile elde edilen yanıt yüzey model parametrelerine bağlı belirsizliği gözeten etkileşimli bir yaklaşım geliştirilmiştir. Bu problemde amaç, yanıtlar arasındaki ortak varyansı ve yanıt ortalamalarının hedef değerlerine uzaklığını en aza indirecek ürün vesüreç parametre değerlerini belirlemektir. Matematiksel modellerde, tahmini yanıt varyansları ve tahmini yanıt or...
MikroRNA miR-106b nin ifadesinin artmasının meme kanseri üzerine olan etkisi
Banerjee, Sreeparna; Erson Bensan, Ayşe Elif; Muyan, Mesut(2013-12-31)
Laboratuvarımızdaki çalışmalar, meme kanserine yol açan muhtemel moleküler mekanizmaları çözümlemek üzerine temellendirilmiştir. Bu bağlamda, mikroRNA regülasyon mekanizmaları önemli rol oynamaktadır. Laboratuvarımızda daha önce yapılan çalışmalarda bazı mikroRNA ların (örneğin miR-125b) meme kanseri oluşumu üzerine etkileri incelenmiştir. Belirli mikroRNA ların ifadesindeki azalma ya da artmanın kanser oluşumuna nasıl etki ettiği çalışılmıştır. Bu proje kapsamında ise pek çok kanser türünde artışı gösteril...
Citation Formats
A. C. Acar, B. Tercan, and G. Oğuz, “MikroRNA-Transkripsiyon Faktörü Düzenleyici Ağlarının Gen İfade Verisinden Olasılıksal Tema Modelleri Kullanılarak Tanımlanması,” 2015. Accessed: 00, 2020. [Online]. Available: https://hdl.handle.net/11511/61907.